Disclaimer: RACES/ProCESS internally implements the probability distributions using the C++11 random number distribution classes. The standard does not specify their algorithms, and the class implementations are left free for the compiler. Thus, the simulation output depends on the compiler used to compile RACES, and because of that, the results reported in this article may differ from those obtained by the reader.
ProCESS/RACES can simulate genomic mutations on the cells represented
in a SampleForest according to the specified SBS and indel
mutational signatures (see (Alexandrov et al.
2020)). This process is performed by the class
MutationEngine which also takes into account the mutation
rate of the simulated species and gives the chance to dynamically change
the signatures.
Setting Up Mutation Engine
The creation of an object of the type MutationEngine
requires to download the reference sequence and the signature files and
to build the corresponding two signature indices. The function
MutationEngine() performs all these steps in a single
call.
This function is quite flexible and it allows to customize the mutation engine in many ways. However, the vast majority of ProCESS users aim a standard setup for instance involving the human genome.
Because of this, ProCESS provides some predefined setups. Their list
can be obtained by invoking the function
get_mutation_engine_codes().
library(ProCESS)
get_mutation_engine_codes()
#> name description
#> 1 GRCh37 Homo sapiens (GRCh37)
#> 2 GRCh38 Homo sapiens (GRCh38)
#> 3 demo A demonstrative set-upLet us build a MutationEngine by using the
"demo" setup.
# building a mutation engine by using the "demo" setup
m_engine <- MutationEngine(setup_code = "demo")
#> Downloading reference genome...
#> Reference genome downloaded
#> Decompressing reference genome...done
#> Downloading signature files...
#> Signature file downloaded
#> Downloading driver mutation file...
#> Driver mutation file downloaded
#> Decompressing driver mutation file...done
#> Downloading passenger CNAs file...
#> Passenger CNAs file downloaded
#> Decompressing passenger CNAs file...done
#> Downloading germline...
#> Germline downloaded
#> Decompressing mutations...
#> done
#> Building context index...
#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Processing chr. 22 [█████████████████-----------------------] 40% [00m:01s] Processing chr. 22 [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:02s] Processing chr. 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] Context index built
#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving context index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index saved
#> done
#> Building repeated sequence index...
#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Reading 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] Reading 22
#> [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] Reading 22
#> [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] Reading 22
#> [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] Reading 22
#> [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] Reading 22
#> [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] Reading 22
#> [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] Reading 22
#> [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index built
#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving RS index [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving RS index [██████████████████████------------------] 54% [00m:02s] Saving RS indexdone
#> [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index saved
#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded
#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving germline [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline saved
m_engine
#> MutationEngine
#> Passenger rates
#>
#> Driver mutations
#>
#> Timed Exposure
#> SBS Timed Exposures
#>
#> indel Timed ExposuresThe above call creates the directory demo, downloads all
the data required by the mutation engine, and builds it.
dir.exists("demo")
#> [1] TRUE
list.files("demo")
#> [1] "context_index_100.cif" "drivers.txt"
#> [3] "germline_data" "indel_signatures.txt"
#> [5] "passenger_CNAs.txt" "reference.fasta"
#> [7] "rs_index_50_500000.rsif" "SBS_signatures.txt"
#> [9] "sources.csv"The execution of the function MutationEngine() may takes
some time, but it is meant to be performed one for all and, as long as
the user does not need to change the reference genome or the signature
files, it is no more required. In this spirit, any call to the function
MutationEngine checks whether all the building process
sub-tasks are really needed and, if this is not the case, it avoids to
performs them.
# building a mutation engine by using the "demo" set-up configuration
m_engine <- MutationEngine(setup_code = "demo")
#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading context index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Context index loaded
#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading RS index [█████████████████-----------------------] 41% [00m:01s] Loading RS index [████████████████████████████████--------] 79% [00m:02s] Loading RS index [████████████████████████████████████████] 100% [00m:02s] RS index loaded
#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loadedMutant Genetic Characterization
Once the mutation engine has been built, we can define mutant genotype and declare species mutation rates.
Let us consider simulation peformed in Section “Two populations
with epigenetic state” of vignette("sampling"). It
involves the two mutants A and “B”. Both of them has two
possible epigenetic states, + and -, leading
to the four the species A+, A-,
B+, and B-, respectively. Each of these
species has a passenger mutation rate that must be declated to the
mutation engine before labeling the sample forest. Let 1e-9, 3e-8, 8e-7,
and 5e-8 be the passenger SNV rates for the species A+,
A-, B+, and B-, respectively. Let
the indel rates be 0 for all the species, but A+ which has
indel rate 1e-8. Furthermore, let 0, 1e-11, 0, and 0 be the passenger
CNA rates of the same species, respectively.
The two mutants may also be genetically characterized by some driver mutations. The driver mutations associated with each of the mutants must occur in any cell belonging to the mutant itself. Hence, they must be declared to the mutant engine before the labeling.
The method MutationEngine$add_mutant() takes care of all
these declarations.
For the sake of example, let us assume that A is
characterized by one driver mutation on chromosome 22, while
B has three driver mutations on the same chromosome.
The genetic specification of the mutant A can be
declared as it follows.
# add the mutant "A" characterized by one driver SNV on the allele 1 of
# chromosome 22, one indel deletion on the same chromosome, two CNAs (a
# deletion on the allele 1 of chromosome 22 and an amplification on a random
# allele of the same chromosome) and, finally, a whole genome doubling event
# (WGD). The mutant has two epigenetic states and its species "A+" and "A-"
# have passenger SNV rates 1e-9 and 3e-9, respectively, passenger indel rates
# 1e-9 and 0, respectively, and passenger CNA rates 0 and 1e-11, respectively.
m_engine$add_mutant(mutant_name = "A",
passenger_rates = list("+" = c(SNV = 1e-9, indel = 1e-9),
"-" = c(SNV = 3e-9, CNA = 1e-11)),
drivers = list(SNV("22", 10510210, "C", allele = 1),
Mutation("22", 16085675, "GCCTCCCGA", "G"),
CNA(type = "A", chr = "22",
chr_pos = 10303470, len = 200000),
CNA("D", "22", 5010000, 200000,
allele = 1),
WGD))
#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Retrieving "A" SIDs [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Found 22 [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Reading 22 [███████---------------------------------] 16% [00m:01s] Reading 22 [██████████████--------------------------] 33% [00m:02s] Reading 22 [█████████████████████-------------------] 50% [00m:03s] Reading 22 [███████████████████████████-------------] 67% [00m:04s] Reading 22 [███████████████████████████████████-----] 85% [00m:05s] Reading 22 [████████████████████████████████████████] 100% [00m:05s] "A"'s SIDs validated
m_engine
#> MutationEngine
#> Passenger rates
#> "A+": {SNV: 1e-09, indel: 1e-09}
#> "A-": {SNV: 3e-09, CNA: 1e-11}
#>
#> Driver mutations
#> "A":
#> (chr22(10510210)[N>C]) on allele 1
#> (chr22(16085675)[GCCTCCCGA>G]) on random allele
#> CNA("A",chr22(10303470), len: 200000)
#> CNA("D",chr22(5010000), len: 200000, allele: 1)
#> Whole genome duplication
#>
#> Timed Exposure
#> SBS Timed Exposures
#>
#> indel Timed ExposuresIn the above code, the driver CNAs, SNVs, and indels are declared by
calling the functions CNA(), SNV(), and
Mutation(), respectively. These function allow to specify
the allele in which the mutation must lay. The mutant A is
also characterized by a whole genome doubling
(WGD): a genomic event that simultaneously duplicates all
the chromosome alleles.
The driver mutations are applied according to their specification
order. For instance, the following two pieces of code specify two
different genomic characterisations for the same mutant
E.
m_engine$add_mutant("E", passenger_rates,
drivers = list(SNV("22", 10510210, "C", allele = 1),
WGD))
m_engine$add_mutant("E", passenger_rates,
drivers = list(WGD,
SNV("22", 10510210, "C", allele = 1)))The former snippet places an SNV and, afterwards, duplicates all the alleles producing a genome in which two alleles contain the placed SNV. Instead, the latter snippet requires a whole genome doubling event and, then, places the SNV yielding a single occurrence of the SNV in the final genome.
As far as the SNVs and indels concern, ProCESS provides the users
with a more compact and, sometimes, convenient approach. The mutation
engine stores a list of known driver mutations and labels each of them
by a code which can be used during the mutant declaration. The
corresponding data frame can be obtained by using the method
MutationEngine$get_known_drivers().
library(dplyr)
#>
#> Attaching package: 'dplyr'
#> The following objects are masked from 'package:stats':
#>
#> filter, lag
#> The following objects are masked from 'package:base':
#>
#> intersect, setdiff, setequal, union
m_engine$get_known_drivers() %>% filter(chr == "22")
#> chr from to
#> 1 22 20073503 20073503
#> 2 22 20073503 20073503
#> 3 22 20073503 20073503
#> 4 22 20073503 20073503
#> 5 22 20073511 20073511
#> 6 22 20073511 20073511
#> 7 22 20073511 20073511
#> 8 22 20073511 20073511
#> 9 22 20073512 20073512
#> 10 22 20073512 20073512
#> 11 22 20073512 20073512
#> 12 22 20073512 20073512
#> 13 22 20073517 20073517
#> 14 22 20073517 20073517
#> 15 22 20073517 20073517
#> 16 22 20073517 20073517
#> 17 22 20073518 20073518
#> 18 22 20073518 20073518
#> 19 22 20073518 20073518
#> 20 22 20073518 20073518
#> 21 22 20073529 20073529
#> 22 22 20073529 20073529
#> 23 22 20073529 20073529
#> 24 22 20073529 20073529
#> 25 22 20073539 20073539
#> 26 22 20073539 20073539
#> 27 22 20073539 20073539
#> 28 22 20073539 20073539
#> 29 22 20073553 20073553
#> 30 22 20073553 20073553
#> 31 22 20073553 20073553
#> 32 22 20073553 20073553
#> 33 22 20073554 20073554
#> 34 22 20073554 20073554
#> 35 22 20073554 20073554
#> 36 22 20073554 20073554
#> 37 22 20073559 20073559
#> 38 22 20073559 20073559
#> 39 22 20073559 20073559
#> 40 22 20073559 20073559
#> 41 22 20073560 20073560
#> 42 22 20073560 20073560
#> 43 22 20073560 20073560
#> 44 22 20073560 20073560
#> 45 22 20073563 20073563
#> 46 22 20073563 20073563
#> 47 22 20073563 20073563
#> 48 22 20073563 20073563
#> 49 22 20073571 20073571
#> 50 22 20073571 20073571
#> 51 22 20073571 20073571
#> 52 22 20073571 20073571
#> 53 22 20073580 20073580
#> 54 22 20073580 20073580
#> 55 22 20073580 20073580
#> 56 22 20073580 20073580
#> 57 22 20073581 20073581
#> 58 22 20073581 20073581
#> 59 22 20073581 20073581
#> 60 22 20073581 20073581
#> 61 22 20073584 20073584
#> 62 22 20073584 20073584
#> 63 22 20073584 20073584
#> 64 22 20073584 20073584
#> 65 22 20073592 20073592
#> 66 22 20073592 20073592
#> 67 22 20073592 20073592
#> 68 22 20073592 20073592
#> 69 22 20073602 20073602
#> 70 22 20073602 20073602
#> 71 22 20073602 20073602
#> 72 22 20073602 20073602
#> 73 22 20073607 20073607
#> 74 22 20073607 20073607
#> 75 22 20073607 20073607
#> 76 22 20073607 20073607
#> 77 22 20073625 20073625
#> 78 22 20073625 20073625
#> 79 22 20073625 20073625
#> 80 22 20073625 20073625
#> 81 22 20073625 20073625
#> 82 22 20073625 20073625
#> 83 22 20073625 20073625
#> 84 22 20073625 20073625
#> 85 22 20073633 20073633
#> 86 22 20073633 20073633
#> 87 22 20073633 20073633
#> 88 22 20073633 20073633
#> 89 22 20073637 20073637
#> 90 22 20073637 20073637
#> 91 22 20073637 20073637
#> 92 22 20073637 20073637
#> 93 22 20073637 20073637
#> 94 22 20073637 20073637
#> 95 22 20073637 20073637
#> 96 22 20073637 20073637
#> 97 22 20073647 20073647
#> 98 22 20073647 20073647
#> 99 22 20073647 20073647
#> 100 22 20073647 20073647
#> 101 22 20073664 20073664
#> 102 22 20073664 20073664
#> 103 22 20073664 20073664
#> 104 22 20073664 20073664
#> 105 22 20073667 20073667
#> 106 22 20073667 20073667
#> 107 22 20073667 20073667
#> 108 22 20073667 20073667
#> 109 22 20073670 20073670
#> 110 22 20073670 20073670
#> 111 22 20073670 20073670
#> 112 22 20073670 20073670
#> 113 22 20073671 20073671
#> 114 22 20073671 20073671
#> 115 22 20073671 20073671
#> 116 22 20073671 20073671
#> 117 22 20073697 20073697
#> 118 22 20073697 20073697
#> 119 22 20073697 20073697
#> 120 22 20073697 20073697
#> 121 22 20073706 20073706
#> 122 22 20073706 20073706
#> 123 22 20073706 20073706
#> 124 22 20073706 20073706
#> 125 22 20073709 20073709
#> 126 22 20073709 20073709
#> 127 22 20073709 20073709
#> 128 22 20073709 20073709
#> 129 22 20073709 20073709
#> 130 22 20073709 20073709
#> 131 22 20073709 20073709
#> 132 22 20073709 20073709
#> 133 22 20073737 20073737
#> 134 22 20073737 20073737
#> 135 22 20073737 20073737
#> 136 22 20073737 20073737
#> 137 22 20073742 20073742
#> 138 22 20073742 20073742
#> 139 22 20073742 20073742
#> 140 22 20073742 20073742
#> 141 22 20073748 20073748
#> 142 22 20073748 20073748
#> 143 22 20073748 20073748
#> 144 22 20073748 20073748
#> 145 22 20073751 20073751
#> 146 22 20073751 20073751
#> 147 22 20073751 20073751
#> 148 22 20073751 20073751
#> 149 22 20073775 20073775
#> 150 22 20073775 20073775
#> 151 22 20073775 20073775
#> 152 22 20073775 20073775
#> 153 22 20073776 20073776
#> 154 22 20073776 20073776
#> 155 22 20073776 20073776
#> 156 22 20073776 20073776
#> 157 22 20073781 20073781
#> 158 22 20073781 20073781
#> 159 22 20073781 20073781
#> 160 22 20073781 20073781
#> 161 22 20073784 20073784
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#> 254 indel DGCR8 DGCR8 D180Efs*4
#> 255 indel DGCR8 DGCR8 D180Efs*4
#> 256 indel DGCR8 DGCR8 D180Efs*4
#> 257 G SNV DGCR8 DGCR8 L188R
#> 258 G SNV DGCR8 DGCR8 L188R
#> 259 G SNV DGCR8 DGCR8 L188R
#> 260 G SNV DGCR8 DGCR8 L188R
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#> 567 T SNV DGCR8 DGCR8 T460I
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#> 570 A SNV DGCR8 DGCR8 E463K
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#> 590 T SNV DGCR8 DGCR8 A476V
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#> 609 G SNV DGCR8 DGCR8 P484A
#> 610 G SNV DGCR8 DGCR8 P484A
#> 611 G SNV DGCR8 DGCR8 P484A
#> 612 G SNV DGCR8 DGCR8 P484A
#> 613 A SNV DGCR8 DGCR8 L489I
#> 614 A SNV DGCR8 DGCR8 L489I
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#> 616 A SNV DGCR8 DGCR8 L489I
#> 617 T SNV DGCR8 DGCR8 K500N
#> 618 T SNV DGCR8 DGCR8 K500N
#> 619 T SNV DGCR8 DGCR8 K500N
#> 620 T SNV DGCR8 DGCR8 K500N
#> 621 G SNV DGCR8 DGCR8 I505V
#> 622 G SNV DGCR8 DGCR8 I505V
#> 623 G SNV DGCR8 DGCR8 I505V
#> 624 G SNV DGCR8 DGCR8 I505V
#> 625 A SNV DGCR8 DGCR8 P507H
#> 626 A SNV DGCR8 DGCR8 P507H
#> 627 A SNV DGCR8 DGCR8 P507H
#> 628 A SNV DGCR8 DGCR8 P507H
#> 629 T SNV DGCR8 DGCR8 G509W
#> 630 T SNV DGCR8 DGCR8 G509W
#> 631 T SNV DGCR8 DGCR8 G509W
#> 632 T SNV DGCR8 DGCR8 G509W
#> 633 T SNV DGCR8 DGCR8 G509V
#> 634 T SNV DGCR8 DGCR8 G509V
#> 635 T SNV DGCR8 DGCR8 G509V
#> 636 T SNV DGCR8 DGCR8 G509V
#> 637 T SNV DGCR8 DGCR8 S511F
#> 638 T SNV DGCR8 DGCR8 S511F
#> 639 T SNV DGCR8 DGCR8 S511F
#> 640 T SNV DGCR8 DGCR8 S511F
#> 641 G SNV DGCR8 DGCR8 I515M
#> 642 G SNV DGCR8 DGCR8 I515M
#> 643 G SNV DGCR8 DGCR8 I515M
#> 644 G SNV DGCR8 DGCR8 I515M
#> 645 A SNV DGCR8 DGCR8 E518K
#> 646 A SNV DGCR8 DGCR8 E518K
#> 647 A SNV DGCR8 DGCR8 E518K
#> 648 A SNV DGCR8 DGCR8 E518K
#> 649 T SNV DGCR8 DGCR8 E518*
#> 650 T SNV DGCR8 DGCR8 E518*
#> 651 T SNV DGCR8 DGCR8 E518*
#> 652 T SNV DGCR8 DGCR8 E518*
#> 653 T SNV DGCR8 DGCR8 R522C
#> 654 T SNV DGCR8 DGCR8 R522C
#> 655 T SNV DGCR8 DGCR8 R522C
#> 656 T SNV DGCR8 DGCR8 R522C
#> 657 T SNV DGCR8 DGCR8 R527C
#> 658 T SNV DGCR8 DGCR8 R527C
#> 659 T SNV DGCR8 DGCR8 R527C
#> 660 T SNV DGCR8 DGCR8 R527C
#> 661 C SNV DGCR8 DGCR8 R527P
#> 662 C SNV DGCR8 DGCR8 R527P
#> 663 C SNV DGCR8 DGCR8 R527P
#> 664 C SNV DGCR8 DGCR8 R527P
#> 665 A SNV DGCR8 DGCR8 R527H
#> 666 A SNV DGCR8 DGCR8 R527H
#> 667 A SNV DGCR8 DGCR8 R527H
#> 668 A SNV DGCR8 DGCR8 R527H
#> 669 G SNV DGCR8 DGCR8 N531S
#> 670 G SNV DGCR8 DGCR8 N531S
#> 671 G SNV DGCR8 DGCR8 N531S
#> 672 G SNV DGCR8 DGCR8 N531S
#> 673 A SNV DGCR8 DGCR8 F533Y
#> 674 A SNV DGCR8 DGCR8 F533Y
#> 675 A SNV DGCR8 DGCR8 F533Y
#> 676 A SNV DGCR8 DGCR8 F533Y
#> 677 T SNV DGCR8 DGCR8 E534*
#> 678 T SNV DGCR8 DGCR8 E534*
#> 679 T SNV DGCR8 DGCR8 E534*
#> 680 T SNV DGCR8 DGCR8 E534*
#> 681 T SNV DGCR8 DGCR8 N537I
#> 682 T SNV DGCR8 DGCR8 N537I
#> 683 T SNV DGCR8 DGCR8 N537I
#> 684 T SNV DGCR8 DGCR8 N537I
#> 685 A SNV DGCR8 DGCR8 G543S
#> 686 A SNV DGCR8 DGCR8 G543S
#> 687 A SNV DGCR8 DGCR8 G543S
#> 688 A SNV DGCR8 DGCR8 G543S
#> 689 A SNV DGCR8 DGCR8 G543D
#> 690 A SNV DGCR8 DGCR8 G543D
#> 691 A SNV DGCR8 DGCR8 G543D
#> 692 A SNV DGCR8 DGCR8 G543D
#> 693 T SNV DGCR8 DGCR8 T547I
#> 694 T SNV DGCR8 DGCR8 T547I
#> 695 T SNV DGCR8 DGCR8 T547I
#> 696 T SNV DGCR8 DGCR8 T547I
#> 697 G SNV DGCR8 DGCR8 I548V
#> 698 G SNV DGCR8 DGCR8 I548V
#> 699 G SNV DGCR8 DGCR8 I548V
#> 700 G SNV DGCR8 DGCR8 I548V
#> 701 C SNV DGCR8 DGCR8 S560R
#> 702 C SNV DGCR8 DGCR8 S560R
#> 703 C SNV DGCR8 DGCR8 S560R
#> 704 C SNV DGCR8 DGCR8 S560R
#> 705 T SNV DGCR8 DGCR8 S560I
#> 706 T SNV DGCR8 DGCR8 S560I
#> 707 T SNV DGCR8 DGCR8 S560I
#> 708 T SNV DGCR8 DGCR8 S560I
#> 709 indel DGCR8 DGCR8 A564Efs*3
#> 710 indel DGCR8 DGCR8 A564Efs*3
#> 711 indel DGCR8 DGCR8 A564Efs*3
#> 712 indel DGCR8 DGCR8 A564Efs*3
#> 713 G SNV DGCR8 DGCR8 N566S
#> 714 G SNV DGCR8 DGCR8 N566S
#> 715 G SNV DGCR8 DGCR8 N566S
#> 716 G SNV DGCR8 DGCR8 N566S
#> 717 A SNV DGCR8 DGCR8 R570Q
#> 718 A SNV DGCR8 DGCR8 R570Q
#> 719 A SNV DGCR8 DGCR8 R570Q
#> 720 A SNV DGCR8 DGCR8 R570Q
#> 721 C SNV DGCR8 DGCR8 E574A
#> 722 C SNV DGCR8 DGCR8 E574A
#> 723 C SNV DGCR8 DGCR8 E574A
#> 724 C SNV DGCR8 DGCR8 E574A
#> 725 T SNV DGCR8 DGCR8 P578L
#> 726 T SNV DGCR8 DGCR8 P578L
#> 727 T SNV DGCR8 DGCR8 P578L
#> 728 T SNV DGCR8 DGCR8 P578L
#> 729 G SNV DGCR8 DGCR8 K582E
#> 730 G SNV DGCR8 DGCR8 K582E
#> 731 G SNV DGCR8 DGCR8 K582E
#> 732 G SNV DGCR8 DGCR8 K582E
#> 733 G SNV DGCR8 DGCR8 D591E
#> 734 G SNV DGCR8 DGCR8 D591E
#> 735 G SNV DGCR8 DGCR8 D591E
#> 736 G SNV DGCR8 DGCR8 D591E
#> 737 T SNV DGCR8 DGCR8 S592I
#> 738 T SNV DGCR8 DGCR8 S592I
#> 739 T SNV DGCR8 DGCR8 S592I
#> 740 T SNV DGCR8 DGCR8 S592I
#> 741 A SNV DGCR8 DGCR8 E596K
#> 742 A SNV DGCR8 DGCR8 E596K
#> 743 A SNV DGCR8 DGCR8 E596K
#> 744 A SNV DGCR8 DGCR8 E596K
#> 745 A SNV DGCR8 DGCR8 N599K
#> 746 A SNV DGCR8 DGCR8 N599K
#> 747 A SNV DGCR8 DGCR8 N599K
#> 748 A SNV DGCR8 DGCR8 N599K
#> 749 A SNV DGCR8 DGCR8 V608D
#> 750 A SNV DGCR8 DGCR8 V608D
#> 751 A SNV DGCR8 DGCR8 V608D
#> 752 A SNV DGCR8 DGCR8 V608D
#> 753 A SNV DGCR8 DGCR8 E610K
#> 754 A SNV DGCR8 DGCR8 E610K
#> 755 A SNV DGCR8 DGCR8 E610K
#> 756 A SNV DGCR8 DGCR8 E610K
#> 757 T SNV DGCR8 DGCR8 S619F
#> 758 T SNV DGCR8 DGCR8 S619F
#> 759 T SNV DGCR8 DGCR8 S619F
#> 760 T SNV DGCR8 DGCR8 S619F
#> 761 A SNV DGCR8 DGCR8 Q622K
#> 762 A SNV DGCR8 DGCR8 Q622K
#> 763 A SNV DGCR8 DGCR8 Q622K
#> 764 A SNV DGCR8 DGCR8 Q622K
#> 765 A SNV DGCR8 DGCR8 E626K
#> 766 A SNV DGCR8 DGCR8 E626K
#> 767 A SNV DGCR8 DGCR8 E626K
#> 768 A SNV DGCR8 DGCR8 E626K
#> 769 C SNV DGCR8 DGCR8 M634T
#> 770 C SNV DGCR8 DGCR8 M634T
#> 771 C SNV DGCR8 DGCR8 M634T
#> 772 C SNV DGCR8 DGCR8 M634T
#> 773 T SNV DGCR8 DGCR8 S638F
#> 774 T SNV DGCR8 DGCR8 S638F
#> 775 T SNV DGCR8 DGCR8 S638F
#> 776 T SNV DGCR8 DGCR8 S638F
#> 777 C SNV DGCR8 DGCR8 E642Q
#> 778 C SNV DGCR8 DGCR8 E642Q
#> 779 C SNV DGCR8 DGCR8 E642Q
#> 780 C SNV DGCR8 DGCR8 E642Q
#> 781 T SNV DGCR8 DGCR8 G646W
#> 782 T SNV DGCR8 DGCR8 G646W
#> 783 T SNV DGCR8 DGCR8 G646W
#> 784 T SNV DGCR8 DGCR8 G646W
#> 785 T SNV DGCR8 DGCR8 G646V
#> 786 T SNV DGCR8 DGCR8 G646V
#> 787 T SNV DGCR8 DGCR8 G646V
#> 788 T SNV DGCR8 DGCR8 G646V
#> 789 A SNV DGCR8 DGCR8 A656E
#> 790 A SNV DGCR8 DGCR8 A656E
#> 791 A SNV DGCR8 DGCR8 A656E
#> 792 A SNV DGCR8 DGCR8 A656E
#> 793 G SNV DGCR8 DGCR8 K659R
#> 794 G SNV DGCR8 DGCR8 K659R
#> 795 G SNV DGCR8 DGCR8 K659R
#> 796 G SNV DGCR8 DGCR8 K659R
#> 797 T SNV DGCR8 DGCR8 R663C
#> 798 T SNV DGCR8 DGCR8 R663C
#> 799 T SNV DGCR8 DGCR8 R663C
#> 800 T SNV DGCR8 DGCR8 R663C
#> 801 A SNV DGCR8 DGCR8 R663H
#> 802 A SNV DGCR8 DGCR8 R663H
#> 803 A SNV DGCR8 DGCR8 R663H
#> 804 A SNV DGCR8 DGCR8 R663H
#> 805 A SNV DGCR8 DGCR8 G664R
#> 806 A SNV DGCR8 DGCR8 G664R
#> 807 A SNV DGCR8 DGCR8 G664R
#> 808 A SNV DGCR8 DGCR8 G664R
#> 809 A SNV DGCR8 DGCR8 P686Q
#> 810 A SNV DGCR8 DGCR8 P686Q
#> 811 A SNV DGCR8 DGCR8 P686Q
#> 812 A SNV DGCR8 DGCR8 P686Q
#> 813 G SNV DGCR8 DGCR8 N690D
#> 814 G SNV DGCR8 DGCR8 N690D
#> 815 G SNV DGCR8 DGCR8 N690D
#> 816 G SNV DGCR8 DGCR8 N690D
#> 817 indel DGCR8 DGCR8 S693Lfs*23
#> 818 indel DGCR8 DGCR8 S693Lfs*23
#> 819 indel DGCR8 DGCR8 S693Lfs*23
#> 820 indel DGCR8 DGCR8 S693Lfs*23
#> 821 C SNV DGCR8 DGCR8 L694S
#> 822 C SNV DGCR8 DGCR8 L694S
#> 823 C SNV DGCR8 DGCR8 L694S
#> 824 C SNV DGCR8 DGCR8 L694S
#> 825 A SNV DGCR8 DGCR8 R696H
#> 826 A SNV DGCR8 DGCR8 R696H
#> 827 A SNV DGCR8 DGCR8 R696H
#> 828 A SNV DGCR8 DGCR8 R696H
#> 829 T SNV DGCR8 DGCR8 R700C
#> 830 T SNV DGCR8 DGCR8 R700C
#> 831 T SNV DGCR8 DGCR8 R700C
#> 832 T SNV DGCR8 DGCR8 R700C
#> 833 A SNV DGCR8 DGCR8 R700H
#> 834 A SNV DGCR8 DGCR8 R700H
#> 835 A SNV DGCR8 DGCR8 R700H
#> 836 A SNV DGCR8 DGCR8 R700H
#> 837 G SNV DGCR8 DGCR8 E701G
#> 838 G SNV DGCR8 DGCR8 E701G
#> 839 G SNV DGCR8 DGCR8 E701G
#> 840 G SNV DGCR8 DGCR8 E701G
#> 841 G SNV DGCR8 DGCR8 S703R
#> 842 G SNV DGCR8 DGCR8 S703R
#> 843 G SNV DGCR8 DGCR8 S703R
#> 844 G SNV DGCR8 DGCR8 S703R
#> 845 T SNV DGCR8 DGCR8 P727S
#> 846 T SNV DGCR8 DGCR8 P727S
#> 847 T SNV DGCR8 DGCR8 P727S
#> 848 T SNV DGCR8 DGCR8 P727S
#> 849 T SNV DGCR8 DGCR8 E737D
#> 850 T SNV DGCR8 DGCR8 E737D
#> 851 T SNV DGCR8 DGCR8 E737D
#> 852 T SNV DGCR8 DGCR8 E737D
#> 853 T SNV DGCR8 DGCR8 R741M
#> 854 T SNV DGCR8 DGCR8 R741M
#> 855 T SNV DGCR8 DGCR8 R741M
#> 856 T SNV DGCR8 DGCR8 R741M
#> 857 C SNV DGCR8 DGCR8 L742P
#> 858 C SNV DGCR8 DGCR8 L742P
#> 859 C SNV DGCR8 DGCR8 L742P
#> 860 C SNV DGCR8 DGCR8 L742P
#> 861 G SNV DGCR8 DGCR8 E744G
#> 862 G SNV DGCR8 DGCR8 E744G
#> 863 G SNV DGCR8 DGCR8 E744G
#> 864 G SNV DGCR8 DGCR8 E744G
#> 865 T SNV DGCR8 DGCR8 E744D
#> 866 T SNV DGCR8 DGCR8 E744D
#> 867 T SNV DGCR8 DGCR8 E744D
#> 868 T SNV DGCR8 DGCR8 E744D
#> 869 A SNV DGCR8 DGCR8 R746=
#> 870 A SNV DGCR8 DGCR8 R746=
#> 871 A SNV DGCR8 DGCR8 R746=
#> 872 A SNV DGCR8 DGCR8 R746=
#> 873 indel DGCR8 DGCR8 R750Qfs*75
#> 874 indel DGCR8 DGCR8 R750Qfs*75
#> 875 indel DGCR8 DGCR8 R750Qfs*75
#> 876 indel DGCR8 DGCR8 R750Qfs*75
#> 877 T SNV DGCR8 DGCR8 P753L
#> 878 T SNV DGCR8 DGCR8 P753L
#> 879 T SNV DGCR8 DGCR8 P753L
#> 880 T SNV DGCR8 DGCR8 P753L
#> 881 T SNV DGCR8 DGCR8 K754N
#> 882 T SNV DGCR8 DGCR8 K754N
#> 883 T SNV DGCR8 DGCR8 K754N
#> 884 T SNV DGCR8 DGCR8 K754N
#> 885 A SNV DGCR8 DGCR8 V773M
#> 886 A SNV DGCR8 DGCR8 V773M
#> 887 A SNV DGCR8 DGCR8 V773M
#> 888 A SNV DGCR8 DGCR8 V773M
#> 889 T SNV LZTR1 LZTR1 M1?
