Plot the genome-wide Depth Ratio (DR)

This function plots the genome-wide Depth Ratio (DR) of a specific sample.

Usage

plot_DR(seq_res, sample, chromosomes = NULL, N = 5000)

Arguments

seq_res: A data frame containing sequencing results in wide format.
sample: The name of the sample for which the plot will be generated.
chromosomes: A character vector specifying the chromosomes to include in the plot (default: NULL, i.e., all the chromosomes).
N: The number of mutations to sample for plotting (default: 5000).

Value

A ggplot2 object showing the DR distribution across the genome.

Examples

# set the seed of the random number generator
set.seed(0)

sim <- SpatialSimulation()
sim$add_mutant(name = "A",
               growth_rates = 0.2,
               death_rates = 0.0)
sim$place_cell("A", 500, 500)
sim$run_up_to_time(100)
#> 
 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Saving snapshot                                 


n_w <- n_h <- 10
ncells <- 0.8 * n_w * n_h
bbox <- sim$search_sample(c("A" = ncells), n_w, n_h)

sim$sample_cells("Sample", bbox$lower_corner, bbox$upper_corner)

forest <- sim$get_samples_forest()
m_engine <- MutationEngine(setup_code = "demo")
#> Downloading reference genome...
#> Reference genome downloaded
#> Decompressing reference file...done
#> Downloading SBS file...
#> SBS file downloaded
#> Downloading indel file...
#> indel file downloaded
#> Downloading driver mutation file...
#> Driver mutation file downloaded
#> Downloading passenger CNAs file...
#> Passenger CNAs file downloaded
#> Downloading germline mutations...
#> Germline mutations downloaded
#> Building context index...
#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22                                

 [█████████████████-----------------------] 40% [00m:01s] Processing chr. 22                               

 [██████████████████████████████----------] 73% [00m:02s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] Context index built                             

#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving context index                              

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index saved                             

#> done
#> Building repeated sequence index...
#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22                                

 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22                                

 [█---------------------------------------] 0% [00m:03s] Processing chr. 22                                

 [█---------------------------------------] 0% [00m:04s] Processing chr. 22                                

 [█---------------------------------------] 0% [00m:05s] Processing chr. 22                                

 [█---------------------------------------] 0% [00m:07s] Processing chr. 22                                

 [█---------------------------------------] 0% [00m:08s] Processing chr. 22                                

 [█---------------------------------------] 0% [00m:11s] Processing chr. 22                                

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:12s] RS index built                                  

#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving RS index                                   

 [████████████████████████----------------] 58% [00m:01s] Saving RS index                                  
done
#> 
 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:01s] RS index saved                                  

#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline                                  

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded                                 

#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving germline                                   

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline saved                                  


m_engine$add_mutant(mutant_name="A", passenger_rates=c(SNV=5e-8))
#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Retrieving "A" SNVs                               

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] "A" SNVs retrieved                              

m_engine$add_exposure(c(SBS1 = 0.2, SBS5 = 0.8))

phylo_forest <- m_engine$place_mutations(forest, 10, 10)
#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Placing mutations                                 

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Mutations placed                                


seq_results <- simulate_seq(
  phylo_forest,
  chromosomes = c('22'),
  coverage = 10,
  write_SAM = F
)
#> 
 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Found 22                                          

 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22                                        

 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Reading 22                                        

 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Processing chr. 22                                

 [█---------------------------------------] 0% [00m:02s] Processing chr. 22                                

 [██--------------------------------------] 4% [00m:03s] Processing chr. 22                                

 [███-------------------------------------] 7% [00m:04s] Processing chr. 22                                

 [█████-----------------------------------] 11% [00m:05s] Processing chr. 22                               

 [███████---------------------------------] 15% [00m:06s] Processing chr. 22                               

 [████████--------------------------------] 18% [00m:07s] Processing chr. 22                               

 [█████████-------------------------------] 21% [00m:08s] Processing chr. 22                               

 [███████████-----------------------------] 25% [00m:09s] Processing chr. 22                               

 [████████████----------------------------] 29% [00m:10s] Processing chr. 22                               

 [█████████████---------------------------] 32% [00m:11s] Processing chr. 22                               

 [███████████████-------------------------] 36% [00m:12s] Processing chr. 22                               

 [█████████████████-----------------------] 40% [00m:13s] Processing chr. 22                               

 [██████████████████----------------------] 43% [00m:14s] Processing chr. 22                               

 [███████████████████---------------------] 47% [00m:15s] Processing chr. 22                               

 [█████████████████████-------------------] 50% [00m:16s] Processing chr. 22                               

 [██████████████████████------------------] 54% [00m:17s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████----------------] 58% [00m:18s] Processing chr. 22                               

 [█████████████████████████---------------] 61% [00m:19s] Processing chr. 22                               

 [███████████████████████████-------------] 65% [00m:20s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████------------] 68% [00m:21s] Processing chr. 22                               

 [█████████████████████████████-----------] 72% [00m:22s] Processing chr. 22                               

 [███████████████████████████████---------] 76% [00m:23s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████--------] 79% [00m:24s] Processing chr. 22                               

 [██████████████████████████████████------] 83% [00m:25s] Processing chr. 22                               

 [███████████████████████████████████-----] 85% [00m:26s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████----] 89% [00m:27s] Processing chr. 22                               

 [█████████████████████████████████████---] 92% [00m:28s] Processing chr. 22                               

 [███████████████████████████████████████-] 96% [00m:29s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 98% [00m:30s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:31s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:32s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:33s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:34s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:35s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:36s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:37s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:38s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:39s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:40s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:41s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:42s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:43s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:44s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:45s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:46s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:47s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:48s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:49s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:50s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:51s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:52s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:53s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:54s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:55s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:56s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 99% [00m:57s] Processing chr. 22                               

 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:58s] Reads simulated                                 


library(dplyr)

# filter germinal mutations
f_seq <- seq_results %>% filter(classes!="germinal")

plot_DR(f_seq, sample="Sample")


unlink('demo', recursive = T)

Plot the genome-wide Depth Ratio (DR)

Usage

Arguments

Value

See also

Examples