This method returns the available SNV signatures.
Details
The signatures are returned in a data frame containing the available SNV signatures and the corresponding mutation probability. The first column ("Type") describes a mutation in a context, while each of the remaining columns contains the probabilities of the mutations for one of the available SNV signatures.
Examples
# build a mutation engine
m_engine <- MutationEngine(setup_code = "demo")
#>
[█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index
[████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded
#>
[█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index
[████████████████------------------------] 38% [00m:01s] Loading RS index
[█████████████████████████████-----------] 72% [00m:02s] Loading RS index
[█████████████████████████████████████---] 90% [00m:03s] Loading RS index
[████████████████████████████████████████] 100% [00m:03s] RS index loaded
#>
[█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline
[████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded
# get the indel data frame
head(m_engine$get_SNV_signatures(), 5)
#> Type SBS1 SBS2 SBS3 SBS4 SBS5 SBS6
#> 1 A[C>A]A 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 2 A[C>A]C 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 3 A[C>A]G 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 4 A[C>A]T 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 5 A[C>G]A 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> SBS7a SBS7b SBS7c SBS7d SBS8 SBS9 SBS10a
#> 1 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 2 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 3 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 4 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 5 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> SBS10b SBS10c SBS10d SBS11 SBS12 SBS13 SBS14
#> 1 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 2 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 3 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 4 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 5 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> SBS15 SBS16 SBS17a SBS17b SBS18 SBS19 SBS20
#> 1 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 2 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 3 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 4 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 5 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> SBS21 SBS22a SBS22b SBS23 SBS24 SBS25 SBS26
#> 1 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 2 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 3 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 4 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 5 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> SBS27 SBS28 SBS29 SBS30 SBS31 SBS32 SBS33
#> 1 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 2 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 3 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 4 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 5 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> SBS34 SBS35 SBS36 SBS37 SBS38 SBS39 SBS40a
#> 1 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 2 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 3 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 4 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 5 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> SBS40b SBS40c SBS41 SBS42 SBS43 SBS44 SBS45
#> 1 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 2 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 3 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 4 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 5 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> SBS46 SBS47 SBS48 SBS49 SBS50 SBS51 SBS52
#> 1 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 2 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 3 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 4 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 5 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> SBS53 SBS54 SBS55 SBS56 SBS57 SBS58 SBS59
#> 1 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 2 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 3 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 4 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 5 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> SBS60 SBS84 SBS85 SBS86 SBS87 SBS88 SBS89
#> 1 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 2 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 3 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 4 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 5 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> SBS90 SBS91 SBS92 SBS93 SBS94 SBS95 SBS96
#> 1 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 2 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 3 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 4 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 5 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> SBS97 SBS98 SBS99
#> 1 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 2 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 3 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 4 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 5 0.01041667 0.01041667 0.01041667