#> 890 T SNV LZTR1 LZTR1 M1?
#> 891 T SNV LZTR1 LZTR1 M1?
#> 892 T SNV LZTR1 LZTR1 M1?
#> 893 indel LZTR1 LZTR1 Q10Rfs*15
#> 894 indel LZTR1 LZTR1 Q10Rfs*15
#> 895 indel LZTR1 LZTR1 Q10Rfs*15
#> 896 indel LZTR1 LZTR1 Q10Rfs*15
#> 897 G SNV LZTR1 LZTR1 Q10R
#> 898 G SNV LZTR1 LZTR1 Q10R
#> 899 G SNV LZTR1 LZTR1 Q10R
#> 900 G SNV LZTR1 LZTR1 Q10R
#> 901 T SNV LZTR1 LZTR1 A17V
#> 902 T SNV LZTR1 LZTR1 A17V
#> 903 T SNV LZTR1 LZTR1 A17V
#> 904 T SNV LZTR1 LZTR1 A17V
#> 905 T SNV LZTR1 LZTR1 G19C
#> 906 T SNV LZTR1 LZTR1 G19C
#> 907 T SNV LZTR1 LZTR1 G19C
#> 908 T SNV LZTR1 LZTR1 G19C
#> 909 T SNV LZTR1 LZTR1 R21W
#> 910 T SNV LZTR1 LZTR1 R21W
#> 911 T SNV LZTR1 LZTR1 R21W
#> 912 T SNV LZTR1 LZTR1 R21W
#> 913 T SNV LZTR1 LZTR1 R21L
#> 914 T SNV LZTR1 LZTR1 R21L
#> 915 T SNV LZTR1 LZTR1 R21L
#> 916 T SNV LZTR1 LZTR1 R21L
#> 917 T SNV LZTR1 LZTR1 P26S
#> 918 T SNV LZTR1 LZTR1 P26S
#> 919 T SNV LZTR1 LZTR1 P26S
#> 920 T SNV LZTR1 LZTR1 P26S
#> 921 T SNV LZTR1 LZTR1 D36Y
#> 922 T SNV LZTR1 LZTR1 D36Y
#> 923 T SNV LZTR1 LZTR1 D36Y
#> 924 T SNV LZTR1 LZTR1 D36Y
#> 925 A SNV LZTR1 LZTR1 E39K
#> 926 A SNV LZTR1 LZTR1 E39K
#> 927 A SNV LZTR1 LZTR1 E39K
#> 928 A SNV LZTR1 LZTR1 E39K
#> 929 C SNV LZTR1 LZTR1 L41P
#> 930 C SNV LZTR1 LZTR1 L41P
#> 931 C SNV LZTR1 LZTR1 L41P
#> 932 C SNV LZTR1 LZTR1 L41P
#> 933 A SNV LZTR1 LZTR1 H52N
#> 934 A SNV LZTR1 LZTR1 H52N
#> 935 A SNV LZTR1 LZTR1 H52N
#> 936 A SNV LZTR1 LZTR1 H52N
#> 937 T SNV LZTR1 LZTR1 H52L
#> 938 T SNV LZTR1 LZTR1 H52L
#> 939 T SNV LZTR1 LZTR1 H52L
#> 940 T SNV LZTR1 LZTR1 H52L
#> 941 A SNV LZTR1 LZTR1 W54R
#> 942 A SNV LZTR1 LZTR1 W54R
#> 943 A SNV LZTR1 LZTR1 W54R
#> 944 A SNV LZTR1 LZTR1 W54R
#> 945 T SNV LZTR1 LZTR1 R55W
#> 946 T SNV LZTR1 LZTR1 R55W
#> 947 T SNV LZTR1 LZTR1 R55W
#> 948 T SNV LZTR1 LZTR1 R55W
#> 949 T SNV LZTR1 LZTR1 R56C
#> 950 T SNV LZTR1 LZTR1 R56C
#> 951 T SNV LZTR1 LZTR1 R56C
#> 952 T SNV LZTR1 LZTR1 R56C
#> 953 A SNV LZTR1 LZTR1 P58Q
#> 954 A SNV LZTR1 LZTR1 P58Q
#> 955 A SNV LZTR1 LZTR1 P58Q
#> 956 A SNV LZTR1 LZTR1 P58Q
#> 957 A SNV LZTR1 LZTR1 C60S
#> 958 A SNV LZTR1 LZTR1 C60S
#> 959 A SNV LZTR1 LZTR1 C60S
#> 960 A SNV LZTR1 LZTR1 C60S
#> 961 A SNV LZTR1 LZTR1 D61E
#> 962 A SNV LZTR1 LZTR1 D61E
#> 963 A SNV LZTR1 LZTR1 D61E
#> 964 A SNV LZTR1 LZTR1 D61E
#> 965 A SNV LZTR1 LZTR1 E62K
#> 966 A SNV LZTR1 LZTR1 E62K
#> 967 A SNV LZTR1 LZTR1 E62K
#> 968 A SNV LZTR1 LZTR1 E62K
#> 969 C SNV LZTR1 LZTR1 F63L
#> 970 C SNV LZTR1 LZTR1 F63L
#> 971 C SNV LZTR1 LZTR1 F63L
#> 972 C SNV LZTR1 LZTR1 F63L
#> 973 T SNV LZTR1 LZTR1 R68C
#> 974 T SNV LZTR1 LZTR1 R68C
#> 975 T SNV LZTR1 LZTR1 R68C
#> 976 T SNV LZTR1 LZTR1 R68C
#> 977 A SNV LZTR1 LZTR1 R68H
#> 978 A SNV LZTR1 LZTR1 R68H
#> 979 A SNV LZTR1 LZTR1 R68H
#> 980 A SNV LZTR1 LZTR1 R68H
#> 981 A SNV LZTR1 LZTR1 V74M
#> 982 A SNV LZTR1 LZTR1 V74M
#> 983 A SNV LZTR1 LZTR1 V74M
#> 984 A SNV LZTR1 LZTR1 V74M
#> 985 A SNV LZTR1 LZTR1 Y76N
#> 986 A SNV LZTR1 LZTR1 Y76N
#> 987 A SNV LZTR1 LZTR1 Y76N
#> 988 A SNV LZTR1 LZTR1 Y76N
#> 989 T SNV LZTR1 LZTR1 D78Y
#> 990 T SNV LZTR1 LZTR1 D78Y
#> 991 T SNV LZTR1 LZTR1 D78Y
#> 992 T SNV LZTR1 LZTR1 D78Y
#> 993 C SNV LZTR1 LZTR1 F83S
#> 994 C SNV LZTR1 LZTR1 F83S
#> 995 C SNV LZTR1 LZTR1 F83S
#> 996 C SNV LZTR1 LZTR1 F83S
#> 997 T SNV LZTR1 LZTR1 G84V
#> 998 T SNV LZTR1 LZTR1 G84V
#> 999 T SNV LZTR1 LZTR1 G84V
#> 1000 T SNV LZTR1 LZTR1 G84V
#> 1001 A SNV LZTR1 LZTR1 N87K
#> 1002 A SNV LZTR1 LZTR1 N87K
#> 1003 A SNV LZTR1 LZTR1 N87K
#> 1004 A SNV LZTR1 LZTR1 N87K
#> 1005 T SNV LZTR1 LZTR1 G88V
#> 1006 T SNV LZTR1 LZTR1 G88V
#> 1007 T SNV LZTR1 LZTR1 G88V
#> 1008 T SNV LZTR1 LZTR1 G88V
#> 1009 C SNV LZTR1 LZTR1 M91I
#> 1010 C SNV LZTR1 LZTR1 M91I
#> 1011 C SNV LZTR1 LZTR1 M91I
#> 1012 C SNV LZTR1 LZTR1 M91I
#> 1013 A SNV LZTR1 LZTR1 L95I
#> 1014 A SNV LZTR1 LZTR1 L95I
#> 1015 A SNV LZTR1 LZTR1 L95I
#> 1016 A SNV LZTR1 LZTR1 L95I
#> 1017 T SNV LZTR1 LZTR1 R97W
#> 1018 T SNV LZTR1 LZTR1 R97W
#> 1019 T SNV LZTR1 LZTR1 R97W
#> 1020 T SNV LZTR1 LZTR1 R97W
#> 1021 A SNV LZTR1 LZTR1 R97Q
#> 1022 A SNV LZTR1 LZTR1 R97Q
#> 1023 A SNV LZTR1 LZTR1 R97Q
#> 1024 A SNV LZTR1 LZTR1 R97Q
#> 1025 C SNV LZTR1 LZTR1 F98L
#> 1026 C SNV LZTR1 LZTR1 F98L
#> 1027 C SNV LZTR1 LZTR1 F98L
#> 1028 C SNV LZTR1 LZTR1 F98L
#> 1029 A SNV LZTR1 LZTR1 D99N
#> 1030 A SNV LZTR1 LZTR1 D99N
#> 1031 A SNV LZTR1 LZTR1 D99N
#> 1032 A SNV LZTR1 LZTR1 D99N
#> 1033 T SNV LZTR1 LZTR1 S104F
#> 1034 T SNV LZTR1 LZTR1 S104F
#> 1035 T SNV LZTR1 LZTR1 S104F
#> 1036 T SNV LZTR1 LZTR1 S104F
#> 1037 G SNV LZTR1 LZTR1 S104C
#> 1038 G SNV LZTR1 LZTR1 S104C
#> 1039 G SNV LZTR1 LZTR1 S104C
#> 1040 G SNV LZTR1 LZTR1 S104C
#> 1041 C SNV LZTR1 LZTR1 W105R
#> 1042 C SNV LZTR1 LZTR1 W105R
#> 1043 C SNV LZTR1 LZTR1 W105R
#> 1044 C SNV LZTR1 LZTR1 W105R
#> 1045 T SNV LZTR1 LZTR1 W105L
#> 1046 T SNV LZTR1 LZTR1 W105L
#> 1047 T SNV LZTR1 LZTR1 W105L
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#> 1049 T SNV LZTR1 LZTR1 W105C
#> 1050 T SNV LZTR1 LZTR1 W105C
#> 1051 T SNV LZTR1 LZTR1 W105C
#> 1052 T SNV LZTR1 LZTR1 W105C
#> 1053 T SNV LZTR1 LZTR1 R107W
#> 1054 T SNV LZTR1 LZTR1 R107W
#> 1055 T SNV LZTR1 LZTR1 R107W
#> 1056 T SNV LZTR1 LZTR1 R107W
#> 1057 A SNV LZTR1 LZTR1 R107K
#> 1058 A SNV LZTR1 LZTR1 R107K
#> 1059 A SNV LZTR1 LZTR1 R107K
#> 1060 A SNV LZTR1 LZTR1 R107K
#> 1061 A SNV LZTR1 LZTR1 A108T
#> 1062 A SNV LZTR1 LZTR1 A108T
#> 1063 A SNV LZTR1 LZTR1 A108T
#> 1064 A SNV LZTR1 LZTR1 A108T
#> 1065 T SNV LZTR1 LZTR1 T113I
#> 1066 T SNV LZTR1 LZTR1 T113I
#> 1067 T SNV LZTR1 LZTR1 T113I
#> 1068 T SNV LZTR1 LZTR1 T113I
#> 1069 T SNV LZTR1 LZTR1 P115L
#> 1070 T SNV LZTR1 LZTR1 P115L
#> 1071 T SNV LZTR1 LZTR1 P115L
#> 1072 T SNV LZTR1 LZTR1 P115L
#> 1073 T SNV LZTR1 LZTR1 R118C
#> 1074 T SNV LZTR1 LZTR1 R118C
#> 1075 T SNV LZTR1 LZTR1 R118C
#> 1076 T SNV LZTR1 LZTR1 R118C
#> 1077 A SNV LZTR1 LZTR1 R118H
#> 1078 A SNV LZTR1 LZTR1 R118H
#> 1079 A SNV LZTR1 LZTR1 R118H
#> 1080 A SNV LZTR1 LZTR1 R118H
#> 1081 G SNV LZTR1 LZTR1 H121R
#> 1082 G SNV LZTR1 LZTR1 H121R
#> 1083 G SNV LZTR1 LZTR1 H121R
#> 1084 G SNV LZTR1 LZTR1 H121R
#> 1085 T SNV LZTR1 LZTR1 S122L
#> 1086 T SNV LZTR1 LZTR1 S122L
#> 1087 T SNV LZTR1 LZTR1 S122L
#> 1088 T SNV LZTR1 LZTR1 S122L
#> 1089 A SNV LZTR1 LZTR1 V125I
#> 1090 A SNV LZTR1 LZTR1 V125I
#> 1091 A SNV LZTR1 LZTR1 V125I
#> 1092 A SNV LZTR1 LZTR1 V125I
#> 1093 T SNV LZTR1 LZTR1 G127W
#> 1094 T SNV LZTR1 LZTR1 G127W
#> 1095 T SNV LZTR1 LZTR1 G127W
#> 1096 T SNV LZTR1 LZTR1 G127W
#> 1097 A SNV LZTR1 LZTR1 G127E
#> 1098 A SNV LZTR1 LZTR1 G127E
#> 1099 A SNV LZTR1 LZTR1 G127E
#> 1100 A SNV LZTR1 LZTR1 G127E
#> 1101 A SNV LZTR1 LZTR1 F133L
#> 1102 A SNV LZTR1 LZTR1 F133L
#> 1103 A SNV LZTR1 LZTR1 F133L
#> 1104 A SNV LZTR1 LZTR1 F133L
#> 1105 A SNV LZTR1 LZTR1 G134E
#> 1106 A SNV LZTR1 LZTR1 G134E
#> 1107 A SNV LZTR1 LZTR1 G134E
#> 1108 A SNV LZTR1 LZTR1 G134E
#> 1109 T SNV LZTR1 LZTR1 G134=
#> 1110 T SNV LZTR1 LZTR1 G134=
#> 1111 T SNV LZTR1 LZTR1 G134=
#> 1112 T SNV LZTR1 LZTR1 G134=
#> 1113 A SNV LZTR1 LZTR1 G135S
#> 1114 A SNV LZTR1 LZTR1 G135S
#> 1115 A SNV LZTR1 LZTR1 G135S
#> 1116 A SNV LZTR1 LZTR1 G135S
#> 1117 indel LZTR1 LZTR1 Y136Tfs*11
#> 1118 indel LZTR1 LZTR1 Y136Tfs*11
#> 1119 indel LZTR1 LZTR1 Y136Tfs*11
#> 1120 indel LZTR1 LZTR1 Y136Tfs*11
#> 1121 C SNV LZTR1 LZTR1 Y136S
#> 1122 C SNV LZTR1 LZTR1 Y136S
#> 1123 C SNV LZTR1 LZTR1 Y136S
#> 1124 C SNV LZTR1 LZTR1 Y136S
#> 1125 C SNV LZTR1 LZTR1 D139A
#> 1126 C SNV LZTR1 LZTR1 D139A
#> 1127 C SNV LZTR1 LZTR1 D139A
#> 1128 C SNV LZTR1 LZTR1 D139A
#> 1129 G SNV LZTR1 LZTR1 I140V
#> 1130 G SNV LZTR1 LZTR1 I140V
#> 1131 G SNV LZTR1 LZTR1 I140V
#> 1132 G SNV LZTR1 LZTR1 I140V
#> 1133 C SNV LZTR1 LZTR1 N143T
#> 1134 C SNV LZTR1 LZTR1 N143T
#> 1135 C SNV LZTR1 LZTR1 N143T
#> 1136 C SNV LZTR1 LZTR1 N143T
#> 1137 C SNV LZTR1 LZTR1 K147N
#> 1138 C SNV LZTR1 LZTR1 K147N
#> 1139 C SNV LZTR1 LZTR1 K147N
#> 1140 C SNV LZTR1 LZTR1 K147N
#> 1141 A SNV LZTR1 LZTR1 D151N
#> 1142 A SNV LZTR1 LZTR1 D151N
#> 1143 A SNV LZTR1 LZTR1 D151N
#> 1144 A SNV LZTR1 LZTR1 D151N
#> 1145 G SNV LZTR1 LZTR1 L152V
#> 1146 G SNV LZTR1 LZTR1 L152V
#> 1147 G SNV LZTR1 LZTR1 L152V
#> 1148 G SNV LZTR1 LZTR1 L152V
#> 1149 C SNV LZTR1 LZTR1 E154Q
#> 1150 C SNV LZTR1 LZTR1 E154Q
#> 1151 C SNV LZTR1 LZTR1 E154Q
#> 1152 C SNV LZTR1 LZTR1 E154Q
#> 1153 A SNV LZTR1 LZTR1 G160D
#> 1154 A SNV LZTR1 LZTR1 G160D
#> 1155 A SNV LZTR1 LZTR1 G160D
#> 1156 A SNV LZTR1 LZTR1 G160D
#> 1157 T SNV LZTR1 LZTR1 T163M
#> 1158 T SNV LZTR1 LZTR1 T163M
#> 1159 T SNV LZTR1 LZTR1 T163M
#> 1160 T SNV LZTR1 LZTR1 T163M
#> 1161 T SNV LZTR1 LZTR1 R170W
#> 1162 T SNV LZTR1 LZTR1 R170W
#> 1163 T SNV LZTR1 LZTR1 R170W
#> 1164 T SNV LZTR1 LZTR1 R170W
#> 1165 T SNV LZTR1 LZTR1 R170L
#> 1166 T SNV LZTR1 LZTR1 R170L
#> 1167 T SNV LZTR1 LZTR1 R170L
#> 1168 T SNV LZTR1 LZTR1 R170L
#> 1169 A SNV LZTR1 LZTR1 R170Q
#> 1170 A SNV LZTR1 LZTR1 R170Q
#> 1171 A SNV LZTR1 LZTR1 R170Q
#> 1172 A SNV LZTR1 LZTR1 R170Q
#> 1173 A SNV LZTR1 LZTR1 P172T
#> 1174 A SNV LZTR1 LZTR1 P172T
#> 1175 A SNV LZTR1 LZTR1 P172T
#> 1176 A SNV LZTR1 LZTR1 P172T
#> 1177 T SNV LZTR1 LZTR1 R175M
#> 1178 T SNV LZTR1 LZTR1 R175M
#> 1179 T SNV LZTR1 LZTR1 R175M
#> 1180 T SNV LZTR1 LZTR1 R175M
#> 1181 C SNV LZTR1 LZTR1 A177P
#> 1182 C SNV LZTR1 LZTR1 A177P
#> 1183 C SNV LZTR1 LZTR1 A177P
#> 1184 C SNV LZTR1 LZTR1 A177P
#> 1185 A SNV LZTR1 LZTR1 G179E
#> 1186 A SNV LZTR1 LZTR1 G179E
#> 1187 A SNV LZTR1 LZTR1 G179E
#> 1188 A SNV LZTR1 LZTR1 G179E
#> 1189 T SNV LZTR1 LZTR1 T181M
#> 1190 T SNV LZTR1 LZTR1 T181M
#> 1191 T SNV LZTR1 LZTR1 T181M
#> 1192 T SNV LZTR1 LZTR1 T181M
#> 1193 A SNV LZTR1 LZTR1 V182M
#> 1194 A SNV LZTR1 LZTR1 V182M
#> 1195 A SNV LZTR1 LZTR1 V182M
#> 1196 A SNV LZTR1 LZTR1 V182M
#> 1197 A SNV LZTR1 LZTR1 S184N
#> 1198 A SNV LZTR1 LZTR1 S184N
#> 1199 A SNV LZTR1 LZTR1 S184N
#> 1200 A SNV LZTR1 LZTR1 S184N
#> 1201 G SNV LZTR1 LZTR1 D185E
#> 1202 G SNV LZTR1 LZTR1 D185E
#> 1203 G SNV LZTR1 LZTR1 D185E
#> 1204 G SNV LZTR1 LZTR1 D185E
#> 1205 indel LZTR1 LZTR1 W188Gfs*12
#> 1206 indel LZTR1 LZTR1 W188Gfs*12
#> 1207 indel LZTR1 LZTR1 W188Gfs*12
#> 1208 indel LZTR1 LZTR1 W188Gfs*12
#> 1209 T SNV LZTR1 LZTR1 I189F
#> 1210 T SNV LZTR1 LZTR1 I189F
#> 1211 T SNV LZTR1 LZTR1 I189F
#> 1212 T SNV LZTR1 LZTR1 I189F
#> 1213 A SNV LZTR1 LZTR1 G192D
#> 1214 A SNV LZTR1 LZTR1 G192D
#> 1215 A SNV LZTR1 LZTR1 G192D
#> 1216 A SNV LZTR1 LZTR1 G192D
#> 1217 G SNV LZTR1 LZTR1 Y193C
#> 1218 G SNV LZTR1 LZTR1 Y193C
#> 1219 G SNV LZTR1 LZTR1 Y193C
#> 1220 G SNV LZTR1 LZTR1 Y193C
#> 1221 A SNV LZTR1 LZTR1 D194N
#> 1222 A SNV LZTR1 LZTR1 D194N
#> 1223 A SNV LZTR1 LZTR1 D194N
#> 1224 A SNV LZTR1 LZTR1 D194N
#> 1225 A SNV LZTR1 LZTR1 G195S
#> 1226 A SNV LZTR1 LZTR1 G195S
#> 1227 A SNV LZTR1 LZTR1 G195S
#> 1228 A SNV LZTR1 LZTR1 G195S
#> 1229 T SNV LZTR1 LZTR1 N196Y
#> 1230 T SNV LZTR1 LZTR1 N196Y
#> 1231 T SNV LZTR1 LZTR1 N196Y
#> 1232 T SNV LZTR1 LZTR1 N196Y
#> 1233 T SNV LZTR1 LZTR1 N196I
#> 1234 T SNV LZTR1 LZTR1 N196I
#> 1235 T SNV LZTR1 LZTR1 N196I
#> 1236 T SNV LZTR1 LZTR1 N196I
#> 1237 T SNV LZTR1 LZTR1 A197S
#> 1238 T SNV LZTR1 LZTR1 A197S
#> 1239 T SNV LZTR1 LZTR1 A197S
#> 1240 T SNV LZTR1 LZTR1 A197S
#> 1241 T SNV LZTR1 LZTR1 A197V
#> 1242 T SNV LZTR1 LZTR1 A197V
#> 1243 T SNV LZTR1 LZTR1 A197V
#> 1244 T SNV LZTR1 LZTR1 A197V
#> 1245 G SNV LZTR1 LZTR1 A197=
#> 1246 G SNV LZTR1 LZTR1 A197=
#> 1247 G SNV LZTR1 LZTR1 A197=
#> 1248 G SNV LZTR1 LZTR1 A197=
#> 1249 G SNV LZTR1 LZTR1 R198G
#> 1250 G SNV LZTR1 LZTR1 R198G
#> 1251 G SNV LZTR1 LZTR1 R198G
#> 1252 G SNV LZTR1 LZTR1 R198G
#> 1253 T SNV LZTR1 LZTR1 R198W
#> 1254 T SNV LZTR1 LZTR1 R198W
#> 1255 T SNV LZTR1 LZTR1 R198W
#> 1256 T SNV LZTR1 LZTR1 R198W
#> 1257 A SNV LZTR1 LZTR1 R198=
#> 1258 A SNV LZTR1 LZTR1 R198=
#> 1259 A SNV LZTR1 LZTR1 R198=
#> 1260 A SNV LZTR1 LZTR1 R198=
#> 1261 T SNV LZTR1 LZTR1 N200I
#> 1262 T SNV LZTR1 LZTR1 N200I
#> 1263 T SNV LZTR1 LZTR1 N200I
#> 1264 T SNV LZTR1 LZTR1 N200I
#> 1265 A SNV LZTR1 LZTR1 N200K
#> 1266 A SNV LZTR1 LZTR1 N200K
#> 1267 A SNV LZTR1 LZTR1 N200K
#> 1268 A SNV LZTR1 LZTR1 N200K
#> 1269 G SNV LZTR1 LZTR1 D201G
#> 1270 G SNV LZTR1 LZTR1 D201G
#> 1271 G SNV LZTR1 LZTR1 D201G
#> 1272 G SNV LZTR1 LZTR1 D201G
#> 1273 A SNV LZTR1 LZTR1 W203*
#> 1274 A SNV LZTR1 LZTR1 W203*
#> 1275 A SNV LZTR1 LZTR1 W203*
#> 1276 A SNV LZTR1 LZTR1 W203*
#> 1277 G SNV LZTR1 LZTR1 I205S
#> 1278 G SNV LZTR1 LZTR1 I205S
#> 1279 G SNV LZTR1 LZTR1 I205S
#> 1280 G SNV LZTR1 LZTR1 I205S
#> 1281 T SNV LZTR1 LZTR1 R210*
#> 1282 T SNV LZTR1 LZTR1 R210*
#> 1283 T SNV LZTR1 LZTR1 R210*
#> 1284 T SNV LZTR1 LZTR1 R210*
#> 1285 T SNV LZTR1 LZTR1 W215L
#> 1286 T SNV LZTR1 LZTR1 W215L
#> 1287 T SNV LZTR1 LZTR1 W215L
#> 1288 T SNV LZTR1 LZTR1 W215L
#> 1289 T SNV LZTR1 LZTR1 V218=
#> 1290 T SNV LZTR1 LZTR1 V218=
#> 1291 T SNV LZTR1 LZTR1 V218=
#> 1292 T SNV LZTR1 LZTR1 V218=
#> 1293 T SNV LZTR1 LZTR1 A219S
#> 1294 T SNV LZTR1 LZTR1 A219S
#> 1295 T SNV LZTR1 LZTR1 A219S
#> 1296 T SNV LZTR1 LZTR1 A219S
#> 1297 T SNV LZTR1 LZTR1 P225S
#> 1298 T SNV LZTR1 LZTR1 P225S
#> 1299 T SNV LZTR1 LZTR1 P225S
#> 1300 T SNV LZTR1 LZTR1 P225S
#> 1301 T SNV LZTR1 LZTR1 P225L
#> 1302 T SNV LZTR1 LZTR1 P225L
#> 1303 T SNV LZTR1 LZTR1 P225L
#> 1304 T SNV LZTR1 LZTR1 P225L
#> 1305 T SNV LZTR1 LZTR1 P226L
#> 1306 T SNV LZTR1 LZTR1 P226L
#> 1307 T SNV LZTR1 LZTR1 P226L
#> 1308 T SNV LZTR1 LZTR1 P226L
#> 1309 A SNV LZTR1 LZTR1 C228*
#> 1310 A SNV LZTR1 LZTR1 C228*
#> 1311 A SNV LZTR1 LZTR1 C228*
#> 1312 A SNV LZTR1 LZTR1 C228*
#> 1313 G SNV LZTR1 LZTR1 N230S
#> 1314 G SNV LZTR1 LZTR1 N230S
#> 1315 G SNV LZTR1 LZTR1 N230S
#> 1316 G SNV LZTR1 LZTR1 N230S
#> 1317 A SNV LZTR1 LZTR1 F231L
#> 1318 A SNV LZTR1 LZTR1 F231L
#> 1319 A SNV LZTR1 LZTR1 F231L
#> 1320 A SNV LZTR1 LZTR1 F231L
#> 1321 A SNV LZTR1 LZTR1 M240K
#> 1322 A SNV LZTR1 LZTR1 M240K
#> 1323 A SNV LZTR1 LZTR1 M240K
#> 1324 A SNV LZTR1 LZTR1 M240K
#> 1325 A SNV LZTR1 LZTR1 V242I
#> 1326 A SNV LZTR1 LZTR1 V242I
#> 1327 A SNV LZTR1 LZTR1 V242I
#> 1328 A SNV LZTR1 LZTR1 V242I
#> 1329 A SNV LZTR1 LZTR1 V242E
#> 1330 A SNV LZTR1 LZTR1 V242E
#> 1331 A SNV LZTR1 LZTR1 V242E
#> 1332 A SNV LZTR1 LZTR1 V242E
#> 1333 A SNV LZTR1 LZTR1 F243L
#> 1334 A SNV LZTR1 LZTR1 F243L
#> 1335 A SNV LZTR1 LZTR1 F243L
#> 1336 A SNV LZTR1 LZTR1 F243L
#> 1337 C SNV LZTR1 LZTR1 S244P
#> 1338 C SNV LZTR1 LZTR1 S244P
#> 1339 C SNV LZTR1 LZTR1 S244P
#> 1340 C SNV LZTR1 LZTR1 S244P
#> 1341 A SNV LZTR1 LZTR1 Q246K
#> 1342 A SNV LZTR1 LZTR1 Q246K
#> 1343 A SNV LZTR1 LZTR1 Q246K
#> 1344 A SNV LZTR1 LZTR1 Q246K
#> 1345 G SNV LZTR1 LZTR1 Q246R
#> 1346 G SNV LZTR1 LZTR1 Q246R
#> 1347 G SNV LZTR1 LZTR1 Q246R
#> 1348 G SNV LZTR1 LZTR1 Q246R
#> 1349 A SNV LZTR1 LZTR1 S247R
#> 1350 A SNV LZTR1 LZTR1 S247R
#> 1351 A SNV LZTR1 LZTR1 S247R
#> 1352 A SNV LZTR1 LZTR1 S247R
#> 1353 A SNV LZTR1 LZTR1 G248R
#> 1354 A SNV LZTR1 LZTR1 G248R
#> 1355 A SNV LZTR1 LZTR1 G248R
#> 1356 A SNV LZTR1 LZTR1 G248R
#> 1357 A SNV LZTR1 LZTR1 G248E
#> 1358 A SNV LZTR1 LZTR1 G248E
#> 1359 A SNV LZTR1 LZTR1 G248E
#> 1360 A SNV LZTR1 LZTR1 G248E
#> 1361 G SNV LZTR1 LZTR1 I251R
#> 1362 G SNV LZTR1 LZTR1 I251R
#> 1363 G SNV LZTR1 LZTR1 I251R
#> 1364 G SNV LZTR1 LZTR1 I251R
#> 1365 T SNV LZTR1 LZTR1 T252I
#> 1366 T SNV LZTR1 LZTR1 T252I
#> 1367 T SNV LZTR1 LZTR1 T252I
#> 1368 T SNV LZTR1 LZTR1 T252I
#> 1369 G SNV LZTR1 LZTR1 N253S
#> 1370 G SNV LZTR1 LZTR1 N253S
#> 1371 G SNV LZTR1 LZTR1 N253S
#> 1372 G SNV LZTR1 LZTR1 N253S
#> 1373 T SNV LZTR1 LZTR1 L255F
#> 1374 T SNV LZTR1 LZTR1 L255F
#> 1375 T SNV LZTR1 LZTR1 L255F
#> 1376 T SNV LZTR1 LZTR1 L255F
#> 1377 A SNV LZTR1 LZTR1 L255I
#> 1378 A SNV LZTR1 LZTR1 L255I
#> 1379 A SNV LZTR1 LZTR1 L255I
#> 1380 A SNV LZTR1 LZTR1 L255I
#> 1381 T SNV LZTR1 LZTR1 Q257*
#> 1382 T SNV LZTR1 LZTR1 Q257*
#> 1383 T SNV LZTR1 LZTR1 Q257*
#> 1384 T SNV LZTR1 LZTR1 Q257*
#> 1385 G SNV LZTR1 LZTR1 Q257R
#> 1386 G SNV LZTR1 LZTR1 Q257R
#> 1387 G SNV LZTR1 LZTR1 Q257R
#> 1388 G SNV LZTR1 LZTR1 Q257R
#> 1389 A SNV LZTR1 LZTR1 W265*
#> 1390 A SNV LZTR1 LZTR1 W265*
#> 1391 A SNV LZTR1 LZTR1 W265*
#> 1392 A SNV LZTR1 LZTR1 W265*
#> 1393 A SNV LZTR1 LZTR1 R267H
#> 1394 A SNV LZTR1 LZTR1 R267H
#> 1395 A SNV LZTR1 LZTR1 R267H
#> 1396 A SNV LZTR1 LZTR1 R267H
#> 1397 G SNV LZTR1 LZTR1 H272R
#> 1398 G SNV LZTR1 LZTR1 H272R
#> 1399 G SNV LZTR1 LZTR1 H272R
#> 1400 G SNV LZTR1 LZTR1 H272R
#> 1401 T SNV LZTR1 LZTR1 G276C
#> 1402 T SNV LZTR1 LZTR1 G276C
#> 1403 T SNV LZTR1 LZTR1 G276C
#> 1404 T SNV LZTR1 LZTR1 G276C
#> 1405 T SNV LZTR1 LZTR1 S277F
#> 1406 T SNV LZTR1 LZTR1 S277F
#> 1407 T SNV LZTR1 LZTR1 S277F
#> 1408 T SNV LZTR1 LZTR1 S277F
#> 1409 G SNV LZTR1 LZTR1 P279A
#> 1410 G SNV LZTR1 LZTR1 P279A
#> 1411 G SNV LZTR1 LZTR1 P279A
#> 1412 G SNV LZTR1 LZTR1 P279A
#> 1413 A SNV LZTR1 LZTR1 P281T
#> 1414 A SNV LZTR1 LZTR1 P281T
#> 1415 A SNV LZTR1 LZTR1 P281T
#> 1416 A SNV LZTR1 LZTR1 P281T
#> 1417 T SNV LZTR1 LZTR1 P281L
#> 1418 T SNV LZTR1 LZTR1 P281L
#> 1419 T SNV LZTR1 LZTR1 P281L
#> 1420 T SNV LZTR1 LZTR1 P281L
#> 1421 A SNV LZTR1 LZTR1 P281Q
#> 1422 A SNV LZTR1 LZTR1 P281Q
#> 1423 A SNV LZTR1 LZTR1 P281Q
#> 1424 A SNV LZTR1 LZTR1 P281Q
#> 1425 T SNV LZTR1 LZTR1 R283W
#> 1426 T SNV LZTR1 LZTR1 R283W
#> 1427 T SNV LZTR1 LZTR1 R283W
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#> 1429 A SNV LZTR1 LZTR1 R283Q
#> 1430 A SNV LZTR1 LZTR1 R283Q
#> 1431 A SNV LZTR1 LZTR1 R283Q
#> 1432 A SNV LZTR1 LZTR1 R283Q
#> 1433 T SNV LZTR1 LZTR1 R283L
#> 1434 T SNV LZTR1 LZTR1 R283L
#> 1435 T SNV LZTR1 LZTR1 R283L
#> 1436 T SNV LZTR1 LZTR1 R283L
#> 1437 A SNV LZTR1 LZTR1 R284S
#> 1438 A SNV LZTR1 LZTR1 R284S
#> 1439 A SNV LZTR1 LZTR1 R284S
#> 1440 A SNV LZTR1 LZTR1 R284S
#> 1441 A SNV LZTR1 LZTR1 R284H
#> 1442 A SNV LZTR1 LZTR1 R284H
#> 1443 A SNV LZTR1 LZTR1 R284H
#> 1444 A SNV LZTR1 LZTR1 R284H
#> 1445 A SNV LZTR1 LZTR1 G286R
#> 1446 A SNV LZTR1 LZTR1 G286R
#> 1447 A SNV LZTR1 LZTR1 G286R
#> 1448 A SNV LZTR1 LZTR1 G286R
#> 1449 T SNV LZTR1 LZTR1 T288I
#> 1450 T SNV LZTR1 LZTR1 T288I
#> 1451 T SNV LZTR1 LZTR1 T288I
#> 1452 T SNV LZTR1 LZTR1 T288I
#> 1453 C SNV LZTR1 LZTR1 F292L
#> 1454 C SNV LZTR1 LZTR1 F292L
#> 1455 C SNV LZTR1 LZTR1 F292L
#> 1456 C SNV LZTR1 LZTR1 F292L
#> 1457 T SNV LZTR1 LZTR1 R294C
#> 1458 T SNV LZTR1 LZTR1 R294C
#> 1459 T SNV LZTR1 LZTR1 R294C
#> 1460 T SNV LZTR1 LZTR1 R294C
#> 1461 A SNV LZTR1 LZTR1 G301S
#> 1462 A SNV LZTR1 LZTR1 G301S
#> 1463 A SNV LZTR1 LZTR1 G301S
#> 1464 A SNV LZTR1 LZTR1 G301S
#> 1465 T SNV LZTR1 LZTR1 A302V
#> 1466 T SNV LZTR1 LZTR1 A302V
#> 1467 T SNV LZTR1 LZTR1 A302V
#> 1468 T SNV LZTR1 LZTR1 A302V
#> 1469 T SNV LZTR1 LZTR1 E310D
#> 1470 T SNV LZTR1 LZTR1 E310D
#> 1471 T SNV LZTR1 LZTR1 E310D
#> 1472 T SNV LZTR1 LZTR1 E310D
#> 1473 T SNV LZTR1 LZTR1 V323F
#> 1474 T SNV LZTR1 LZTR1 V323F
#> 1475 T SNV LZTR1 LZTR1 V323F
#> 1476 T SNV LZTR1 LZTR1 V323F
#> 1477 A SNV LZTR1 LZTR1 G334E
#> 1478 A SNV LZTR1 LZTR1 G334E
#> 1479 A SNV LZTR1 LZTR1 G334E
#> 1480 A SNV LZTR1 LZTR1 G334E
#> 1481 A SNV LZTR1 LZTR1 A335D
#> 1482 A SNV LZTR1 LZTR1 A335D
#> 1483 A SNV LZTR1 LZTR1 A335D
#> 1484 A SNV LZTR1 LZTR1 A335D
#> 1485 T SNV LZTR1 LZTR1 R340*
#> 1486 T SNV LZTR1 LZTR1 R340*
#> 1487 T SNV LZTR1 LZTR1 R340*
#> 1488 T SNV LZTR1 LZTR1 R340*
#> 1489 A SNV LZTR1 LZTR1 R340Q
#> 1490 A SNV LZTR1 LZTR1 R340Q
#> 1491 A SNV LZTR1 LZTR1 R340Q
#> 1492 A SNV LZTR1 LZTR1 R340Q
#> 1493 A SNV LZTR1 LZTR1 A343T
#> 1494 A SNV LZTR1 LZTR1 A343T
#> 1495 A SNV LZTR1 LZTR1 A343T
#> 1496 A SNV LZTR1 LZTR1 A343T
#> 1497 C SNV LZTR1 LZTR1 Y352H
#> 1498 C SNV LZTR1 LZTR1 Y352H
#> 1499 C SNV LZTR1 LZTR1 Y352H
#> 1500 C SNV LZTR1 LZTR1 Y352H
#> 1501 T SNV LZTR1 LZTR1 E353*
#> 1502 T SNV LZTR1 LZTR1 E353*
#> 1503 T SNV LZTR1 LZTR1 E353*
#> 1504 T SNV LZTR1 LZTR1 E353*
#> 1505 T SNV LZTR1 LZTR1 R355L
#> 1506 T SNV LZTR1 LZTR1 R355L
#> 1507 T SNV LZTR1 LZTR1 R355L
#> 1508 T SNV LZTR1 LZTR1 R355L
#> 1509 T SNV LZTR1 LZTR1 G357C
#> 1510 T SNV LZTR1 LZTR1 G357C
#> 1511 T SNV LZTR1 LZTR1 G357C
#> 1512 T SNV LZTR1 LZTR1 G357C
#> 1513 G SNV LZTR1 LZTR1 F358L
#> 1514 G SNV LZTR1 LZTR1 F358L
#> 1515 G SNV LZTR1 LZTR1 F358L
#> 1516 G SNV LZTR1 LZTR1 F358L
#> 1517 A SNV LZTR1 LZTR1 G366D
#> 1518 A SNV LZTR1 LZTR1 G366D
#> 1519 A SNV LZTR1 LZTR1 G366D
#> 1520 A SNV LZTR1 LZTR1 G366D
#> 1521 A SNV LZTR1 LZTR1 G370S
#> 1522 A SNV LZTR1 LZTR1 G370S
#> 1523 A SNV LZTR1 LZTR1 G370S
#> 1524 A SNV LZTR1 LZTR1 G370S
#> 1525 T SNV LZTR1 LZTR1 K375N
#> 1526 T SNV LZTR1 LZTR1 K375N
#> 1527 T SNV LZTR1 LZTR1 K375N
#> 1528 T SNV LZTR1 LZTR1 K375N
#> 1529 indel LZTR1 LZTR1 Q376Sfs*85
#> 1530 indel LZTR1 LZTR1 Q376Sfs*85
#> 1531 indel LZTR1 LZTR1 Q376Sfs*85
#> 1532 indel LZTR1 LZTR1 Q376Sfs*85
#> 1533 T SNV LZTR1 LZTR1 G387W
#> 1534 T SNV LZTR1 LZTR1 G387W
#> 1535 T SNV LZTR1 LZTR1 G387W
#> 1536 T SNV LZTR1 LZTR1 G387W
#> 1537 T SNV LZTR1 LZTR1 L389F
#> 1538 T SNV LZTR1 LZTR1 L389F
#> 1539 T SNV LZTR1 LZTR1 L389F
#> 1540 T SNV LZTR1 LZTR1 L389F
#> 1541 T SNV LZTR1 LZTR1 H391Y
#> 1542 T SNV LZTR1 LZTR1 H391Y
#> 1543 T SNV LZTR1 LZTR1 H391Y
#> 1544 T SNV LZTR1 LZTR1 H391Y
#> 1545 A SNV LZTR1 LZTR1 A392T
#> 1546 A SNV LZTR1 LZTR1 A392T
#> 1547 A SNV LZTR1 LZTR1 A392T
#> 1548 A SNV LZTR1 LZTR1 A392T
#> 1549 T SNV LZTR1 LZTR1 A392V
#> 1550 T SNV LZTR1 LZTR1 A392V
#> 1551 T SNV LZTR1 LZTR1 A392V
#> 1552 T SNV LZTR1 LZTR1 A392V
#> 1553 A SNV LZTR1 LZTR1 A394D
#> 1554 A SNV LZTR1 LZTR1 A394D
#> 1555 A SNV LZTR1 LZTR1 A394D
#> 1556 A SNV LZTR1 LZTR1 A394D
#> 1557 A SNV LZTR1 LZTR1 M400I
#> 1558 A SNV LZTR1 LZTR1 M400I
#> 1559 A SNV LZTR1 LZTR1 M400I
#> 1560 A SNV LZTR1 LZTR1 M400I
#> 1561 A SNV LZTR1 LZTR1 F403L
#> 1562 A SNV LZTR1 LZTR1 F403L
#> 1563 A SNV LZTR1 LZTR1 F403L
#> 1564 A SNV LZTR1 LZTR1 F403L
#> 1565 A SNV LZTR1 LZTR1 G404R
#> 1566 A SNV LZTR1 LZTR1 G404R
#> 1567 A SNV LZTR1 LZTR1 G404R
#> 1568 A SNV LZTR1 LZTR1 G404R
#> 1569 A SNV LZTR1 LZTR1 G404E
#> 1570 A SNV LZTR1 LZTR1 G404E
#> 1571 A SNV LZTR1 LZTR1 G404E
#> 1572 A SNV LZTR1 LZTR1 G404E
#> 1573 A SNV LZTR1 LZTR1 G405D
#> 1574 A SNV LZTR1 LZTR1 G405D
#> 1575 A SNV LZTR1 LZTR1 G405D
#> 1576 A SNV LZTR1 LZTR1 G405D
#> 1577 T SNV LZTR1 LZTR1 T406M
#> 1578 T SNV LZTR1 LZTR1 T406M
#> 1579 T SNV LZTR1 LZTR1 T406M
#> 1580 T SNV LZTR1 LZTR1 T406M
#> 1581 T SNV LZTR1 LZTR1 R412C
#> 1582 T SNV LZTR1 LZTR1 R412C
#> 1583 T SNV LZTR1 LZTR1 R412C
#> 1584 T SNV LZTR1 LZTR1 R412C
#> 1585 A SNV LZTR1 LZTR1 R412H
#> 1586 A SNV LZTR1 LZTR1 R412H
#> 1587 A SNV LZTR1 LZTR1 R412H
#> 1588 A SNV LZTR1 LZTR1 R412H
#> 1589 T SNV LZTR1 LZTR1 S422F
#> 1590 T SNV LZTR1 LZTR1 S422F
#> 1591 T SNV LZTR1 LZTR1 S422F
#> 1592 T SNV LZTR1 LZTR1 S422F
#> 1593 G SNV LZTR1 LZTR1 C423G
#> 1594 G SNV LZTR1 LZTR1 C423G
#> 1595 G SNV LZTR1 LZTR1 C423G
#> 1596 G SNV LZTR1 LZTR1 C423G
#> 1597 T SNV LZTR1 LZTR1 E431V
#> 1598 T SNV LZTR1 LZTR1 E431V
#> 1599 T SNV LZTR1 LZTR1 E431V
#> 1600 T SNV LZTR1 LZTR1 E431V
#> 1601 C SNV LZTR1 LZTR1 D432H
#> 1602 C SNV LZTR1 LZTR1 D432H
#> 1603 C SNV LZTR1 LZTR1 D432H
#> 1604 C SNV LZTR1 LZTR1 D432H
#> 1605 C SNV LZTR1 LZTR1 D432A
#> 1606 C SNV LZTR1 LZTR1 D432A
#> 1607 C SNV LZTR1 LZTR1 D432A
#> 1608 C SNV LZTR1 LZTR1 D432A
#> 1609 A SNV LZTR1 LZTR1 D432E
#> 1610 A SNV LZTR1 LZTR1 D432E
#> 1611 A SNV LZTR1 LZTR1 D432E
#> 1612 A SNV LZTR1 LZTR1 D432E
#> 1613 A SNV LZTR1 LZTR1 G434R
#> 1614 A SNV LZTR1 LZTR1 G434R
#> 1615 A SNV LZTR1 LZTR1 G434R
#> 1616 A SNV LZTR1 LZTR1 G434R
#> 1617 T SNV LZTR1 LZTR1 G434W
#> 1618 T SNV LZTR1 LZTR1 G434W
#> 1619 T SNV LZTR1 LZTR1 G434W
#> 1620 T SNV LZTR1 LZTR1 G434W
#> 1621 A SNV LZTR1 LZTR1 R440H
#> 1622 A SNV LZTR1 LZTR1 R440H
#> 1623 A SNV LZTR1 LZTR1 R440H
#> 1624 A SNV LZTR1 LZTR1 R440H
#> 1625 T SNV LZTR1 LZTR1 Q441*
#> 1626 T SNV LZTR1 LZTR1 Q441*
#> 1627 T SNV LZTR1 LZTR1 Q441*
#> 1628 T SNV LZTR1 LZTR1 Q441*
#> 1629 A SNV LZTR1 LZTR1 F447L
#> 1630 A SNV LZTR1 LZTR1 F447L
#> 1631 A SNV LZTR1 LZTR1 F447L
#> 1632 A SNV LZTR1 LZTR1 F447L
#> 1633 A SNV LZTR1 LZTR1 V448M
#> 1634 A SNV LZTR1 LZTR1 V448M
#> 1635 A SNV LZTR1 LZTR1 V448M
#> 1636 A SNV LZTR1 LZTR1 V448M
#> 1637 A SNV LZTR1 LZTR1 L449Q
#> 1638 A SNV LZTR1 LZTR1 L449Q
#> 1639 A SNV LZTR1 LZTR1 L449Q
#> 1640 A SNV LZTR1 LZTR1 L449Q
#> 1641 T SNV LZTR1 LZTR1 G450C
#> 1642 T SNV LZTR1 LZTR1 G450C
#> 1643 T SNV LZTR1 LZTR1 G450C
#> 1644 T SNV LZTR1 LZTR1 G450C
#> 1645 A SNV LZTR1 LZTR1 E451=
#> 1646 A SNV LZTR1 LZTR1 E451=
#> 1647 A SNV LZTR1 LZTR1 E451=
#> 1648 A SNV LZTR1 LZTR1 E451=
#> 1649 indel LZTR1 LZTR1 E454del
#> 1650 indel LZTR1 LZTR1 E454del
#> 1651 indel LZTR1 LZTR1 E454del
#> 1652 indel LZTR1 LZTR1 E454del
#> 1653 A SNV LZTR1 LZTR1 V456M
#> 1654 A SNV LZTR1 LZTR1 V456M
#> 1655 A SNV LZTR1 LZTR1 V456M
#> 1656 A SNV LZTR1 LZTR1 V456M
#> 1657 T SNV LZTR1 LZTR1 Q457*
#> 1658 T SNV LZTR1 LZTR1 Q457*
#> 1659 T SNV LZTR1 LZTR1 Q457*
#> 1660 T SNV LZTR1 LZTR1 Q457*
#> 1661 T SNV LZTR1 LZTR1 G458C
#> 1662 T SNV LZTR1 LZTR1 G458C
#> 1663 T SNV LZTR1 LZTR1 G458C
#> 1664 T SNV LZTR1 LZTR1 G458C
#> 1665 T SNV LZTR1 LZTR1 H459Y
#> 1666 T SNV LZTR1 LZTR1 H459Y
#> 1667 T SNV LZTR1 LZTR1 H459Y
#> 1668 T SNV LZTR1 LZTR1 H459Y
#> 1669 A SNV LZTR1 LZTR1 V460I
#> 1670 A SNV LZTR1 LZTR1 V460I
#> 1671 A SNV LZTR1 LZTR1 V460I
#> 1672 A SNV LZTR1 LZTR1 V460I
#> 1673 C SNV LZTR1 LZTR1 V460A
#> 1674 C SNV LZTR1 LZTR1 V460A
#> 1675 C SNV LZTR1 LZTR1 V460A
#> 1676 C SNV LZTR1 LZTR1 V460A
#> 1677 C SNV LZTR1 LZTR1 V463L
#> 1678 C SNV LZTR1 LZTR1 V463L
#> 1679 C SNV LZTR1 LZTR1 V463L
#> 1680 C SNV LZTR1 LZTR1 V463L
#> 1681 G SNV LZTR1 LZTR1 V463G
#> 1682 G SNV LZTR1 LZTR1 V463G
#> 1683 G SNV LZTR1 LZTR1 V463G
#> 1684 G SNV LZTR1 LZTR1 V463G
#> 1685 A SNV LZTR1 LZTR1 A465T
#> 1686 A SNV LZTR1 LZTR1 A465T
#> 1687 A SNV LZTR1 LZTR1 A465T
#> 1688 A SNV LZTR1 LZTR1 A465T
#> 1689 T SNV LZTR1 LZTR1 R466W
#> 1690 T SNV LZTR1 LZTR1 R466W
#> 1691 T SNV LZTR1 LZTR1 R466W
#> 1692 T SNV LZTR1 LZTR1 R466W
#> 1693 A SNV LZTR1 LZTR1 R466Q
#> 1694 A SNV LZTR1 LZTR1 R466Q
#> 1695 A SNV LZTR1 LZTR1 R466Q
#> 1696 A SNV LZTR1 LZTR1 R466Q
#> 1697 T SNV LZTR1 LZTR1 R468C
#> 1698 T SNV LZTR1 LZTR1 R468C
#> 1699 T SNV LZTR1 LZTR1 R468C
#> 1700 T SNV LZTR1 LZTR1 R468C
#> 1701 C SNV LZTR1 LZTR1 W469S
#> 1702 C SNV LZTR1 LZTR1 W469S
#> 1703 C SNV LZTR1 LZTR1 W469S
#> 1704 C SNV LZTR1 LZTR1 W469S
#> 1705 A SNV LZTR1 LZTR1 R471H
#> 1706 A SNV LZTR1 LZTR1 R471H
#> 1707 A SNV LZTR1 LZTR1 R471H
#> 1708 A SNV LZTR1 LZTR1 R471H
#> 1709 G SNV LZTR1 LZTR1 I474V
#> 1710 G SNV LZTR1 LZTR1 I474V
#> 1711 G SNV LZTR1 LZTR1 I474V
#> 1712 G SNV LZTR1 LZTR1 I474V
#> 1713 G SNV LZTR1 LZTR1 T475A
#> 1714 G SNV LZTR1 LZTR1 T475A
#> 1715 G SNV LZTR1 LZTR1 T475A
#> 1716 G SNV LZTR1 LZTR1 T475A
#> 1717 T SNV LZTR1 LZTR1 A477V
#> 1718 T SNV LZTR1 LZTR1 A477V
#> 1719 T SNV LZTR1 LZTR1 A477V
#> 1720 T SNV LZTR1 LZTR1 A477V
#> 1721 T SNV LZTR1 LZTR1 Q483L
#> 1722 T SNV LZTR1 LZTR1 Q483L
#> 1723 T SNV LZTR1 LZTR1 Q483L
#> 1724 T SNV LZTR1 LZTR1 Q483L
#> 1725 T SNV LZTR1 LZTR1 Q487*
#> 1726 T SNV LZTR1 LZTR1 Q487*
#> 1727 T SNV LZTR1 LZTR1 Q487*
#> 1728 T SNV LZTR1 LZTR1 Q487*
#> 1729 A SNV LZTR1 LZTR1 E488K
#> 1730 A SNV LZTR1 LZTR1 E488K
#> 1731 A SNV LZTR1 LZTR1 E488K
#> 1732 A SNV LZTR1 LZTR1 E488K
#> 1733 T SNV LZTR1 LZTR1 A489V
#> 1734 T SNV LZTR1 LZTR1 A489V
#> 1735 T SNV LZTR1 LZTR1 A489V
#> 1736 T SNV LZTR1 LZTR1 A489V
#> 1737 T SNV LZTR1 LZTR1 P497S
#> 1738 T SNV LZTR1 LZTR1 P497S
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#> 1740 T SNV LZTR1 LZTR1 P497S
#> 1741 T SNV LZTR1 LZTR1 A500V
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#> 1743 T SNV LZTR1 LZTR1 A500V
#> 1744 T SNV LZTR1 LZTR1 A500V
#> 1745 A SNV LZTR1 LZTR1 A500D
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#> 1747 A SNV LZTR1 LZTR1 A500D
#> 1748 A SNV LZTR1 LZTR1 A500D
#> 1749 A SNV LZTR1 LZTR1 A504T
#> 1750 A SNV LZTR1 LZTR1 A504T
#> 1751 A SNV LZTR1 LZTR1 A504T
#> 1752 A SNV LZTR1 LZTR1 A504T
#> 1753 indel LZTR1 LZTR1 R505Gfs*51
#> 1754 indel LZTR1 LZTR1 R505Gfs*51
#> 1755 indel LZTR1 LZTR1 R505Gfs*51
#> 1756 indel LZTR1 LZTR1 R505Gfs*51
#> 1757 A SNV LZTR1 LZTR1 R505Q
#> 1758 A SNV LZTR1 LZTR1 R505Q
#> 1759 A SNV LZTR1 LZTR1 R505Q
#> 1760 A SNV LZTR1 LZTR1 R505Q
#> 1761 T SNV LZTR1 LZTR1 P506L
#> 1762 T SNV LZTR1 LZTR1 P506L
#> 1763 T SNV LZTR1 LZTR1 P506L
#> 1764 T SNV LZTR1 LZTR1 P506L
#> 1765 T SNV LZTR1 LZTR1 R514W
#> 1766 T SNV LZTR1 LZTR1 R514W
#> 1767 T SNV LZTR1 LZTR1 R514W
#> 1768 T SNV LZTR1 LZTR1 R514W
#> 1769 T SNV LZTR1 LZTR1 A518V
#> 1770 T SNV LZTR1 LZTR1 A518V
#> 1771 T SNV LZTR1 LZTR1 A518V
#> 1772 T SNV LZTR1 LZTR1 A518V
#> 1773 indel LZTR1 LZTR1 R519Hfs*144
#> 1774 indel LZTR1 LZTR1 R519Hfs*144
#> 1775 indel LZTR1 LZTR1 R519Hfs*144
#> 1776 indel LZTR1 LZTR1 R519Hfs*144
#> 1777 T SNV LZTR1 LZTR1 R519W
#> 1778 T SNV LZTR1 LZTR1 R519W
#> 1779 T SNV LZTR1 LZTR1 R519W
#> 1780 T SNV LZTR1 LZTR1 R519W
#> 1781 A SNV LZTR1 LZTR1 E522K
#> 1782 A SNV LZTR1 LZTR1 E522K
#> 1783 A SNV LZTR1 LZTR1 E522K
#> 1784 A SNV LZTR1 LZTR1 E522K
#> 1785 A SNV LZTR1 LZTR1 L528I
#> 1786 A SNV LZTR1 LZTR1 L528I
#> 1787 A SNV LZTR1 LZTR1 L528I
#> 1788 A SNV LZTR1 LZTR1 L528I
#> 1789 T SNV LZTR1 LZTR1 R537W
#> 1790 T SNV LZTR1 LZTR1 R537W
#> 1791 T SNV LZTR1 LZTR1 R537W
#> 1792 T SNV LZTR1 LZTR1 R537W
#> 1793 A SNV LZTR1 LZTR1 L545M
#> 1794 A SNV LZTR1 LZTR1 L545M
#> 1795 A SNV LZTR1 LZTR1 L545M
#> 1796 A SNV LZTR1 LZTR1 L545M
#> 1797 C SNV LZTR1 LZTR1 K552N
#> 1798 C SNV LZTR1 LZTR1 K552N
#> 1799 C SNV LZTR1 LZTR1 K552N
#> 1800 C SNV LZTR1 LZTR1 K552N
#> 1801 A SNV LZTR1 LZTR1 C560Y
#> 1802 A SNV LZTR1 LZTR1 C560Y
#> 1803 A SNV LZTR1 LZTR1 C560Y
#> 1804 A SNV LZTR1 LZTR1 C560Y
#> 1805 A SNV LZTR1 LZTR1 R561S
#> 1806 A SNV LZTR1 LZTR1 R561S
#> 1807 A SNV LZTR1 LZTR1 R561S
#> 1808 A SNV LZTR1 LZTR1 R561S
#> 1809 A SNV LZTR1 LZTR1 R561H
#> 1810 A SNV LZTR1 LZTR1 R561H
#> 1811 A SNV LZTR1 LZTR1 R561H
#> 1812 A SNV LZTR1 LZTR1 R561H
#> 1813 T SNV LZTR1 LZTR1 R567C
#> 1814 T SNV LZTR1 LZTR1 R567C
#> 1815 T SNV LZTR1 LZTR1 R567C
#> 1816 T SNV LZTR1 LZTR1 R567C
#> 1817 A SNV LZTR1 LZTR1 R567S
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#> 1819 A SNV LZTR1 LZTR1 R567S
#> 1820 A SNV LZTR1 LZTR1 R567S
#> 1821 C SNV LZTR1 LZTR1 Y569H
#> 1822 C SNV LZTR1 LZTR1 Y569H
#> 1823 C SNV LZTR1 LZTR1 Y569H
#> 1824 C SNV LZTR1 LZTR1 Y569H
#> 1825 A SNV LZTR1 LZTR1 E571K
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#> 1827 A SNV LZTR1 LZTR1 E571K
#> 1828 A SNV LZTR1 LZTR1 E571K
#> 1829 T SNV LZTR1 LZTR1 A572S
#> 1830 T SNV LZTR1 LZTR1 A572S
#> 1831 T SNV LZTR1 LZTR1 A572S
#> 1832 T SNV LZTR1 LZTR1 A572S
#> 1833 A SNV LZTR1 LZTR1 V574M
#> 1834 A SNV LZTR1 LZTR1 V574M
#> 1835 A SNV LZTR1 LZTR1 V574M
#> 1836 A SNV LZTR1 LZTR1 V574M
#> 1837 T SNV LZTR1 LZTR1 A586V
#> 1838 T SNV LZTR1 LZTR1 A586V
#> 1839 T SNV LZTR1 LZTR1 A586V
#> 1840 T SNV LZTR1 LZTR1 A586V
#> 1841 A SNV LZTR1 LZTR1 R588Q
#> 1842 A SNV LZTR1 LZTR1 R588Q
#> 1843 A SNV LZTR1 LZTR1 R588Q
#> 1844 A SNV LZTR1 LZTR1 R588Q
#> 1845 G SNV LZTR1 LZTR1 L591R
#> 1846 G SNV LZTR1 LZTR1 L591R
#> 1847 G SNV LZTR1 LZTR1 L591R
#> 1848 G SNV LZTR1 LZTR1 L591R
#> 1849 A SNV LZTR1 LZTR1 F601I
#> 1850 A SNV LZTR1 LZTR1 F601I
#> 1851 A SNV LZTR1 LZTR1 F601I
#> 1852 A SNV LZTR1 LZTR1 F601I
#> 1853 G SNV LZTR1 LZTR1 Q610R
#> 1854 G SNV LZTR1 LZTR1 Q610R
#> 1855 G SNV LZTR1 LZTR1 Q610R
#> 1856 G SNV LZTR1 LZTR1 Q610R
#> 1857 A SNV LZTR1 LZTR1 M614I
#> 1858 A SNV LZTR1 LZTR1 M614I
#> 1859 A SNV LZTR1 LZTR1 M614I
#> 1860 A SNV LZTR1 LZTR1 M614I
#> 1861 A SNV LZTR1 LZTR1 E618K
#> 1862 A SNV LZTR1 LZTR1 E618K
#> 1863 A SNV LZTR1 LZTR1 E618K
#> 1864 A SNV LZTR1 LZTR1 E618K
#> 1865 A SNV LZTR1 LZTR1 R619H
#> 1866 A SNV LZTR1 LZTR1 R619H
#> 1867 A SNV LZTR1 LZTR1 R619H
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#> 1869 G SNV LZTR1 LZTR1 L620R
#> 1870 G SNV LZTR1 LZTR1 L620R
#> 1871 G SNV LZTR1 LZTR1 L620R
#> 1872 G SNV LZTR1 LZTR1 L620R
#> 1873 T SNV LZTR1 LZTR1 S621F
#> 1874 T SNV LZTR1 LZTR1 S621F
#> 1875 T SNV LZTR1 LZTR1 S621F
#> 1876 T SNV LZTR1 LZTR1 S621F
#> 1877 C SNV LZTR1 LZTR1 V626L
#> 1878 C SNV LZTR1 LZTR1 V626L
#> 1879 C SNV LZTR1 LZTR1 V626L
#> 1880 C SNV LZTR1 LZTR1 V626L
#> 1881 G SNV LZTR1 LZTR1 E627G
#> 1882 G SNV LZTR1 LZTR1 E627G
#> 1883 G SNV LZTR1 LZTR1 E627G
#> 1884 G SNV LZTR1 LZTR1 E627G
#> 1885 T SNV LZTR1 LZTR1 R630W
#> 1886 T SNV LZTR1 LZTR1 R630W
#> 1887 T SNV LZTR1 LZTR1 R630W
#> 1888 T SNV LZTR1 LZTR1 R630W
#> 1889 A SNV LZTR1 LZTR1 R630Q
#> 1890 A SNV LZTR1 LZTR1 R630Q
#> 1891 A SNV LZTR1 LZTR1 R630Q
#> 1892 A SNV LZTR1 LZTR1 R630Q
#> 1893 A SNV LZTR1 LZTR1 R631Q
#> 1894 A SNV LZTR1 LZTR1 R631Q
#> 1895 A SNV LZTR1 LZTR1 R631Q
#> 1896 A SNV LZTR1 LZTR1 R631Q
#> 1897 C SNV LZTR1 LZTR1 Q634P
#> 1898 C SNV LZTR1 LZTR1 Q634P
#> 1899 C SNV LZTR1 LZTR1 Q634P
#> 1900 C SNV LZTR1 LZTR1 Q634P
#> 1901 T SNV LZTR1 LZTR1 P635S
#> 1902 T SNV LZTR1 LZTR1 P635S
#> 1903 T SNV LZTR1 LZTR1 P635S
#> 1904 T SNV LZTR1 LZTR1 P635S
#> 1905 T SNV LZTR1 LZTR1 P635L
#> 1906 T SNV LZTR1 LZTR1 P635L
#> 1907 T SNV LZTR1 LZTR1 P635L
#> 1908 T SNV LZTR1 LZTR1 P635L
#> 1909 T SNV LZTR1 LZTR1 P637S
#> 1910 T SNV LZTR1 LZTR1 P637S
#> 1911 T SNV LZTR1 LZTR1 P637S
#> 1912 T SNV LZTR1 LZTR1 P637S
#> 1913 indel LZTR1 LZTR1 P637Lfs*15
#> 1914 indel LZTR1 LZTR1 P637Lfs*15
#> 1915 indel LZTR1 LZTR1 P637Lfs*15
#> 1916 indel LZTR1 LZTR1 P637Lfs*15
#> 1917 T SNV LZTR1 LZTR1 R638C
#> 1918 T SNV LZTR1 LZTR1 R638C
#> 1919 T SNV LZTR1 LZTR1 R638C
#> 1920 T SNV LZTR1 LZTR1 R638C
#> 1921 A SNV LZTR1 LZTR1 R638H
#> 1922 A SNV LZTR1 LZTR1 R638H
#> 1923 A SNV LZTR1 LZTR1 R638H
#> 1924 A SNV LZTR1 LZTR1 R638H
#> 1925 T SNV LZTR1 LZTR1 Q643*
#> 1926 T SNV LZTR1 LZTR1 Q643*
#> 1927 T SNV LZTR1 LZTR1 Q643*
#> 1928 T SNV LZTR1 LZTR1 Q643*
#> 1929 T SNV LZTR1 LZTR1 G648C
#> 1930 T SNV LZTR1 LZTR1 G648C
#> 1931 T SNV LZTR1 LZTR1 G648C
#> 1932 T SNV LZTR1 LZTR1 G648C
#> 1933 G SNV LZTR1 LZTR1 L651V
#> 1934 G SNV LZTR1 LZTR1 L651V
#> 1935 G SNV LZTR1 LZTR1 L651V
#> 1936 G SNV LZTR1 LZTR1 L651V
#> 1937 G SNV LZTR1 LZTR1 E660G
#> 1938 G SNV LZTR1 LZTR1 E660G
#> 1939 G SNV LZTR1 LZTR1 E660G
#> 1940 G SNV LZTR1 LZTR1 E660G
#> 1941 T SNV LZTR1 LZTR1 A662V
#> 1942 T SNV LZTR1 LZTR1 A662V
#> 1943 T SNV LZTR1 LZTR1 A662V
#> 1944 T SNV LZTR1 LZTR1 A662V
#> 1945 A SNV LZTR1 LZTR1 A664T
#> 1946 A SNV LZTR1 LZTR1 A664T
#> 1947 A SNV LZTR1 LZTR1 A664T
#> 1948 A SNV LZTR1 LZTR1 A664T
#> 1949 T SNV LZTR1 LZTR1 A664V
#> 1950 T SNV LZTR1 LZTR1 A664V
#> 1951 T SNV LZTR1 LZTR1 A664V
#> 1952 T SNV LZTR1 LZTR1 A664V
#> 1953 A SNV LZTR1 LZTR1 G675R
#> 1954 A SNV LZTR1 LZTR1 G675R
#> 1955 A SNV LZTR1 LZTR1 G675R
#> 1956 A SNV LZTR1 LZTR1 G675R
#> 1957 G SNV LZTR1 LZTR1 I684V
#> 1958 G SNV LZTR1 LZTR1 I684V
#> 1959 G SNV LZTR1 LZTR1 I684V
#> 1960 G SNV LZTR1 LZTR1 I684V
#> 1961 A SNV LZTR1 LZTR1 A687T
#> 1962 A SNV LZTR1 LZTR1 A687T
#> 1963 A SNV LZTR1 LZTR1 A687T
#> 1964 A SNV LZTR1 LZTR1 A687T
#> 1965 T SNV LZTR1 LZTR1 R688C
#> 1966 T SNV LZTR1 LZTR1 R688C
#> 1967 T SNV LZTR1 LZTR1 R688C
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#> 1969 A SNV LZTR1 LZTR1 R688S
#> 1970 A SNV LZTR1 LZTR1 R688S
#> 1971 A SNV LZTR1 LZTR1 R688S
#> 1972 A SNV LZTR1 LZTR1 R688S
#> 1973 A SNV LZTR1 LZTR1 R688H
#> 1974 A SNV LZTR1 LZTR1 R688H
#> 1975 A SNV LZTR1 LZTR1 R688H
#> 1976 A SNV LZTR1 LZTR1 R688H
#> 1977 G SNV LZTR1 LZTR1 S689C
#> 1978 G SNV LZTR1 LZTR1 S689C
#> 1979 G SNV LZTR1 LZTR1 S689C
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#> 1981 G SNV LZTR1 LZTR1 S690R
#> 1982 G SNV LZTR1 LZTR1 S690R
#> 1983 G SNV LZTR1 LZTR1 S690R
#> 1984 G SNV LZTR1 LZTR1 S690R
#> 1985 C SNV LZTR1 LZTR1 E693Q
#> 1986 C SNV LZTR1 LZTR1 E693Q
#> 1987 C SNV LZTR1 LZTR1 E693Q
#> 1988 C SNV LZTR1 LZTR1 E693Q
#> 1989 C SNV LZTR1 LZTR1 F696S
#> 1990 C SNV LZTR1 LZTR1 F696S
#> 1991 C SNV LZTR1 LZTR1 F696S
#> 1992 C SNV LZTR1 LZTR1 F696S
#> 1993 A SNV LZTR1 LZTR1 R697Q
#> 1994 A SNV LZTR1 LZTR1 R697Q
#> 1995 A SNV LZTR1 LZTR1 R697Q
#> 1996 A SNV LZTR1 LZTR1 R697Q
#> 1997 A SNV LZTR1 LZTR1 E702K
#> 1998 A SNV LZTR1 LZTR1 E702K
#> 1999 A SNV LZTR1 LZTR1 E702K
#> 2000 A SNV LZTR1 LZTR1 E702K
#> 2001 G SNV LZTR1 LZTR1 Q705E
#> 2002 G SNV LZTR1 LZTR1 Q705E
#> 2003 G SNV LZTR1 LZTR1 Q705E
#> 2004 G SNV LZTR1 LZTR1 Q705E
#> 2005 G SNV LZTR1 LZTR1 P715R
#> 2006 G SNV LZTR1 LZTR1 P715R
#> 2007 G SNV LZTR1 LZTR1 P715R
#> 2008 G SNV LZTR1 LZTR1 P715R
#> 2009 A SNV LZTR1 LZTR1 Q718K
#> 2010 A SNV LZTR1 LZTR1 Q718K
#> 2011 A SNV LZTR1 LZTR1 Q718K
#> 2012 A SNV LZTR1 LZTR1 Q718K
#> 2013 T SNV LZTR1 LZTR1 A719V
#> 2014 T SNV LZTR1 LZTR1 A719V
#> 2015 T SNV LZTR1 LZTR1 A719V
#> 2016 T SNV LZTR1 LZTR1 A719V
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#> 2018 A SNV LZTR1 LZTR1 E721K
#> 2019 A SNV LZTR1 LZTR1 E721K
#> 2020 A SNV LZTR1 LZTR1 E721K
#> 2021 T SNV LZTR1 LZTR1 E721*
#> 2022 T SNV LZTR1 LZTR1 E721*
#> 2023 T SNV LZTR1 LZTR1 E721*
#> 2024 T SNV LZTR1 LZTR1 E721*
#> 2025 A SNV LZTR1 LZTR1 M723I
#> 2026 A SNV LZTR1 LZTR1 M723I
#> 2027 A SNV LZTR1 LZTR1 M723I
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#> 2029 A SNV LZTR1 LZTR1 R725H
#> 2030 A SNV LZTR1 LZTR1 R725H
#> 2031 A SNV LZTR1 LZTR1 R725H
#> 2032 A SNV LZTR1 LZTR1 R725H
#> 2033 G SNV LZTR1 LZTR1 Y728C
#> 2034 G SNV LZTR1 LZTR1 Y728C
#> 2035 G SNV LZTR1 LZTR1 Y728C
#> 2036 G SNV LZTR1 LZTR1 Y728C
#> 2037 A SNV LZTR1 LZTR1 G730D
#> 2038 A SNV LZTR1 LZTR1 G730D
#> 2039 A SNV LZTR1 LZTR1 G730D
#> 2040 A SNV LZTR1 LZTR1 G730D
#> 2041 A SNV LZTR1 LZTR1 E731K
#> 2042 A SNV LZTR1 LZTR1 E731K
#> 2043 A SNV LZTR1 LZTR1 E731K
#> 2044 A SNV LZTR1 LZTR1 E731K
#> 2045 A SNV LZTR1 LZTR1 D738N
#> 2046 A SNV LZTR1 LZTR1 D738N
#> 2047 A SNV LZTR1 LZTR1 D738N
#> 2048 A SNV LZTR1 LZTR1 D738N
#> 2049 indel LZTR1 LZTR1 F743Lfs*24
#> 2050 indel LZTR1 LZTR1 F743Lfs*24
#> 2051 indel LZTR1 LZTR1 F743Lfs*24
#> 2052 indel LZTR1 LZTR1 F743Lfs*24
#> 2053 T SNV LZTR1 LZTR1 A744V
#> 2054 T SNV LZTR1 LZTR1 A744V
#> 2055 T SNV LZTR1 LZTR1 A744V
#> 2056 T SNV LZTR1 LZTR1 A744V
#> 2057 indel LZTR1 LZTR1 Y747Tfs*20
#> 2058 indel LZTR1 LZTR1 Y747Tfs*20
#> 2059 indel LZTR1 LZTR1 Y747Tfs*20
#> 2060 indel LZTR1 LZTR1 Y747Tfs*20
#> 2061 A SNV LZTR1 LZTR1 Y748*
#> 2062 A SNV LZTR1 LZTR1 Y748*
#> 2063 A SNV LZTR1 LZTR1 Y748*
#> 2064 A SNV LZTR1 LZTR1 Y748*
#> 2065 A SNV LZTR1 LZTR1 N753K
#> 2066 A SNV LZTR1 LZTR1 N753K
#> 2067 A SNV LZTR1 LZTR1 N753K
#> 2068 A SNV LZTR1 LZTR1 N753K
#> 2069 T SNV LZTR1 LZTR1 R755W
#> 2070 T SNV LZTR1 LZTR1 R755W
#> 2071 T SNV LZTR1 LZTR1 R755W
#> 2072 T SNV LZTR1 LZTR1 R755W
#> 2073 T SNV LZTR1 LZTR1 R755L
#> 2074 T SNV LZTR1 LZTR1 R755L
#> 2075 T SNV LZTR1 LZTR1 R755L
#> 2076 T SNV LZTR1 LZTR1 R755L
#> 2077 T SNV LZTR1 LZTR1 A758V
#> 2078 T SNV LZTR1 LZTR1 A758V
#> 2079 T SNV LZTR1 LZTR1 A758V
#> 2080 T SNV LZTR1 LZTR1 A758V
#> 2081 GC indel LZTR1 LZTR1 L764Rfs*4
#> 2082 GC indel LZTR1 LZTR1 L764Rfs*4
#> 2083 GC indel LZTR1 LZTR1 L764Rfs*4
#> 2084 GC indel LZTR1 LZTR1 L764Rfs*4
#> 2085 T SNV LZTR1 LZTR1 E765*
#> 2086 T SNV LZTR1 LZTR1 E765*
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#> 2088 T SNV LZTR1 LZTR1 E765*
#> 2089 A SNV LZTR1 LZTR1 M766I
#> 2090 A SNV LZTR1 LZTR1 M766I
#> 2091 A SNV LZTR1 LZTR1 M766I
#> 2092 A SNV LZTR1 LZTR1 M766I
#> 2093 T SNV LZTR1 LZTR1 T769M
#> 2094 T SNV LZTR1 LZTR1 T769M
#> 2095 T SNV LZTR1 LZTR1 T769M
#> 2096 T SNV LZTR1 LZTR1 T769M
#> 2097 A SNV LZTR1 LZTR1 N772K
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#> 2099 A SNV LZTR1 LZTR1 N772K
#> 2100 A SNV LZTR1 LZTR1 N772K
#> 2101 A SNV LZTR1 LZTR1 V773M
#> 2102 A SNV LZTR1 LZTR1 V773M
#> 2103 A SNV LZTR1 LZTR1 V773M
#> 2104 A SNV LZTR1 LZTR1 V773M
#> 2105 G SNV LZTR1 LZTR1 L774R
#> 2106 G SNV LZTR1 LZTR1 L774R
#> 2107 G SNV LZTR1 LZTR1 L774R
#> 2108 G SNV LZTR1 LZTR1 L774R
#> 2109 T SNV LZTR1 LZTR1 T783M
#> 2110 T SNV LZTR1 LZTR1 T783M
#> 2111 T SNV LZTR1 LZTR1 T783M
#> 2112 T SNV LZTR1 LZTR1 T783M
#> 2113 C SNV LZTR1 LZTR1 D787H
#> 2114 C SNV LZTR1 LZTR1 D787H
#> 2115 C SNV LZTR1 LZTR1 D787H
#> 2116 C SNV LZTR1 LZTR1 D787H
#> 2117 T SNV LZTR1 LZTR1 R790W
#> 2118 T SNV LZTR1 LZTR1 R790W
#> 2119 T SNV LZTR1 LZTR1 R790W
#> 2120 T SNV LZTR1 LZTR1 R790W
#> 2121 G SNV LZTR1 LZTR1 H791Q
#> 2122 G SNV LZTR1 LZTR1 H791Q
#> 2123 G SNV LZTR1 LZTR1 H791Q
#> 2124 G SNV LZTR1 LZTR1 H791Q
#> 2125 C SNV LZTR1 LZTR1 C792R
#> 2126 C SNV LZTR1 LZTR1 C792R
#> 2127 C SNV LZTR1 LZTR1 C792R
#> 2128 C SNV LZTR1 LZTR1 C792R
#> 2129 A SNV LZTR1 LZTR1 C792*
#> 2130 A SNV LZTR1 LZTR1 C792*
#> 2131 A SNV LZTR1 LZTR1 C792*
#> 2132 A SNV LZTR1 LZTR1 C792*
#> 2133 A SNV LZTR1 LZTR1 V797E
#> 2134 A SNV LZTR1 LZTR1 V797E
#> 2135 A SNV LZTR1 LZTR1 V797E
#> 2136 A SNV LZTR1 LZTR1 V797E
#> 2137 T SNV LZTR1 LZTR1 P807S
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#> 2139 T SNV LZTR1 LZTR1 P807S
#> 2140 T SNV LZTR1 LZTR1 P807S
#> 2141 T SNV LZTR1 LZTR1 R810W
#> 2142 T SNV LZTR1 LZTR1 R810W
#> 2143 T SNV LZTR1 LZTR1 R810W
#> 2144 T SNV LZTR1 LZTR1 R810W
#> 2145 A SNV LZTR1 LZTR1 R810Q
#> 2146 A SNV LZTR1 LZTR1 R810Q
#> 2147 A SNV LZTR1 LZTR1 R810Q
#> 2148 A SNV LZTR1 LZTR1 R810Q
#> 2149 T SNV LZTR1 LZTR1 S811L
#> 2150 T SNV LZTR1 LZTR1 S811L
#> 2151 T SNV LZTR1 LZTR1 S811L
#> 2152 T SNV LZTR1 LZTR1 S811L
#> 2153 G SNV LZTR1 LZTR1 I820V
#> 2154 G SNV LZTR1 LZTR1 I820V
#> 2155 G SNV LZTR1 LZTR1 I820V
#> 2156 G SNV LZTR1 LZTR1 I820V
#> 2157 A SNV LZTR1 LZTR1 L824Q
#> 2158 A SNV LZTR1 LZTR1 L824Q
#> 2159 A SNV LZTR1 LZTR1 L824Q
#> 2160 A SNV LZTR1 LZTR1 L824Q
#> 2161 T SNV LZTR1 LZTR1 A834S
#> 2162 T SNV LZTR1 LZTR1 A834S
#> 2163 T SNV LZTR1 LZTR1 A834S
#> 2164 T SNV LZTR1 LZTR1 A834S
#> 2165 T SNV LZTR1 LZTR1 A838V
#> 2166 T SNV LZTR1 LZTR1 A838V
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#> 2169 A SNV LZTR1 LZTR1 D839N
#> 2170 A SNV LZTR1 LZTR1 D839N
#> 2171 A SNV LZTR1 LZTR1 D839N
#> 2172 A SNV LZTR1 LZTR1 D839N
#> 2173 T SNV LZTR1 LZTR1 D839V
#> 2174 T SNV LZTR1 LZTR1 D839V
#> 2175 T SNV LZTR1 LZTR1 D839V
#> 2176 T SNV LZTR1 LZTR1 D839V
#> 2177 G SNV LZTR1 LZTR1 I840M
#> 2178 G SNV LZTR1 LZTR1 I840M
#> 2179 G SNV LZTR1 LZTR1 I840M
#> 2180 G SNV LZTR1 LZTR1 I840M
#> 2181 T SNV MAPK1 MAPK1 *361Kext*23
#> 2182 T SNV MAPK1 MAPK1 *361Kext*23
#> 2183 T SNV MAPK1 MAPK1 *361Kext*23
#> 2184 T SNV MAPK1 MAPK1 *361Kext*23
#> 2185 G SNV MAPK1 MAPK1 R359T
#> 2186 G SNV MAPK1 MAPK1 R359T
#> 2187 G SNV MAPK1 MAPK1 R359T
#> 2188 G SNV MAPK1 MAPK1 R359T
#> 2189 C SNV MAPK1 MAPK1 Y358D
#> 2190 C SNV MAPK1 MAPK1 Y358D
#> 2191 C SNV MAPK1 MAPK1 Y358D
#> 2192 C SNV MAPK1 MAPK1 Y358D
#> 2193 A SNV MAPK1 MAPK1 A352V
#> 2194 A SNV MAPK1 MAPK1 A352V
#> 2195 A SNV MAPK1 MAPK1 A352V
#> 2196 A SNV MAPK1 MAPK1 A352V
#> 2197 A SNV MAPK1 MAPK1 A352S
#> 2198 A SNV MAPK1 MAPK1 A352S
#> 2199 A SNV MAPK1 MAPK1 A352S
#> 2200 A SNV MAPK1 MAPK1 A352S
#> 2201 A SNV MAPK1 MAPK1 E349*
#> 2202 A SNV MAPK1 MAPK1 E349*
#> 2203 A SNV MAPK1 MAPK1 E349*
#> 2204 A SNV MAPK1 MAPK1 E349*
#> 2205 G SNV MAPK1 MAPK1 I347L
#> 2206 G SNV MAPK1 MAPK1 I347L
#> 2207 G SNV MAPK1 MAPK1 I347L
#> 2208 G SNV MAPK1 MAPK1 I347L
#> 2209 T SNV MAPK1 MAPK1 M333I
#> 2210 T SNV MAPK1 MAPK1 M333I
#> 2211 T SNV MAPK1 MAPK1 M333I
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#> 2213 T SNV MAPK1 MAPK1 D332N
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#> 2215 T SNV MAPK1 MAPK1 D332N
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#> 2217 T SNV MAPK1 MAPK1 E326K
#> 2218 T SNV MAPK1 MAPK1 E326K
#> 2219 T SNV MAPK1 MAPK1 E326K
#> 2220 T SNV MAPK1 MAPK1 E326K
#> 2221 A SNV MAPK1 MAPK1 E326*
#> 2222 A SNV MAPK1 MAPK1 E326*
#> 2223 A SNV MAPK1 MAPK1 E326*
#> 2224 A SNV MAPK1 MAPK1 E326*
#> 2225 G SNV MAPK1 MAPK1 E322A
#> 2226 G SNV MAPK1 MAPK1 E322A
#> 2227 G SNV MAPK1 MAPK1 E322A
#> 2228 G SNV MAPK1 MAPK1 E322A
#> 2229 A SNV MAPK1 MAPK1 E322V
#> 2230 A SNV MAPK1 MAPK1 E322V
#> 2231 A SNV MAPK1 MAPK1 E322V
#> 2232 A SNV MAPK1 MAPK1 E322V
#> 2233 T SNV MAPK1 MAPK1 E322K
#> 2234 T SNV MAPK1 MAPK1 E322K
#> 2235 T SNV MAPK1 MAPK1 E322K
#> 2236 T SNV MAPK1 MAPK1 E322K
#> 2237 A SNV MAPK1 MAPK1 E322*
#> 2238 A SNV MAPK1 MAPK1 E322*
#> 2239 A SNV MAPK1 MAPK1 E322*
#> 2240 A SNV MAPK1 MAPK1 E322*
#> 2241 C SNV MAPK1 MAPK1 D321E
#> 2242 C SNV MAPK1 MAPK1 D321E
#> 2243 C SNV MAPK1 MAPK1 D321E
#> 2244 C SNV MAPK1 MAPK1 D321E
#> 2245 A SNV MAPK1 MAPK1 D321V
#> 2246 A SNV MAPK1 MAPK1 D321V
#> 2247 A SNV MAPK1 MAPK1 D321V
#> 2248 A SNV MAPK1 MAPK1 D321V
#> 2249 C SNV MAPK1 MAPK1 D321G
#> 2250 C SNV MAPK1 MAPK1 D321G
#> 2251 C SNV MAPK1 MAPK1 D321G
#> 2252 C SNV MAPK1 MAPK1 D321G
#> 2253 G SNV MAPK1 MAPK1 D321A
#> 2254 G SNV MAPK1 MAPK1 D321A
#> 2255 G SNV MAPK1 MAPK1 D321A
#> 2256 G SNV MAPK1 MAPK1 D321A
#> 2257 A SNV MAPK1 MAPK1 D321Y
#> 2258 A SNV MAPK1 MAPK1 D321Y
#> 2259 A SNV MAPK1 MAPK1 D321Y
#> 2260 A SNV MAPK1 MAPK1 D321Y
#> 2261 T SNV MAPK1 MAPK1 D321N
#> 2262 T SNV MAPK1 MAPK1 D321N
#> 2263 T SNV MAPK1 MAPK1 D321N
#> 2264 T SNV MAPK1 MAPK1 D321N
#> 2265 indel MAPK1 MAPK1 D318_D321del
#> 2266 indel MAPK1 MAPK1 D318_D321del
#> 2267 indel MAPK1 MAPK1 D318_D321del
#> 2268 indel MAPK1 MAPK1 D318_D321del
#> 2269 A SNV MAPK1 MAPK1 S320C
#> 2270 A SNV MAPK1 MAPK1 S320C
#> 2271 A SNV MAPK1 MAPK1 S320C
#> 2272 A SNV MAPK1 MAPK1 S320C
#> 2273 A SNV MAPK1 MAPK1 P319S
#> 2274 A SNV MAPK1 MAPK1 P319S
#> 2275 A SNV MAPK1 MAPK1 P319S
#> 2276 A SNV MAPK1 MAPK1 P319S
#> 2277 T SNV MAPK1 MAPK1 D318N
#> 2278 T SNV MAPK1 MAPK1 D318N
#> 2279 T SNV MAPK1 MAPK1 D318N
#> 2280 T SNV MAPK1 MAPK1 D318N
#> 2281 A SNV MAPK1 MAPK1 Y316F
#> 2282 A SNV MAPK1 MAPK1 Y316F
#> 2283 A SNV MAPK1 MAPK1 Y316F
#> 2284 A SNV MAPK1 MAPK1 Y316F
#> 2285 G SNV MAPK1 MAPK1 L313P
#> 2286 G SNV MAPK1 MAPK1 L313P
#> 2287 G SNV MAPK1 MAPK1 L313P
#> 2288 G SNV MAPK1 MAPK1 L313P
#> 2289 A SNV MAPK1 MAPK1 A307S
#> 2290 A SNV MAPK1 MAPK1 A307S
#> 2291 A SNV MAPK1 MAPK1 A307S
#> 2292 A SNV MAPK1 MAPK1 A307S
#> 2293 T SNV MAPK1 MAPK1 P298T
#> 2294 T SNV MAPK1 MAPK1 P298T
#> 2295 T SNV MAPK1 MAPK1 P298T
#> 2296 T SNV MAPK1 MAPK1 P298T
#> 2297 C SNV MAPK1 MAPK1 N297D
#> 2298 C SNV MAPK1 MAPK1 N297D
#> 2299 C SNV MAPK1 MAPK1 N297D
#> 2300 C SNV MAPK1 MAPK1 N297D
#> 2301 C SNV MAPK1 MAPK1 D291G
#> 2302 C SNV MAPK1 MAPK1 D291G
#> 2303 C SNV MAPK1 MAPK1 D291G
#> 2304 C SNV MAPK1 MAPK1 D291G
#> 2305 G SNV MAPK1 MAPK1 D291H
#> 2306 G SNV MAPK1 MAPK1 D291H
#> 2307 G SNV MAPK1 MAPK1 D291H
#> 2308 G SNV MAPK1 MAPK1 D291H
#> 2309 G SNV MAPK1 MAPK1 K285T
#> 2310 G SNV MAPK1 MAPK1 K285T
#> 2311 G SNV MAPK1 MAPK1 K285T
#> 2312 G SNV MAPK1 MAPK1 K285T
#> 2313 A SNV MAPK1 MAPK1 P274S
#> 2314 A SNV MAPK1 MAPK1 P274S
#> 2315 A SNV MAPK1 MAPK1 P274S
#> 2316 A SNV MAPK1 MAPK1 P274S
#> 2317 C SNV MAPK1 MAPK1 N271S
#> 2318 C SNV MAPK1 MAPK1 N271S
#> 2319 C SNV MAPK1 MAPK1 N271S
#> 2320 C SNV MAPK1 MAPK1 N271S
#> 2321 A SNV MAPK1 MAPK1 P268L
#> 2322 A SNV MAPK1 MAPK1 P268L
#> 2323 A SNV MAPK1 MAPK1 P268L
#> 2324 A SNV MAPK1 MAPK1 P268L
#> 2325 A SNV MAPK1 MAPK1 S266F
#> 2326 A SNV MAPK1 MAPK1 S266F
#> 2327 A SNV MAPK1 MAPK1 S266F
#> 2328 A SNV MAPK1 MAPK1 S266F
#> 2329 C SNV MAPK1 MAPK1 Y263C
#> 2330 C SNV MAPK1 MAPK1 Y263C
#> 2331 C SNV MAPK1 MAPK1 Y263C
#> 2332 C SNV MAPK1 MAPK1 Y263C
#> 2333 G SNV MAPK1 MAPK1 N262T
#> 2334 G SNV MAPK1 MAPK1 N262T
#> 2335 G SNV MAPK1 MAPK1 N262T
#> 2336 G SNV MAPK1 MAPK1 N262T
#> 2337 T SNV MAPK1 MAPK1 R261K
#> 2338 T SNV MAPK1 MAPK1 R261K
#> 2339 T SNV MAPK1 MAPK1 R261K
#> 2340 T SNV MAPK1 MAPK1 R261K
#> 2341 C SNV MAPK1 MAPK1 R261G
#> 2342 C SNV MAPK1 MAPK1 R261G
#> 2343 C SNV MAPK1 MAPK1 R261G
#> 2344 C SNV MAPK1 MAPK1 R261G
#> 2345 C SNV MAPK1 MAPK1 N257S
#> 2346 C SNV MAPK1 MAPK1 N257S
#> 2347 C SNV MAPK1 MAPK1 N257S
#> 2348 C SNV MAPK1 MAPK1 N257S
#> 2349 A SNV MAPK1 MAPK1 S246F
#> 2350 A SNV MAPK1 MAPK1 S246F
#> 2351 A SNV MAPK1 MAPK1 S246F
#> 2352 A SNV MAPK1 MAPK1 S246F
#> 2353 A SNV MAPK1 MAPK1 L244F
#> 2354 A SNV MAPK1 MAPK1 L244F
#> 2355 A SNV MAPK1 MAPK1 L244F
#> 2356 A SNV MAPK1 MAPK1 L244F
#> 2357 T SNV MAPK1 MAPK1 L244I
#> 2358 T SNV MAPK1 MAPK1 L244I
#> 2359 T SNV MAPK1 MAPK1 L244I
#> 2360 T SNV MAPK1 MAPK1 L244I
#> 2361 C SNV MAPK1 MAPK1 D235G
#> 2362 C SNV MAPK1 MAPK1 D235G
#> 2363 C SNV MAPK1 MAPK1 D235G
#> 2364 C SNV MAPK1 MAPK1 D235G
#> 2365 T SNV MAPK1 MAPK1 G230E
#> 2366 T SNV MAPK1 MAPK1 G230E
#> 2367 T SNV MAPK1 MAPK1 G230E
#> 2368 T SNV MAPK1 MAPK1 G230E
#> 2369 A SNV MAPK1 MAPK1 P229L
#> 2370 A SNV MAPK1 MAPK1 P229L
#> 2371 A SNV MAPK1 MAPK1 P229L
#> 2372 A SNV MAPK1 MAPK1 P229L
#> 2373 A SNV MAPK1 MAPK1 P229S
#> 2374 A SNV MAPK1 MAPK1 P229S
#> 2375 A SNV MAPK1 MAPK1 P229S
#> 2376 A SNV MAPK1 MAPK1 P229S
#> 2377 A SNV MAPK1 MAPK1 I227F
#> 2378 A SNV MAPK1 MAPK1 I227F
#> 2379 A SNV MAPK1 MAPK1 I227F
#> 2380 A SNV MAPK1 MAPK1 I227F
#> 2381 T SNV MAPK1 MAPK1 S223Y
#> 2382 T SNV MAPK1 MAPK1 S223Y
#> 2383 T SNV MAPK1 MAPK1 S223Y
#> 2384 T SNV MAPK1 MAPK1 S223Y
#> 2385 A SNV MAPK1 MAPK1 E220*
#> 2386 A SNV MAPK1 MAPK1 E220*
#> 2387 A SNV MAPK1 MAPK1 E220*
#> 2388 A SNV MAPK1 MAPK1 E220*
#> 2389 C SNV MAPK1 MAPK1 I211V
#> 2390 C SNV MAPK1 MAPK1 I211V
#> 2391 C SNV MAPK1 MAPK1 I211V
#> 2392 C SNV MAPK1 MAPK1 I211V
#> 2393 A SNV MAPK1 MAPK1 T206I
#> 2394 A SNV MAPK1 MAPK1 T206I
#> 2395 A SNV MAPK1 MAPK1 T206I
#> 2396 A SNV MAPK1 MAPK1 T206I
#> 2397 A SNV MAPK1 MAPK1 G204=
#> 2398 A SNV MAPK1 MAPK1 G204=
#> 2399 A SNV MAPK1 MAPK1 G204=
#> 2400 A SNV MAPK1 MAPK1 G204=
#> 2401 A SNV MAPK1 MAPK1 G204C
#> 2402 A SNV MAPK1 MAPK1 G204C
#> 2403 A SNV MAPK1 MAPK1 G204C
#> 2404 A SNV MAPK1 MAPK1 G204C
#> 2405 T SNV MAPK1 MAPK1 K203=
#> 2406 T SNV MAPK1 MAPK1 K203=
#> 2407 T SNV MAPK1 MAPK1 K203=
#> 2408 T SNV MAPK1 MAPK1 K203=
#> 2409 A SNV MAPK1 MAPK1 L200F
#> 2410 A SNV MAPK1 MAPK1 L200F
#> 2411 A SNV MAPK1 MAPK1 L200F
#> 2412 A SNV MAPK1 MAPK1 L200F
#> 2413 A SNV MAPK1 MAPK1 W192L
#> 2414 A SNV MAPK1 MAPK1 W192L
#> 2415 A SNV MAPK1 MAPK1 W192L
#> 2416 A SNV MAPK1 MAPK1 W192L
#> 2417 T SNV MAPK1 MAPK1 R191H
#> 2418 T SNV MAPK1 MAPK1 R191H
#> 2419 T SNV MAPK1 MAPK1 R191H
#> 2420 T SNV MAPK1 MAPK1 R191H
#> 2421 A SNV MAPK1 MAPK1 R191C
#> 2422 A SNV MAPK1 MAPK1 R191C
#> 2423 A SNV MAPK1 MAPK1 R191C
#> 2424 A SNV MAPK1 MAPK1 R191C
#> 2425 A SNV MAPK1 MAPK1 E186*
#> 2426 A SNV MAPK1 MAPK1 E186*
#> 2427 A SNV MAPK1 MAPK1 E186*
#> 2428 A SNV MAPK1 MAPK1 E186*
#> 2429 G SNV MAPK1 MAPK1 E186Q
#> 2430 G SNV MAPK1 MAPK1 E186Q
#> 2431 G SNV MAPK1 MAPK1 E186Q
#> 2432 G SNV MAPK1 MAPK1 E186Q
#> 2433 G SNV MAPK1 MAPK1 F183S
#> 2434 G SNV MAPK1 MAPK1 F183S
#> 2435 G SNV MAPK1 MAPK1 F183S
#> 2436 G SNV MAPK1 MAPK1 F183S
#> 2437 indel MAPK1 MAPK1 T181Rfs*29
#> 2438 indel MAPK1 MAPK1 T181Rfs*29
#> 2439 indel MAPK1 MAPK1 T181Rfs*29
#> 2440 indel MAPK1 MAPK1 T181Rfs*29
#> 2441 A SNV MAPK1 MAPK1 H180Y
#> 2442 A SNV MAPK1 MAPK1 H180Y
#> 2443 A SNV MAPK1 MAPK1 H180Y
#> 2444 A SNV MAPK1 MAPK1 H180Y
#> 2445 T SNV MAPK1 MAPK1 D179E
#> 2446 T SNV MAPK1 MAPK1 D179E
#> 2447 T SNV MAPK1 MAPK1 D179E
#> 2448 T SNV MAPK1 MAPK1 D179E
#> 2449 C SNV MAPK1 MAPK1 H178R
#> 2450 C SNV MAPK1 MAPK1 H178R
#> 2451 C SNV MAPK1 MAPK1 H178R
#> 2452 C SNV MAPK1 MAPK1 H178R
#> 2453 T SNV MAPK1 MAPK1 P176T
#> 2454 T SNV MAPK1 MAPK1 P176T
#> 2455 T SNV MAPK1 MAPK1 P176T
#> 2456 T SNV MAPK1 MAPK1 P176T
#> 2457 A SNV MAPK1 MAPK1 P176S
#> 2458 A SNV MAPK1 MAPK1 P176S
#> 2459 A SNV MAPK1 MAPK1 P176S
#> 2460 A SNV MAPK1 MAPK1 P176S
#> 2461 T SNV MAPK1 MAPK1 V173I
#> 2462 T SNV MAPK1 MAPK1 V173I
#> 2463 T SNV MAPK1 MAPK1 V173I
#> 2464 T SNV MAPK1 MAPK1 V173I
#> 2465 T SNV MAPK1 MAPK1 R172H
#> 2466 T SNV MAPK1 MAPK1 R172H
#> 2467 T SNV MAPK1 MAPK1 R172H
#> 2468 T SNV MAPK1 MAPK1 R172H
#> 2469 C SNV MAPK1 MAPK1 D167G
#> 2470 C SNV MAPK1 MAPK1 D167G
#> 2471 C SNV MAPK1 MAPK1 D167G
#> 2472 C SNV MAPK1 MAPK1 D167G
#> 2473 G SNV MAPK1 MAPK1 C166R
#> 2474 G SNV MAPK1 MAPK1 C166R
#> 2475 G SNV MAPK1 MAPK1 C166R
#> 2476 G SNV MAPK1 MAPK1 C166R
#> 2477 C SNV MAPK1 MAPK1 D162G
#> 2478 C SNV MAPK1 MAPK1 D162G
#> 2479 C SNV MAPK1 MAPK1 D162G
#> 2480 C SNV MAPK1 MAPK1 D162G
#> 2481 T SNV MAPK1 MAPK1 D162N
#> 2482 T SNV MAPK1 MAPK1 D162N
#> 2483 T SNV MAPK1 MAPK1 D162N
#> 2484 T SNV MAPK1 MAPK1 D162N
#> 2485 T SNV MAPK1 MAPK1 R148H
#> 2486 T SNV MAPK1 MAPK1 R148H
#> 2487 T SNV MAPK1 MAPK1 R148H
#> 2488 T SNV MAPK1 MAPK1 R148H
#> 2489 A SNV MAPK1 MAPK1 R148L
#> 2490 A SNV MAPK1 MAPK1 R148L
#> 2491 A SNV MAPK1 MAPK1 R148L
#> 2492 A SNV MAPK1 MAPK1 R148L
#> 2493 G SNV MAPK1 MAPK1 R148P
#> 2494 G SNV MAPK1 MAPK1 R148P
#> 2495 G SNV MAPK1 MAPK1 R148P
#> 2496 G SNV MAPK1 MAPK1 R148P
#> 2497 T SNV MAPK1 MAPK1 R148S
#> 2498 T SNV MAPK1 MAPK1 R148S
#> 2499 T SNV MAPK1 MAPK1 R148S
#> 2500 T SNV MAPK1 MAPK1 R148S
#> 2501 C SNV MAPK1 MAPK1 R148G
#> 2502 C SNV MAPK1 MAPK1 R148G
#> 2503 C SNV MAPK1 MAPK1 R148G
#> 2504 C SNV MAPK1 MAPK1 R148G
#> 2505 A SNV MAPK1 MAPK1 R148C
#> 2506 A SNV MAPK1 MAPK1 R148C
#> 2507 A SNV MAPK1 MAPK1 R148C
#> 2508 A SNV MAPK1 MAPK1 R148C
#> 2509 A SNV MAPK1 MAPK1 H147Y
#> 2510 A SNV MAPK1 MAPK1 H147Y
#> 2511 A SNV MAPK1 MAPK1 H147Y
#> 2512 A SNV MAPK1 MAPK1 H147Y
#> 2513 T SNV MAPK1 MAPK1 N144K
#> 2514 T SNV MAPK1 MAPK1 N144K
#> 2515 T SNV MAPK1 MAPK1 N144K
#> 2516 T SNV MAPK1 MAPK1 N144K
#> 2517 A SNV MAPK1 MAPK1 S142L
#> 2518 A SNV MAPK1 MAPK1 S142L
#> 2519 A SNV MAPK1 MAPK1 S142L
#> 2520 A SNV MAPK1 MAPK1 S142L
#> 2521 A SNV MAPK1 MAPK1 H141Y
#> 2522 A SNV MAPK1 MAPK1 H141Y
#> 2523 A SNV MAPK1 MAPK1 H141Y
#> 2524 A SNV MAPK1 MAPK1 H141Y
#> 2525 T SNV MAPK1 MAPK1 G136E
#> 2526 T SNV MAPK1 MAPK1 G136E
#> 2527 T SNV MAPK1 MAPK1 G136E
#> 2528 T SNV MAPK1 MAPK1 G136E
#> 2529 T SNV MAPK1 MAPK1 R135K
#> 2530 T SNV MAPK1 MAPK1 R135K
#> 2531 T SNV MAPK1 MAPK1 R135K
#> 2532 T SNV MAPK1 MAPK1 R135K
#> 2533 G SNV MAPK1 MAPK1 L134P
#> 2534 G SNV MAPK1 MAPK1 L134P
#> 2535 G SNV MAPK1 MAPK1 L134P
#> 2536 G SNV MAPK1 MAPK1 L134P
#> 2537 C SNV MAPK1 MAPK1 Q132E
#> 2538 C SNV MAPK1 MAPK1 Q132E
#> 2539 C SNV MAPK1 MAPK1 Q132E
#> 2540 C SNV MAPK1 MAPK1 Q132E
#> 2541 C SNV MAPK1 MAPK1 Y131C
#> 2542 C SNV MAPK1 MAPK1 Y131C
#> 2543 C SNV MAPK1 MAPK1 Y131C
#> 2544 C SNV MAPK1 MAPK1 Y131C
#> 2545 A SNV MAPK1 MAPK1 I126F
#> 2546 A SNV MAPK1 MAPK1 I126F
#> 2547 A SNV MAPK1 MAPK1 I126F
#> 2548 A SNV MAPK1 MAPK1 I126F
#> 2549 G SNV MAPK1 MAPK1 L116S
#> 2550 G SNV MAPK1 MAPK1 L116S
#> 2551 G SNV MAPK1 MAPK1 L116S
#> 2552 G SNV MAPK1 MAPK1 L116S
#> 2553 C SNV MAPK1 MAPK1 L112V
#> 2554 C SNV MAPK1 MAPK1 L112V
#> 2555 C SNV MAPK1 MAPK1 L112V
#> 2556 C SNV MAPK1 MAPK1 L112V
#> 2557 G SNV MAPK1 MAPK1 D106H
#> 2558 G SNV MAPK1 MAPK1 D106H
#> 2559 G SNV MAPK1 MAPK1 D106H
#> 2560 G SNV MAPK1 MAPK1 D106H
#> 2561 T SNV MAPK1 MAPK1 M98I
#> 2562 T SNV MAPK1 MAPK1 M98I
#> 2563 T SNV MAPK1 MAPK1 M98I
#> 2564 T SNV MAPK1 MAPK1 M98I
#> 2565 C SNV MAPK1 MAPK1 R91G
#> 2566 C SNV MAPK1 MAPK1 R91G
#> 2567 C SNV MAPK1 MAPK1 R91G
#> 2568 C SNV MAPK1 MAPK1 R91G
#> 2569 A SNV MAPK1 MAPK1 I90F
#> 2570 A SNV MAPK1 MAPK1 I90F
#> 2571 A SNV MAPK1 MAPK1 I90F
#> 2572 A SNV MAPK1 MAPK1 I90F
#> 2573 G SNV MAPK1 MAPK1 I84T
#> 2574 G SNV MAPK1 MAPK1 I84T
#> 2575 G SNV MAPK1 MAPK1 I84T
#> 2576 G SNV MAPK1 MAPK1 I84T
#> 2577 T SNV MAPK1 MAPK1 E81K
#> 2578 T SNV MAPK1 MAPK1 E81K
#> 2579 T SNV MAPK1 MAPK1 E81K
#> 2580 T SNV MAPK1 MAPK1 E81K
#> 2581 A SNV MAPK1 MAPK1 R79S
#> 2582 A SNV MAPK1 MAPK1 R79S
#> 2583 A SNV MAPK1 MAPK1 R79S
#> 2584 A SNV MAPK1 MAPK1 R79S
#> 2585 A SNV MAPK1 MAPK1 R77C
#> 2586 A SNV MAPK1 MAPK1 R77C
#> 2587 A SNV MAPK1 MAPK1 R77C
#> 2588 A SNV MAPK1 MAPK1 R77C
#> 2589 indel MAPK1 MAPK1 C65Wfs*3
#> 2590 indel MAPK1 MAPK1 C65Wfs*3
#> 2591 indel MAPK1 MAPK1 C65Wfs*3
#> 2592 indel MAPK1 MAPK1 C65Wfs*3
#> 2593 A SNV MAPK1 MAPK1 R67I
#> 2594 A SNV MAPK1 MAPK1 R67I
#> 2595 A SNV MAPK1 MAPK1 R67I
#> 2596 A SNV MAPK1 MAPK1 R67I
#> 2597 A SNV MAPK1 MAPK1 T63I
#> 2598 A SNV MAPK1 MAPK1 T63I
#> 2599 A SNV MAPK1 MAPK1 T63I
#> 2600 A SNV MAPK1 MAPK1 T63I
#> 2601 A SNV MAPK1 MAPK1 P58L
#> 2602 A SNV MAPK1 MAPK1 P58L
#> 2603 A SNV MAPK1 MAPK1 P58L
#> 2604 A SNV MAPK1 MAPK1 P58L
#> 2605 T SNV MAPK1 MAPK1 A52D
#> 2606 T SNV MAPK1 MAPK1 A52D
#> 2607 T SNV MAPK1 MAPK1 A52D
#> 2608 T SNV MAPK1 MAPK1 A52D
#> 2609 A SNV MAPK1 MAPK1 A52S
#> 2610 A SNV MAPK1 MAPK1 A52S
#> 2611 A SNV MAPK1 MAPK1 A52S
#> 2612 A SNV MAPK1 MAPK1 A52S
#> 2613 A SNV MAPK1 MAPK1 R50*
#> 2614 A SNV MAPK1 MAPK1 R50*
#> 2615 A SNV MAPK1 MAPK1 R50*
#> 2616 A SNV MAPK1 MAPK1 R50*
#> 2617 A SNV MAPK1 MAPK1 V46F
#> 2618 A SNV MAPK1 MAPK1 V46F
#> 2619 A SNV MAPK1 MAPK1 V46F
#> 2620 A SNV MAPK1 MAPK1 V46F
#> 2621 T SNV MAPK1 MAPK1 G34D
#> 2622 T SNV MAPK1 MAPK1 G34D
#> 2623 T SNV MAPK1 MAPK1 G34D
#> 2624 T SNV MAPK1 MAPK1 G34D
#> 2625 A SNV MAPK1 MAPK1 G34C
#> 2626 A SNV MAPK1 MAPK1 G34C
#> 2627 A SNV MAPK1 MAPK1 G34C
#> 2628 A SNV MAPK1 MAPK1 G34C
#> 2629 G SNV MAPK1 MAPK1 E33Q
#> 2630 G SNV MAPK1 MAPK1 E33Q
#> 2631 G SNV MAPK1 MAPK1 E33Q
#> 2632 G SNV MAPK1 MAPK1 E33Q
#> 2633 C SNV MAPK1 MAPK1 I31M
#> 2634 C SNV MAPK1 MAPK1 I31M
#> 2635 C SNV MAPK1 MAPK1 I31M
#> 2636 C SNV MAPK1 MAPK1 I31M
#> 2637 A SNV MAPK1 MAPK1 P23S
#> 2638 A SNV MAPK1 MAPK1 P23S
#> 2639 A SNV MAPK1 MAPK1 P23S
#> 2640 A SNV MAPK1 MAPK1 P23S
#> 2641 C SNV MAPK1 MAPK1 V14G
#> 2642 C SNV MAPK1 MAPK1 V14G
#> 2643 C SNV MAPK1 MAPK1 V14G
#> 2644 C SNV MAPK1 MAPK1 V14G
#> 2645 G SNV MAPK1 MAPK1 E12Q
#> 2646 G SNV MAPK1 MAPK1 E12Q
#> 2647 G SNV MAPK1 MAPK1 E12Q
#> 2648 G SNV MAPK1 MAPK1 E12Q
#> 2649 T SNV MAPK1 MAPK1 G10S
#> 2650 T SNV MAPK1 MAPK1 G10S
#> 2651 T SNV MAPK1 MAPK1 G10S
#> 2652 T SNV MAPK1 MAPK1 G10S
#> 2653 T SNV MAPK1 MAPK1 A9T
#> 2654 T SNV MAPK1 MAPK1 A9T
#> 2655 T SNV MAPK1 MAPK1 A9T
#> 2656 T SNV MAPK1 MAPK1 A9T
#> 2657 indel MAPK1 MAPK1 A2Gfs*46
#> 2658 indel MAPK1 MAPK1 A2Gfs*46
#> 2659 indel MAPK1 MAPK1 A2Gfs*46
#> 2660 indel MAPK1 MAPK1 A2Gfs*46
#> 2661 indel MAPK1 MAPK1 A6_A7del
#> 2662 indel MAPK1 MAPK1 A6_A7del
#> 2663 indel MAPK1 MAPK1 A6_A7del
#> 2664 indel MAPK1 MAPK1 A6_A7del
#> 2665 indel MAPK1 MAPK1 A7del
#> 2666 indel MAPK1 MAPK1 A7del
#> 2667 indel MAPK1 MAPK1 A7del
#> 2668 indel MAPK1 MAPK1 A7del
#> 2669 A SNV MAPK1 MAPK1 A2V
#> 2670 A SNV MAPK1 MAPK1 A2V
#> 2671 A SNV MAPK1 MAPK1 A2V
#> 2672 A SNV MAPK1 MAPK1 A2V
#> 2673 T SNV ZNRF3 ZNRF3 R27W
#> 2674 T indel ZNRF3 ZNRF3 P34Sfs*75
#> 2675 A SNV ZNRF3 ZNRF3 L44Q
#> 2676 T SNV ZNRF3 ZNRF3 A46V
#> 2677 T SNV ZNRF3 ZNRF3 S71I
#> 2678 T SNV ZNRF3 ZNRF3 A88V
#> 2679 A SNV ZNRF3 ZNRF3 E95K
#> 2680 A SNV ZNRF3 ZNRF3 E112K
#> 2681 T SNV ZNRF3 ZNRF3 W120L
#> 2682 G SNV ZNRF3 ZNRF3 V121G
#> 2683 T SNV ZNRF3 ZNRF3 G122*
#> 2684 G SNV ZNRF3 ZNRF3 V123G
#> 2685 A SNV ZNRF3 ZNRF3 D132N
#> 2686 indel ZNRF3 ZNRF3 K134Nfs*7
#> 2687 A SNV ZNRF3 ZNRF3 P135Q
#> 2688 A SNV ZNRF3 ZNRF3 G141S
#> 2689 G SNV ZNRF3 ZNRF3 K144E
#> 2690 T SNV ZNRF3 ZNRF3 R145*
#> 2691 C SNV ZNRF3 ZNRF3 R149P
#> 2692 A SNV ZNRF3 ZNRF3 R149Q
#> 2693 T SNV ZNRF3 ZNRF3 G150V
#> 2694 C SNV ZNRF3 ZNRF3 E160Q
#> 2695 G SNV ZNRF3 ZNRF3 N169S
#> 2696 T SNV ZNRF3 ZNRF3 E173*
#> 2697 G SNV ZNRF3 ZNRF3 D174E
#> 2698 A SNV ZNRF3 ZNRF3 P175Q
#> 2699 indel ZNRF3 ZNRF3 R178_L191del
#> 2700 T SNV ZNRF3 ZNRF3 P179L
#> 2701 G SNV ZNRF3 ZNRF3 V180G
#> 2702 A SNV ZNRF3 ZNRF3 A188T
#> 2703 A SNV ZNRF3 ZNRF3 A188D
#> 2704 T SNV ZNRF3 ZNRF3 A188V
#> 2705 indel ZNRF3 ZNRF3 L191Pfs*47
#> 2706 A SNV ZNRF3 ZNRF3 M192I
#> 2707 CGAAAACCGAGTCCGATCG indel ZNRF3 ZNRF3 I194Tfs*28
#> 2708 A SNV ZNRF3 ZNRF3 V195I
#> 2709 T SNV ZNRF3 ZNRF3 R202*
#> 2710 C SNV ZNRF3 ZNRF3 R202P
#> 2711 C SNV ZNRF3 ZNRF3 I205T
#> 2712 T SNV ZNRF3 ZNRF3 R208C
#> 2713 A SNV ZNRF3 ZNRF3 R208H
#> 2714 T SNV ZNRF3 ZNRF3 R211*
#> 2715 A SNV ZNRF3 ZNRF3 E215K
#> 2716 indel ZNRF3 ZNRF3 I221Ffs*22
#> 2717 A SNV ZNRF3 ZNRF3 V227I
#> 2718 A SNV ZNRF3 ZNRF3 V228M
#> 2719 C SNV ZNRF3 ZNRF3 V232A
#> 2720 G SNV ZNRF3 ZNRF3 I235S
#> 2721 T SNV ZNRF3 ZNRF3 R245*
#> 2722 A SNV ZNRF3 ZNRF3 R245Q
#> 2723 indel ZNRF3 ZNRF3 R246Afs*6
#> 2724 indel ZNRF3 ZNRF3 R246Qfs*56
#> 2725 A SNV ZNRF3 ZNRF3 R246H
#> 2726 A SNV ZNRF3 ZNRF3 Q248=
#> 2727 A SNV ZNRF3 ZNRF3 A255D
#> 2728 C SNV ZNRF3 ZNRF3 E260Q
#> 2729 C SNV ZNRF3 ZNRF3 K261T
#> 2730 A SNV ZNRF3 ZNRF3 R265K
#> 2731 C SNV ZNRF3 ZNRF3 K270N
#> 2732 A SNV ZNRF3 ZNRF3 R274H
#> 2733 T SNV ZNRF3 ZNRF3 E276D
#> 2734 A SNV ZNRF3 ZNRF3 C279Y
#> 2735 T SNV ZNRF3 ZNRF3 C279F
#> 2736 indel ZNRF3 ZNRF3 A281Pfs*58
#> 2737 T SNV ZNRF3 ZNRF3 S291F
#> 2738 G SNV ZNRF3 ZNRF3 I295M
#> 2739 T SNV ZNRF3 ZNRF3 C296F
#> 2740 C SNV ZNRF3 ZNRF3 E298D
#> 2741 T SNV ZNRF3 ZNRF3 G303*
#> 2742 T SNV ZNRF3 ZNRF3 E304*
#> 2743 A SNV ZNRF3 ZNRF3 E305K
#> 2744 A SNV ZNRF3 ZNRF3 E305=
#> 2745 T SNV ZNRF3 ZNRF3 R307W
#> 2746 A SNV ZNRF3 ZNRF3 R307Q
#> 2747 T SNV ZNRF3 ZNRF3 R307L
#> 2748 C SNV ZNRF3 ZNRF3 V308L
#> 2749 T SNV ZNRF3 ZNRF3 P310S
#> 2750 G SNV ZNRF3 ZNRF3 H313R
#> 2751 A SNV ZNRF3 ZNRF3 R314Q
#> 2752 C SNV ZNRF3 ZNRF3 C319R
#> 2753 A SNV ZNRF3 ZNRF3 C319*
#> 2754 A SNV ZNRF3 ZNRF3 V320M
#> 2755 A SNV ZNRF3 ZNRF3 D321N
#> 2756 T SNV ZNRF3 ZNRF3 P322S
#> 2757 T SNV ZNRF3 ZNRF3 P322L
#> 2758 A SNV ZNRF3 ZNRF3 H327Q
#> 2759 A SNV ZNRF3 ZNRF3 C330Y
#> 2760 T SNV ZNRF3 ZNRF3 P331L
#> 2761 A SNV ZNRF3 ZNRF3 P331H
#> 2762 C SNV ZNRF3 ZNRF3 C333R
#> 2763 A SNV ZNRF3 ZNRF3 C333*
#> 2764 T SNV ZNRF3 ZNRF3 A346V
#> 2765 indel ZNRF3 ZNRF3 V349Gfs*117
#> 2766 TG indel ZNRF3 ZNRF3 E350Gfs*14
#> 2767 T SNV ZNRF3 ZNRF3 E350*
#> 2768 T SNV ZNRF3 ZNRF3 R356C
#> 2769 G SNV ZNRF3 ZNRF3 Q359E
#> 2770 T SNV ZNRF3 ZNRF3 Q360*
#> 2771 A SNV ZNRF3 ZNRF3 R361K
#> 2772 A SNV ZNRF3 ZNRF3 P365Q
#> 2773 T SNV ZNRF3 ZNRF3 P369L
#> 2774 T SNV ZNRF3 ZNRF3 R371C
#> 2775 A SNV ZNRF3 ZNRF3 R371H
#> 2776 T SNV ZNRF3 ZNRF3 R374M
#> 2777 C SNV ZNRF3 ZNRF3 R374T
#> 2778 T SNV ZNRF3 ZNRF3 R374S
#> 2779 T SNV ZNRF3 ZNRF3 N376I
#> 2780 A SNV ZNRF3 ZNRF3 A377T
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#> 2785 G SNV ZNRF3 ZNRF3 M387V
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#> 2800 T SNV ZNRF3 ZNRF3 S441F
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#> 2804 A SNV ZNRF3 ZNRF3 R447H
#> 2805 A SNV ZNRF3 ZNRF3 G453D
#> 2806 A SNV ZNRF3 ZNRF3 R454H
#> 2807 G SNV ZNRF3 ZNRF3 M468V
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#> 2810 G SNV ZNRF3 ZNRF3 S478R
#> 2811 T SNV ZNRF3 ZNRF3 P480S
#> 2812 indel ZNRF3 ZNRF3 P480Rfs*90
#> 2813 A SNV ZNRF3 ZNRF3 E481K
#> 2814 C SNV ZNRF3 ZNRF3 Q482H
#> 2815 T SNV ZNRF3 ZNRF3 E483*
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#> 2819 indel ZNRF3 ZNRF3 A496Pfs*74
#> 2820 C SNV ZNRF3 ZNRF3 R497P
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#> 2830 T SNV ZNRF3 ZNRF3 S537L
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#> 2834 C SNV ZNRF3 ZNRF3 S553R
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#> 2836 A SNV ZNRF3 ZNRF3 C562S
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#> 2849 G SNV ZNRF3 ZNRF3 R618G
#> 2850 T SNV ZNRF3 ZNRF3 G619*
#> 2851 A SNV ZNRF3 ZNRF3 G619R
#> 2852 G SNV ZNRF3 ZNRF3 S627C
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#> 2855 T SNV ZNRF3 ZNRF3 E632*
#> 2856 T SNV ZNRF3 ZNRF3 E632D
#> 2857 T SNV ZNRF3 ZNRF3 L633F
#> 2858 A SNV ZNRF3 ZNRF3 A641D
#> 2859 T SNV ZNRF3 ZNRF3 G644C
#> 2860 A SNV ZNRF3 ZNRF3 G644D
#> 2861 C SNV ZNRF3 ZNRF3 G649A
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#> 2864 A SNV ZNRF3 ZNRF3 S659T
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#> 2890 T SNV ZNRF3 ZNRF3 Q756H
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#> 2894 C SNV ZNRF3 ZNRF3 Y782H
#> 2895 C SNV ZNRF3 ZNRF3 E783A
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#> 2901 indel ZNRF3 ZNRF3 P815Rfs*11
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#> 2912 T SNV ZNRF3 ZNRF3 R859*
#> 2913 A SNV ZNRF3 ZNRF3 R859Q
#> 2914 TTGCAA indel ZNRF3 ZNRF3 P861_D862insCK
#> 2915 T SNV ZNRF3 ZNRF3 R865W
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#> 2924 G SNV ZNRF3 ZNRF3 P894R
#> 2925 T SNV ZNRF3 ZNRF3 A897V
#> 2926 A SNV ZNRF3 ZNRF3 G898S
#> 2927 G SNV ZNRF3 ZNRF3 R901G
#> 2928 C SNV ZNRF3 ZNRF3 A902P
#> 2929 A SNV ZNRF3 ZNRF3 P905H
#> 2930 C SNV ZNRF3 ZNRF3 A907P
#> 2931 A SNV ZNRF3 ZNRF3 Q912K
#> 2932 T SNV ZNRF3 ZNRF3 Q912L
#> 2933 A SNV ZNRF3 ZNRF3 S915R
#> 2934 T SNV ZNRF3 ZNRF3 T916I
#> 2935 T SNV ZNRF3 ZNRF3 A918V
#> 2936 T SNV ZNRF3 ZNRF3 G935V
#> 2937 G SNV EWSR1 EWSR1 S3C
#> 2938 G SNV EWSR1 EWSR1 S3C
#> 2939 G SNV EWSR1 EWSR1 T4R
#> 2940 G SNV EWSR1 EWSR1 T4R
#> 2941 T SNV EWSR1 EWSR1 S10I
#> 2942 T SNV EWSR1 EWSR1 S10I
#> 2943 indel EWSR1 EWSR1 Q11Kfs*66
#> 2944 indel EWSR1 EWSR1 Q11Kfs*66
#> 2945 A SNV EWSR1 EWSR1 Q16=
#> 2946 A SNV EWSR1 EWSR1 Q16=
#> 2947 A SNV EWSR1 EWSR1 A23T
#> 2948 A SNV EWSR1 EWSR1 A23T
#> 2949 T SNV EWSR1 EWSR1 P25L
#> 2950 T SNV EWSR1 EWSR1 P25L
#> 2951 T SNV EWSR1 EWSR1 A35V
#> 2952 T SNV EWSR1 EWSR1 A35V
#> 2953 T SNV EWSR1 EWSR1 Q46*
#> 2954 T SNV EWSR1 EWSR1 Q46*
#> 2955 A SNV EWSR1 EWSR1 P47H
#> 2956 A SNV EWSR1 EWSR1 P47H
#> 2957 T SNV EWSR1 EWSR1 T53I
#> 2958 T SNV EWSR1 EWSR1 T53I
#> 2959 G SNV EWSR1 EWSR1 Q56E
#> 2960 G SNV EWSR1 EWSR1 Q56E
#> 2961 T SNV EWSR1 EWSR1 G62W
#> 2962 T SNV EWSR1 EWSR1 G62W
#> 2963 T SNV EWSR1 EWSR1 Q63*
#> 2964 T SNV EWSR1 EWSR1 Q63*
#> 2965 T SNV EWSR1 EWSR1 Q63L
#> 2966 T SNV EWSR1 EWSR1 Q63L
#> 2967 T SNV EWSR1 EWSR1 A65S
#> 2968 T SNV EWSR1 EWSR1 A65S
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#> 2970 T SNV EWSR1 EWSR1 A67S
#> 2971 G SNV EWSR1 EWSR1 T75A
#> 2972 G SNV EWSR1 EWSR1 T75A
#> 2973 G SNV EWSR1 EWSR1 V76=
#> 2974 G SNV EWSR1 EWSR1 V76=
#> 2975 T SNV EWSR1 EWSR1 T79I
#> 2976 T SNV EWSR1 EWSR1 T79I
#> 2977 T SNV EWSR1 EWSR1 T84I
#> 2978 T SNV EWSR1 EWSR1 T84I
#> 2979 T SNV EWSR1 EWSR1 T87S
#> 2980 T SNV EWSR1 EWSR1 T87S
#> 2981 T SNV EWSR1 EWSR1 A88S
#> 2982 T SNV EWSR1 EWSR1 A88S
#> 2983 A SNV EWSR1 EWSR1 P89H
#> 2984 A SNV EWSR1 EWSR1 P89H
#> 2985 T SNV EWSR1 EWSR1 S93I
#> 2986 T SNV EWSR1 EWSR1 S93I
#> 2987 T SNV EWSR1 EWSR1 Q97H
#> 2988 T SNV EWSR1 EWSR1 Q97H
#> 2989 A SNV EWSR1 EWSR1 D105N
#> 2990 A SNV EWSR1 EWSR1 D105N
#> 2991 G SNV EWSR1 EWSR1 Y118C
#> 2992 G SNV EWSR1 EWSR1 Y118C
#> 2993 A SNV EWSR1 EWSR1 A120T
#> 2994 A SNV EWSR1 EWSR1 A120T
#> 2995 T SNV EWSR1 EWSR1 Q121*
#> 2996 T SNV EWSR1 EWSR1 Q121*
#> 2997 A SNV EWSR1 EWSR1 G125D
#> 2998 A SNV EWSR1 EWSR1 G125D
#> 2999 T SNV EWSR1 EWSR1 A132V
#> 3000 T SNV EWSR1 EWSR1 A132V
#> 3001 T SNV EWSR1 EWSR1 A138S
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#> 3003 T SNV EWSR1 EWSR1 A139V
#> 3004 T SNV EWSR1 EWSR1 A139V
#> 3005 T SNV EWSR1 EWSR1 A141V
#> 3006 T SNV EWSR1 EWSR1 A141V
#> 3007 T SNV EWSR1 EWSR1 P142S
#> 3008 T SNV EWSR1 EWSR1 P142S
#> 3009 T SNV EWSR1 EWSR1 P145S
#> 3010 T SNV EWSR1 EWSR1 P145S
#> 3011 G SNV EWSR1 EWSR1 T154A
#> 3012 G SNV EWSR1 EWSR1 T154A
#> 3013 A SNV EWSR1 EWSR1 Q156K
#> 3014 A SNV EWSR1 EWSR1 Q156K
#> 3015 A SNV EWSR1 EWSR1 G163S
#> 3016 A SNV EWSR1 EWSR1 G163S
#> 3017 A SNV EWSR1 EWSR1 N165K
#> 3018 A SNV EWSR1 EWSR1 N165K
#> 3019 A SNV EWSR1 EWSR1 P167T
#> 3020 A SNV EWSR1 EWSR1 P167T
#> 3021 A SNV EWSR1 EWSR1 P167H
#> 3022 A SNV EWSR1 EWSR1 P167H
#> 3023 C SNV EWSR1 EWSR1 L169P
#> 3024 C SNV EWSR1 EWSR1 L169P
#> 3025 A SNV EWSR1 EWSR1 G170R
#> 3026 A SNV EWSR1 EWSR1 G170R
#> 3027 C SNV EWSR1 EWSR1 Y176H
#> 3028 C SNV EWSR1 EWSR1 Y176H
#> 3029 C SNV EWSR1 EWSR1 Y176S
#> 3030 C SNV EWSR1 EWSR1 Y176S
#> 3031 A SNV EWSR1 EWSR1 Q180K
#> 3032 A SNV EWSR1 EWSR1 Q180K
#> 3033 A SNV EWSR1 EWSR1 P182H
#> 3034 A SNV EWSR1 EWSR1 P182H
#> 3035 G SNV EWSR1 EWSR1 P182R
#> 3036 G SNV EWSR1 EWSR1 P182R
#> 3037 G SNV EWSR1 EWSR1 A192G
#> 3038 G SNV EWSR1 EWSR1 A192G
#> 3039 G SNV EWSR1 EWSR1 P197R
#> 3040 G SNV EWSR1 EWSR1 P197R
#> 3041 A SNV EWSR1 EWSR1 P197H
#> 3042 A SNV EWSR1 EWSR1 P197H
#> 3043 A SNV EWSR1 EWSR1 Y201N
#> 3044 A SNV EWSR1 EWSR1 Y201N
#> 3045 T SNV EWSR1 EWSR1 Y220F
#> 3046 T SNV EWSR1 EWSR1 Y220F
#> 3047 A SNV EWSR1 EWSR1 P223Q
#> 3048 A SNV EWSR1 EWSR1 P223Q
#> 3049 A SNV EWSR1 EWSR1 G227E
#> 3050 A SNV EWSR1 EWSR1 G227E
#> 3051 C SNV EWSR1 EWSR1 Q229H
#> 3052 C SNV EWSR1 EWSR1 Q229H
#> 3053 G SNV EWSR1 EWSR1 S231G
#> 3054 G SNV EWSR1 EWSR1 S231G
#> 3055 G SNV EWSR1 EWSR1 Y238D
#> 3056 G SNV EWSR1 EWSR1 Y238D
#> 3057 A SNV EWSR1 EWSR1 P247T
#> 3058 A SNV EWSR1 EWSR1 P247T
#> 3059 A SNV EWSR1 EWSR1 P247Q
#> 3060 A SNV EWSR1 EWSR1 P247Q
#> 3061 T SNV EWSR1 EWSR1 G251*
#> 3062 T SNV EWSR1 EWSR1 G251*
#> 3063 T SNV EWSR1 EWSR1 G251V
#> 3064 T SNV EWSR1 EWSR1 G251V
#> 3065 indel EWSR1 EWSR1 Y253Tfs*48
#> 3066 indel EWSR1 EWSR1 Y253Tfs*48
#> 3067 G SNV EWSR1 EWSR1 S254G
#> 3068 G SNV EWSR1 EWSR1 S254G
#> 3069 T SNV EWSR1 EWSR1 Q255*
#> 3070 T SNV EWSR1 EWSR1 Q255*
#> 3071 T SNV EWSR1 EWSR1 Y260F
#> 3072 T SNV EWSR1 EWSR1 Y260F
#> 3073 G SNV EWSR1 EWSR1 S261G
#> 3074 G SNV EWSR1 EWSR1 S261G
#> 3075 T SNV EWSR1 EWSR1 S261C
#> 3076 T SNV EWSR1 EWSR1 S261C
#> 3077 A SNV EWSR1 EWSR1 S265N
#> 3078 A SNV EWSR1 EWSR1 S265N
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#> 4162 indel NF2 NF2 E58_Y66delinsD
#> 4163 indel NF2 NF2 E58_Y66delinsD
#> 4164 indel NF2 NF2 E58_Y66delinsD
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#> 4376 indel NF2 NF2 D78Afs*45
#> 4377 indel NF2 NF2 D78Afs*45
#> 4378 indel NF2 NF2 D78Afs*45
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#> 4390 indel NF2 NF2 D78Efs*45
#> 4391 indel NF2 NF2 D78Efs*45
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#> 4423 G SNV NF2 NF2 K80R
#> 4424 G SNV NF2 NF2 K80R
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#> 4434 indel NF2 NF2 V81Yfs*42
#> 4435 indel NF2 NF2 V81Tfs*4
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#> 4466 T SNV NF2 NF2 H84Y
#> 4467 T SNV NF2 NF2 H84Y
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#> 4469 T SNV NF2 NF2 H84Y
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#> 4473 T SNV NF2 NF2 H84Y
#> 4474 T SNV NF2 NF2 H84Y
#> 4475 indel NF2 NF2 V86_Q111delinsE
#> 4476 indel NF2 NF2 V86_Q111delinsE
#> 4477 indel NF2 NF2 V86_Q111delinsE
#> 4478 indel NF2 NF2 V86_Q111delinsE
#> 4479 indel NF2 NF2 V86_Q111delinsE
#> 4480 indel NF2 NF2 V86_Q111delinsE
#> 4481 indel NF2 NF2 V86_Q111delinsE
#> 4482 indel NF2 NF2 V86_Q111delinsE
#> 4483 indel NF2 NF2 V86_Q111delinsE
#> 4484 indel NF2 NF2 V86_Q111delinsE
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#> 4486 indel NF2 NF2 S87Gfs*15
#> 4487 indel NF2 NF2 S87Gfs*15
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#> 4495 T SNV NF2 NF2 S87L
#> 4496 T SNV NF2 NF2 S87L
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#> 4516 A SNV NF2 NF2 E90K
#> 4517 A SNV NF2 NF2 E90K
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#> 4520 A SNV NF2 NF2 E90K
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#> 4526 T SNV NF2 NF2 P91L
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#> 9813 c.1636del PRCC
#> 9814 c.1636del RCC
#> 9815 c.1639G>T CCRCC
#> 9816 c.1639G>T CESC
#> 9817 c.1639G>T HCC
#> 9818 c.1639G>T HNSC
#> 9819 c.1639G>T MEL
#> 9820 c.1639G>T OVT
#> 9821 c.1639G>T PAAD
#> 9822 c.1639G>T PLMESO
#> 9823 c.1639G>T PRCC
#> 9824 c.1639G>T RCC
#> 9825 c.1640A>G CCRCC
#> 9826 c.1640A>G CESC
#> 9827 c.1640A>G HCC
#> 9828 c.1640A>G HNSC
#> 9829 c.1640A>G MEL
#> 9830 c.1640A>G OVT
#> 9831 c.1640A>G PAAD
#> 9832 c.1640A>G PLMESO
#> 9833 c.1640A>G PRCC
#> 9834 c.1640A>G RCC
#> 9835 c.1642G>A CCRCC
#> 9836 c.1642G>A CESC
#> 9837 c.1642G>A HCC
#> 9838 c.1642G>A HNSC
#> 9839 c.1642G>A MEL
#> 9840 c.1642G>A OVT
#> 9841 c.1642G>A PAAD
#> 9842 c.1642G>A PLMESO
#> 9843 c.1642G>A PRCC
#> 9844 c.1642G>A RCC
#> 9845 c.1649A>C CCRCC
#> 9846 c.1649A>C CESC
#> 9847 c.1649A>C HCC
#> 9848 c.1649A>C HNSC
#> 9849 c.1649A>C MEL
#> 9850 c.1649A>C OVT
#> 9851 c.1649A>C PAAD
#> 9852 c.1649A>C PLMESO
#> 9853 c.1649A>C PRCC
#> 9854 c.1649A>C RCC
#> 9855 c.1661G>T CCRCC
#> 9856 c.1661G>T CESC
#> 9857 c.1661G>T HCC
#> 9858 c.1661G>T HNSC
#> 9859 c.1661G>T MEL
#> 9860 c.1661G>T OVT
#> 9861 c.1661G>T PAAD
#> 9862 c.1661G>T PLMESO
#> 9863 c.1661G>T PRCC
#> 9864 c.1661G>T RCC
#> 9865 c.1663G>T CCRCC
#> 9866 c.1663G>T CESC
#> 9867 c.1663G>T HCC
#> 9868 c.1663G>T HNSC
#> 9869 c.1663G>T MEL
#> 9870 c.1663G>T OVT
#> 9871 c.1663G>T PAAD
#> 9872 c.1663G>T PLMESO
#> 9873 c.1663G>T PRCC
#> 9874 c.1663G>T RCC
#> 9875 c.1663G>A CCRCC
#> 9876 c.1663G>A CESC
#> 9877 c.1663G>A HCC
#> 9878 c.1663G>A HNSC
#> 9879 c.1663G>A MEL
#> 9880 c.1663G>A OVT
#> 9881 c.1663G>A PAAD
#> 9882 c.1663G>A PLMESO
#> 9883 c.1663G>A PRCC
#> 9884 c.1663G>A RCC
#> 9885 c.1672C>G CCRCC
#> 9886 c.1672C>G CESC
#> 9887 c.1672C>G HCC
#> 9888 c.1672C>G HNSC
#> 9889 c.1672C>G MEL
#> 9890 c.1672C>G OVT
#> 9891 c.1672C>G PAAD
#> 9892 c.1672C>G PLMESO
#> 9893 c.1672C>G PRCC
#> 9894 c.1672C>G RCC
#> 9895 c.1675G>T CCRCC
#> 9896 c.1675G>T CESC
#> 9897 c.1675G>T HCC
#> 9898 c.1675G>T HNSC
#> 9899 c.1675G>T MEL
#> 9900 c.1675G>T OVT
#> 9901 c.1675G>T PAAD
#> 9902 c.1675G>T PLMESO
#> 9903 c.1675G>T PRCC
#> 9904 c.1675G>T RCC
#> 9905 c.1687A>G CCRCC
#> 9906 c.1687A>G CESC
#> 9907 c.1687A>G HCC
#> 9908 c.1687A>G HNSC
#> 9909 c.1687A>G MEL
#> 9910 c.1687A>G OVT
#> 9911 c.1687A>G PAAD
#> 9912 c.1687A>G PLMESO
#> 9913 c.1687A>G PRCC
#> 9914 c.1687A>G RCC
#> 9915 c.1690G>A CCRCC
#> 9916 c.1690G>A CESC
#> 9917 c.1690G>A HCC
#> 9918 c.1690G>A HNSC
#> 9919 c.1690G>A MEL
#> 9920 c.1690G>A OVT
#> 9921 c.1690G>A PAAD
#> 9922 c.1690G>A PLMESO
#> 9923 c.1690G>A PRCC
#> 9924 c.1690G>A RCC
#> 9925 c.1690G>C CCRCC
#> 9926 c.1690G>C CESC
#> 9927 c.1690G>C HCC
#> 9928 c.1690G>C HNSC
#> 9929 c.1690G>C MEL
#> 9930 c.1690G>C OVT
#> 9931 c.1690G>C PAAD
#> 9932 c.1690G>C PLMESO
#> 9933 c.1690G>C PRCC
#> 9934 c.1690G>C RCC
#> 9935 c.1705G>A CCRCC
#> 9936 c.1705G>A CESC
#> 9937 c.1705G>A HCC
#> 9938 c.1705G>A HNSC
#> 9939 c.1705G>A MEL
#> 9940 c.1705G>A OVT
#> 9941 c.1705G>A PAAD
#> 9942 c.1705G>A PLMESO
#> 9943 c.1705G>A PRCC
#> 9944 c.1705G>A RCC
#> 9945 c.1733A>C CCRCC
#> 9946 c.1733A>C CESC
#> 9947 c.1733A>C HCC
#> 9948 c.1733A>C HNSC
#> 9949 c.1733A>C MEL
#> 9950 c.1733A>C OVT
#> 9951 c.1733A>C PAAD
#> 9952 c.1733A>C PLMESO
#> 9953 c.1733A>C PRCC
#> 9954 c.1733A>C RCC
#> 9955 c.1738C>T CCRCC
#> 9956 c.1738C>T CESC
#> 9957 c.1738C>T HCC
#> 9958 c.1738C>T HNSC
#> 9959 c.1738C>T MEL
#> 9960 c.1738C>T OVT
#> 9961 c.1738C>T PAAD
#> 9962 c.1738C>T PLMESO
#> 9963 c.1738C>T PRCC
#> 9964 c.1738C>T RCC
#> 9965 c.1758G>T CCRCC
#> 9966 c.1758G>T CESC
#> 9967 c.1758G>T HCC
#> 9968 c.1758G>T HNSC
#> 9969 c.1758G>T MEL
#> 9970 c.1758G>T OVT
#> 9971 c.1758G>T PAAD
#> 9972 c.1758G>T PLMESO
#> 9973 c.1758G>T PRCC
#> 9974 c.1758G>T RCC
#> 9975 c.1763G>A CCRCC
#> 9976 c.1763G>A CESC
#> 9977 c.1763G>A HCC
#> 9978 c.1763G>A HNSC
#> 9979 c.1763G>A MEL
#> 9980 c.1763G>A OVT
#> 9981 c.1763G>A PAAD
#> 9982 c.1763G>A PLMESO
#> 9983 c.1763G>A PRCC
#> 9984 c.1763G>A RCC
#> 9985 c.1763G>T CCRCC
#> 9986 c.1763G>T CESC
#> 9987 c.1763G>T HCC
#> 9988 c.1763G>T HNSC
#> 9989 c.1763G>T MEL
#> 9990 c.1763G>T OVT
#> 9991 c.1763G>T PAAD
#> 9992 c.1763G>T PLMESO
#> 9993 c.1763G>T PRCC
#> 9994 c.1763G>T RCC
#> 9995 c.1765G>A CCRCC
#> 9996 c.1765G>A CESC
#> 9997 c.1765G>A HCC
#> 9998 c.1765G>A HNSC
#> 9999 c.1765G>A MEL
#> [ reached 'max' / getOption("max.print") -- omitted 23275 rows ]The code of the known driver mutations can be used in place of the full specification as follows.
# add the mutant "B" characterized by two driver SNVs on chromosome 22 (no
# CNA) and two epigenetic states. The first SNV is "DGCR8 P26L" and it must
# lay in the allele 1. The remaining SNV is specified by using the SNV function
# as done above. The species "B+" and "B-" have passenger SNV rates 8e-9
# and 2e-8, respectively, and CNA rates 0 for both species.
m_engine$add_mutant("B", list("+" = c(SNV = 8e-9), "-" = c(SNV = 2e-8)),
list(list("DGCR8 P26L", allele = 1), # the first SNV
SNV("22", 12028576, "G"))) # the second SNV
#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Retrieving "B" SIDs [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] "B"'s SIDs validated
m_engine
#> MutationEngine
#> Passenger rates
#> "A+": {SNV: 1e-09, indel: 1e-09}
#> "A-": {SNV: 3e-09, CNA: 1e-11}
#> "B+": {SNV: 8e-09}
#> "B-": {SNV: 2e-08}
#>
#> Driver mutations
#> "A":
#> (chr22(10510210)[N>C]) on allele 1
#> (chr22(16085675)[GCCTCCCGA>G]) on random allele
#> CNA("A",chr22(10303470), len: 200000)
#> CNA("D",chr22(5010000), len: 200000, allele: 1)
#> Whole genome duplication
#> "B":
#> DGCR8 P26L (chr22(20073563)[C>T]) on allele 1
#> (chr22(12028576)[N>G]) on random allele
#>
#> Timed Exposure
#> SBS Timed Exposures
#>
#> indel Timed ExposuresMutational Exposures
The probability for a mutation to occur depends on both its genomic and environmental context.
A signature is a mutation probability distribution over mutation contexts or mutation structure. SBS (single base substitution) signatures provide for any genomic context (i.e., a triplet of bases) the probability for a SNV to occur on that context. On the contrary, ID (indel) signatures associates the probability of an indel to its length and structure (see (Alexandrov et al. 2020)).
The signature depends on the environmental context and, because of that, more than one signature may be active at the same time with different probabilities. An mutational exposure (or exposure) is a discrete probability distribution among signatures.
In order to simulate passenger mutations of a given type, we need to specify a default exposure for that type. This can be achieved as it follows.
# add SNV and indel default exposures. This will be used from simulated time 0
# up to the successive exposure change.
m_engine$add_exposure(coefficients = c(SBS13 = 0.2, SBS1 = 0.8))
m_engine$add_exposure(c(ID2 = 0.6, ID13 = 0.2, ID21 = 0.2))Further exposures can also be defined by specifying an activation time for each of them, i.e., the new exposures will be used from the specified time up to the next exposure change.
# add a new SNV exposure that will be used from simulated
# time 100 up to the successive exposure change.
m_engine$add_exposure(time = 100, c(SBS5 = 0.3, SBS2 = 0.2, SBS3 = 0.5))
m_engine
#> MutationEngine
#> Passenger rates
#> "A+": {SNV: 1e-09, indel: 1e-09}
#> "A-": {SNV: 3e-09, CNA: 1e-11}
#> "B+": {SNV: 8e-09}
#> "B-": {SNV: 2e-08}
#>
#> Driver mutations
#> "A":
#> (chr22(10510210)[N>C]) on allele 1
#> (chr22(16085675)[GCCTCCCGA>G]) on random allele
#> CNA("A",chr22(10303470), len: 200000)
#> CNA("D",chr22(5010000), len: 200000, allele: 1)
#> Whole genome duplication
#> "B":
#> DGCR8 P26L (chr22(20073563)[C>T]) on allele 1
#> (chr22(12028576)[N>G]) on random allele
#>
#> Timed Exposure
#> SBS Timed Exposures
#> [0, 100[: {"SBS1": 0.8, "SBS13": 0.2}
#> [100, ∞[: {"SBS2": 0.2, "SBS3": 0.5, "SBS5": 0.3}
#>
#> indel Timed Exposures
#> [0, ∞[: {"ID13": 0.2, "ID2": 0.6, "ID21": 0.2}The default exposures and the simultaneous changes in SNV and ID
exposures can be specified by a single call to the function
MutationEngine$add_exposure() as it follows.
m_engine$add_exposure(time = 120, c(SBS5 = 0.3, SBS2 = 0.2, SBS3 = 0.5,
ID1 = 0.8, ID9 = 0.2))
m_engine
#> MutationEngine
#> Passenger rates
#> "A+": {SNV: 1e-09, indel: 1e-09}
#> "A-": {SNV: 3e-09, CNA: 1e-11}
#> "B+": {SNV: 8e-09}
#> "B-": {SNV: 2e-08}
#>
#> Driver mutations
#> "A":
#> (chr22(10510210)[N>C]) on allele 1
#> (chr22(16085675)[GCCTCCCGA>G]) on random allele
#> CNA("A",chr22(10303470), len: 200000)
#> CNA("D",chr22(5010000), len: 200000, allele: 1)
#> Whole genome duplication
#> "B":
#> DGCR8 P26L (chr22(20073563)[C>T]) on allele 1
#> (chr22(12028576)[N>G]) on random allele
#>
#> Timed Exposure
#> SBS Timed Exposures
#> [0, 100[: {"SBS1": 0.8, "SBS13": 0.2}
#> [100, 120[: {"SBS2": 0.2, "SBS3": 0.5, "SBS5": 0.3}
#> [120, ∞[: {"SBS2": 0.2, "SBS3": 0.5, "SBS5": 0.3}
#>
#> indel Timed Exposures
#> [0, 120[: {"ID13": 0.2, "ID2": 0.6, "ID21": 0.2}
#> [120, ∞[: {"ID1": 0.8, "ID9": 0.2}Passenger CNAs and Tumour Type
The passenger CNAs applied during the simulation depend on tumour
type. The type of tumour can be specified when building the mutation
engine by using the parameters tumour_type or
tumour_study. For instance, if the passenger CNAs file used
to build the mutation engine contains some of the data identified in
breast carcinoma in the UK, the specific CNA can be applied during the
simulation as it follows.
m_engine <- MutationEngine(setup_code = "demo",
tumour_type = "BRCA",
tumour_study = "UK")The complete list of available tumour types in a set-up can be
obtained by using the function
get_available_tumours_in().
get_available_tumours_in(setup_code = "demo") %>% head()
#> type
#> 1 ACC
#> 2 AML
#> 3 ANGS
#> 4 ANSC
#> 5 BCC
#> 6 BLCAGermline Mutations
ProCESS allows users to apply the germline mutations of one of the subjects available in the germline data provided in building the mutation engine. This feature will enable users to simulate a specific cancer type’s evolution on an individual with the desired gender and ethnicity.
The available subjects, together with their sex and ethnicity, can be
obtained by using the method
[MutationEngine$get_germline_subjects()].
subjects <- m_engine$get_germline_subjects()
subjects
#> sample pop super_pop gender
#> 1 NA18941 JPT EAS female
#> 2 NA20513 TSI EUR maleThe column sample contains the names of the available
subjects. The columns pop and super_pop report
the subjects’ population and super-population codes. The last column,
gender, includes the subject gender.
The method MutationEngine$get_population_descriptions()
clarifies the meaning of the codes reported in the pop columns.
m_engine$get_population_descriptions()
#> code description
#> 1 CHB Han Chinese
#> 2 JPT Japanese
#> 3 CHS Southern Han Chinese
#> 4 CDX Dai Chinese
#> 5 KHV Kinh Vietnamese
#> 6 CHD Denver Chinese
#> 7 CEU CEPH
#> 8 TSI Tuscan
#> 9 GBR British
#> 10 FIN Finnish
#> 11 IBS Spanish
#> 12 YRI Yoruba
#> 13 LWK Luhya
#> 14 GWD Gambian
#> 15 MSL Mende
#> 16 ESN Esan
#> 17 ASW African-American SW
#> 18 ACB African-Caribbean
#> 19 MXL Mexican-American
#> 20 PUR Puerto Rican
#> 21 CLM Colombian
#> 22 PEL Peruvian
#> 23 GIH Gujarati
#> 24 PJL Punjabi
#> 25 BEB Bengali
#> 26 STU Sri Lankan
#> 27 ITU Indian
#> long.description
#> 1 Han Chinese in Beijing, China
#> 2 Japanese in Tokyo, Japan
#> 3 Han Chinese South
#> 4 Chinese Dai in Xishuangbanna, China
#> 5 Kinh in Ho Chi Minh City, Vietnam
#> 6 Chinese in Denver, Colorado (pilot 3 only)
#> 7 Utah residents (CEPH) with Northern and Western European ancestry
#> 8 Toscani in Italia
#> 9 British in England and Scotland
#> 10 Finnish in Finland
#> 11 Iberian populations in Spain
#> 12 Yoruba in Ibadan, Nigeria
#> 13 Luhya in Webuye, Kenya
#> 14 Gambian in Western Division, The Gambia
#> 15 Mende in Sierra Leone
#> 16 Esan in Nigeria
#> 17 African Ancestry in Southwest US
#> 18 African Caribbean in Barbados
#> 19 Mexican Ancestry in Los Angeles, California
#> 20 Puerto Rican in Puerto Rico
#> 21 Colombian in Medellin, Colombia
#> 22 Peruvian in Lima, Peru
#> 23 Gujarati Indian in Houston, TX
#> 24 Punjabi in Lahore, Pakistan
#> 25 Bengali in Bangladesh
#> 26 Sri Lankan Tamil in the UK
#> 27 Indian Telugu in the UKThe method MutationEngine$get_active_germline() returns
the the active germline subject.
m_engine$get_active_germline()
#> sample pop super_pop gender
#> 1 NA18941 JPT EAS femaleUsers can change the germline subject using the method
MutationEngine$set_germline_subject().
When a subject is selected for the first time, ProCESS builds a binary representation of the subject genome, saving it for future use. This step may take a few minutes. However, all the successive selections of the same subject directly load the binary file.
m_engine$set_germline_subject(subjects[2, "sample"])
#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading germline [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline loaded
#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving germline [████████████████████████████████████████] 100% [00m:00s] Germline saved
m_engine$get_active_germline()
#> sample pop super_pop gender
#> 1 NA20513 TSI EUR maleBuilding Phylogenetic Forests
The configured mutation engine can be used to label each node in a sample forest by mutations.
Since the mutation engine has be configured to deal with the
simulation performed in Section “Two populations with epigenetic
state” of vignette("sampling"), we can load its sample
forest from the file "sample_forest.sff" in saved that
article.
sample_forest <- load_sample_forest("sample_forest.sff")
# place mutations on the sample forest assuming 1000 pre-neoplastic SNVs and
# 500 indels
phylo_forest <- m_engine$place_mutations(sample_forest, 1000, 500)
#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Placing mutations [████████████████████████████████████████] 99% [00m:01s] Placing mutations [████████████████████████████████████████] 100% [00m:01s] Mutations placed
phylo_forest
#> PhylogeneticForest
#> # of trees: 1
#> # of nodes: 18845
#> # of leaves: 5396
#> samples: {"S_1_1", "S_1_2", "S_2_1", "S_2_2"}
#>
#> # of emerged SNVs and indels: 15101
#> # of emerged CNAs: 37The phylogenetic forest stores all the mutations labeling the sampled
cells which are represented by the forest leaves. Users can retrieve
such data by using the methods
PhylogeneticForest$get_sampled_cell_mutations() and
PhylogeneticForest$get_sampled_cell_CNAs().
library(dplyr)
# select the first mutations among all the mutations occurring in
# the genomes of the sampled cells
phylo_forest$get_sampled_cell_mutations() %>% head()
#> cell_id chr chr_pos allele ref alt type cause class
#> 1 2790 22 16085675 0 GCCTCCCGA G indel A driver
#> 2 2790 22 16109050 0 GC G indel ID1 pre-neoplastic
#> 3 2790 22 16113256 0 G A SNV SBS1 pre-neoplastic
#> 4 2790 22 16144912 0 A G SNV SBS1 pre-neoplastic
#> 5 2790 22 16160761 0 A G SNV SBS1 pre-neoplastic
#> 6 2790 22 16188578 0 AGAG A indel ID1 pre-neoplastic
# select the first CNAs among all the mutations occurring in
# the genomes of the sampled cells
phylo_forest$get_sampled_cell_CNAs() %>% head()
#> cell_id type chr begin end allele src.allele class
#> 1 2790 A 22 10303470 10503469 2 0 driver
#> 2 2790 D 22 5010000 5209999 1 NA driver
#> 3 5000 A 22 10303470 10503469 2 0 driver
#> 4 5000 D 22 5010000 5209999 1 NA driver
#> 5 8774 A 22 10303470 10503469 2 0 driver
#> 6 8774 D 22 5010000 5209999 1 NA driver
# get the sampled cells
sampled_cells <- phylo_forest$get_nodes() %>%
filter(!is.na(.data$sample))
# show the first of them
sampled_cells %>% head()
#> cell_id ancestor mutant epistate sample birth_time
#> 1 2790 2694 A - S_1_1 127.8854
#> 2 5000 4671 A - S_1_2 152.6275
#> 3 8774 8274 A - S_1_1 180.3081
#> 4 9651 8069 A - S_1_1 185.6496
#> 5 11533 7757 A - S_1_1 195.7661
#> 6 12905 12464 A - S_1_1 202.1142
# get the identifier of the 3rd cell in `sampled_cells`
cell_id <- sampled_cells[3, 1]
# get the SNVs and the indels of the 3rd cell in `sampled_cells`
phylo_forest$get_sampled_cell_mutations(cell_id) %>% head()
#> cell_id chr chr_pos allele ref alt type cause class
#> 1 8774 22 16085675 0 GCCTCCCGA G indel A driver
#> 2 8774 22 16109050 0 GC G indel ID1 pre-neoplastic
#> 3 8774 22 16113256 0 G A SNV SBS1 pre-neoplastic
#> 4 8774 22 16144912 0 A G SNV SBS1 pre-neoplastic
#> 5 8774 22 16160761 0 A G SNV SBS1 pre-neoplastic
#> 6 8774 22 16188578 0 AGAG A indel ID1 pre-neoplastic
# get the CNAs of the 3rd cell in `sampled_cells`
phylo_forest$get_sampled_cell_CNAs(cell_id) %>% head()
#> cell_id type chr begin end allele src.allele class
#> 1 8774 A 22 10303470 10503469 2 0 driver
#> 2 8774 D 22 5010000 5209999 1 NA driverThe method PhylogeneticForest$get_samples_info() is
analogous to DescendantForest$get_samples_info(): it
returns a data frame containing information about the forest samples.
However, the former method adds two columns to the result of the latter:
“DNA_quantity” and “equivalent_normal_cells”.
The former column reports the overall quantity of tumoral DNA in the
sample, i.e., the sum of the lengths of all the alleles in the
corresponding sample. This quantity is a natural number, nevertheless,
it is stored as a real number as it usually usually exceeds the largest
natural number that can be natively represented by R. The column
“equivalent_normal_cells” instead contains the number of
normal cells that contain as much DNA as the sample tumoral cells.
phylo_forest$get_samples_info()
#> name id xmin ymin xmax ymax tumour_cells tumour_cells_in_bbox time
#> 1 S_1_1 0 480 480 530 530 2588 2588 365.9279
#> 2 S_1_2 1 500 500 550 550 1632 1632 365.9279
#> 3 S_2_1 2 370 498 394 522 572 572 421.2143
#> 4 S_2_2 3 370 373 394 397 604 604 421.2143
#> DNA_quantity equivalent_normal_cells
#> 1 532160506596 5186.288
#> 2 337539011087 3289.561
#> 3 117424232770 1144.384
#> 4 123951831456 1208.000The method PhylogeneticForest$get_germline_mutations()
returns the SNVs and the indels in the germline.
# extract the germline mutation
phylo_forest$get_germline_mutations() %>% head()
#> chr chr_pos allele ref alt type cause class
#> 1 22 16051493 0 G A SNV germinal
#> 2 22 16052167 0 A AAAAC indel germinal
#> 3 22 16053659 0 A C SNV germinal
#> 4 22 16054740 0 A G SNV germinal
#> 5 22 16055942 0 C T SNV germinal
#> 6 22 16058070 0 A G SNV germinalUsers can also identify the cell in which a mutation emerged even when the cell was not sampled.
# select one of the mutations
mutation_row <- phylo_forest$get_sampled_cell_mutations(cell_id)[2, ]
# rebuild the corresponding mutation
mutation <- Mutation(mutation_row["chr"][1, ],
mutation_row["chr_pos"][1, ],
mutation_row["ref"][1, ],
mutation_row["alt"][1, ])
# get the identifier of the oldest cells in which the mutation occurs
phylo_forest$get_first_occurrences(mutation)
#> [[1]]
#> [1] 0The exposures used in placing the mutations on the cells in the
phylogenetic forest can be obtained by using the method
PhylogeneticForest$get_exposures().
# get the exposures used in placing the mutations
phylo_forest$get_exposures()
#> time signature exposure type
#> 1 0 SBS1 0.8 SNV
#> 2 0 SBS13 0.2 SNV
#> 3 100 SBS2 0.2 SNV
#> 4 100 SBS3 0.5 SNV
#> 5 100 SBS5 0.3 SNV
#> 6 120 SBS2 0.2 SNV
#> 7 120 SBS3 0.5 SNV
#> 8 120 SBS5 0.3 SNV
#> 9 0 ID13 0.2 indel
#> 10 0 ID2 0.6 indel
#> 11 0 ID21 0.2 indel
#> 12 120 ID1 0.8 indel
#> 13 120 ID9 0.2 indelThe method
MutationEngine$get_bulk_allelic_fragmentation() returns a
data frame reporting the allelic type per genome fragment.
# get the name of the first sample
sample_name <- phylo_forest$get_samples_info()[["name"]][1]
# print the bulk allelic fragmentation
phylo_forest$get_bulk_allelic_fragmentation(sample_name) %>% head()
#> chr begin end major minor ratio
#> 1 22 1 5009999 2 2 1.0000000
#> 2 22 5010000 5209999 2 0 1.0000000
#> 3 22 5210000 10303469 2 2 1.0000000
#> 4 22 10303470 10503469 4 2 1.0000000
#> 5 22 10503470 17098700 2 2 1.0000000
#> 6 22 17098701 17899999 2 2 0.9988408Instead, the method
MutationEngine$get_cell_allelic_fragmentation() returns the
allelic fragmentation per cell.
# print the cell allelic fragmentation
phylo_forest$get_cell_allelic_fragmentation() %>% head()
#> cell_id chr begin end major minor
#> 1 2790 22 1 5009999 2 2
#> 2 2790 22 5010000 5209999 2 0
#> 3 2790 22 5210000 10303469 2 2
#> 4 2790 22 10303470 10503469 4 2
#> 5 2790 22 10503470 51304566 2 2
#> 6 5000 22 1 5009999 2 2The details about the SNV and indel signatures adopted during the
evolution are available in the mutation engine and they can be retrieved
by using the methods MutationEngine$get_SNV_signatures()
and MutationEngine$get_indel_signatures().
# get the SNV signatures used in placing the mutations
m_engine$get_SNV_signatures()[1:6, 1:5]
#> Type SBS1 SBS2 SBS3 SBS4
#> 1 A[C>A]A 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 2 A[C>A]C 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 3 A[C>A]G 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 4 A[C>A]T 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 5 A[C>G]A 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
#> 6 A[C>G]C 0.01041667 0.01041667 0.01041667 0.01041667
# get the indel signatures used in placing the mutations
m_engine$get_indel_signatures()[1:6, 1:5]
#> Type ID1 ID2 ID3 ID4
#> 1 1:Del:C:0 0.01204819 0.01204819 0.01204819 0.01204819
#> 2 1:Del:C:1 0.01204819 0.01204819 0.01204819 0.01204819
#> 3 1:Del:C:2 0.01204819 0.01204819 0.01204819 0.01204819
#> 4 1:Del:C:3 0.01204819 0.01204819 0.01204819 0.01204819
#> 5 1:Del:C:4 0.01204819 0.01204819 0.01204819 0.01204819
#> 6 1:Del:C:5 0.01204819 0.01204819 0.01204819 0.01204819Finally, the data of the subject whose germline corresponds to
wild-type genome in the phylogenetic forest can be obtained by the
method Phylogenetic$get_germline_subject().
phylo_forest$get_germline_subject()
#> sample pop super_pop gender
#> 1 NA20513 TSI EUR maleStoring Phylogenetic Forests
As in the case of the sample forests, the phylogenetic forests can be
saved by using the method PhylogeneticForest$save() and
load by the function load_phylogenetic_forest().
# save the phylogenetic forest in the file "phylo_forest.sff"
phylo_forest$save("phylo_forest.sff")
#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving forest [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Saving forest [█---------------------------------------] 0% [00m:01s] Saving forest [█---------------------------------------] 0% [00m:02s] Saving forest [█---------------------------------------] 0% [00m:03s] Saving forest [█---------------------------------------] 0% [00m:04s] Saving forest [█---------------------------------------] 0% [00m:05s] Saving forest [█---------------------------------------] 0% [00m:06s] Saving forest [█---------------------------------------] 0% [00m:07s] Saving forest [█---------------------------------------] 0% [00m:08s] Saving forest [█---------------------------------------] 0% [00m:09s] Saving forest [█---------------------------------------] 0% [00m:10s] Saving forest [█---------------------------------------] 0% [00m:11s] Saving forest [█---------------------------------------] 0% [00m:12s] Saving forest [█---------------------------------------] 0% [00m:13s] Saving forest [█---------------------------------------] 0% [00m:14s] Saving forest [█---------------------------------------] 0% [00m:15s] Saving forest [█---------------------------------------] 0% [00m:16s] Saving forest [█---------------------------------------] 0% [00m:17s] Saving forest [█---------------------------------------] 0% [00m:18s] Saving forest [███-------------------------------------] 6% [00m:20s] Saving forest [█████-----------------------------------] 11% [00m:21s] Saving forest [███████---------------------------------] 17% [00m:22s] Saving forest [█████████-------------------------------] 22% [00m:23s] Saving forest [████████████----------------------------] 28% [00m:24s] Saving forest [██████████████--------------------------] 34% [00m:25s] Saving forest [█████████████████-----------------------] 40% [00m:26s] Saving forest [███████████████████---------------------] 46% [00m:27s] Saving forest [█████████████████████-------------------] 52% [00m:28s] Saving forest [████████████████████████----------------] 58% [00m:30s] Saving forest [██████████████████████████--------------] 63% [00m:31s] Saving forest [████████████████████████████------------] 69% [00m:32s] Saving forest [███████████████████████████████---------] 75% [00m:33s] Saving forest [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:34s] Saving forest [███████████████████████████████████-----] 87% [00m:35s] Saving forest [██████████████████████████████████████--] 93% [00m:36s] Saving forest [████████████████████████████████████████] 99% [00m:37s] Saving forest [████████████████████████████████████████] 100% [00m:38s] Forest saved
# loading the saved forest
loaded_phylo_forest <- load_phylogenetic_forest("phylo_forest.sff")
#> [█---------------------------------------] 0% [00m:00s] Loading forest [███-------------------------------------] 6% [00m:01s] Loading forest [████------------------------------------] 9% [00m:02s] Loading forest [█████-----------------------------------] 12% [00m:03s] Loading forest [███████---------------------------------] 15% [00m:04s] Loading forest [████████--------------------------------] 18% [00m:05s] Loading forest [█████████-------------------------------] 21% [00m:06s] Loading forest [██████████------------------------------] 24% [00m:07s] Loading forest [███████████-----------------------------] 27% [00m:08s] Loading forest [█████████████---------------------------] 30% [00m:09s] Loading forest [██████████████--------------------------] 33% [00m:10s] Loading forest [███████████████-------------------------] 36% [00m:11s] Loading forest [████████████████------------------------] 39% [00m:12s] Loading forest [██████████████████----------------------] 43% [00m:14s] Loading forest [███████████████████---------------------] 46% [00m:15s] Loading forest [████████████████████--------------------] 49% [00m:16s] Loading forest [█████████████████████-------------------] 52% [00m:17s] Loading forest [███████████████████████-----------------] 55% [00m:18s] Loading forest [████████████████████████----------------] 58% [00m:19s] Loading forest [█████████████████████████---------------] 62% [00m:20s] Loading forest [███████████████████████████-------------] 65% [00m:21s] Loading forest [████████████████████████████------------] 68% [00m:22s] Loading forest [█████████████████████████████-----------] 72% [00m:24s] Loading forest [███████████████████████████████---------] 75% [00m:25s] Loading forest [████████████████████████████████--------] 78% [00m:26s] Loading forest [█████████████████████████████████-------] 81% [00m:27s] Loading forest [██████████████████████████████████------] 84% [00m:28s] Loading forest [███████████████████████████████████-----] 87% [00m:29s] Loading forest [█████████████████████████████████████---] 90% [00m:30s] Loading forest [██████████████████████████████████████--] 93% [00m:31s] Loading forest [███████████████████████████████████████-] 97% [00m:32s] Loading forest [████████████████████████████████████████] 100% [00m:33s] Forest loaded
loaded_phylo_forest
#> PhylogeneticForest
#> # of trees: 1
#> # of nodes: 18845
#> # of leaves: 5396
#> samples: {"S_1_1", "S_1_2", "S_2_1", "S_2_2"}
#>
#> # of emerged SNVs and indels: 15101
#> # of emerged CNAs: 37Getting and Setting the Reference Genome Path
The phylogenetic forest object contains the reference genome FASTA
file path. The methods
PhylogeneticForest$get_reference_path() and
PhylogeneticForest$set_reference_path() can be used to get
the path and set it, respectively.
phylo_forest$get_reference_path()
#> [1] "/Users/alberto/Library/CloudStorage/Dropbox/Lavoro/Code/ProCESS/ProCESS/vignettes/demo/reference.fasta"
phylo_forest$set_reference_path("demo/reference.fasta")
phylo_forest$get_reference_path()
#> [1] "/Users/alberto/Library/CloudStorage/Dropbox/Lavoro/Code/ProCESS/ProCESS/vignettes/demo/reference.fasta"
Alexandrov, Ludmil B, Jaegil Kim, Nicholas J Haradhvala, Mi Ni Huang,
Alvin Wei Tian Ng, Yang Wu, Arnoud Boot, et al. 2020. “The
Repertoire of Mutational Signatures in Human Cancer.”
Nature 578 (7793): 94–101.